წმინდა პაფნუტი ტომით ეგვიპტელი იყო. იმპერატორ დიოკლეტიანეს მიერ გამოცხადებული ქრისტიანთა დევნისას განმგებელმა არიალემ ბრძანა, მასთან მიეყვანათ წმინდა პაფნუტი. სამსჯავროზე მან მხნედ აღიარა რწმენა ქრისტესი, რისთვისაც სატანჯველთ ეწია. წმინდა მოწამეს ორი მხედარი აწამებდა, რომელნიც საკუთარი თვალით დარწმუნდნენ, რომ წმინდანს ღვთის უხილავი ძალა შეეწეოდა და მათ ირწმუნეს მაცხოვარი იესო, რისთვისაც მათ თავები მოჰკვეთეს. ტანჯვა-წამების შემდეგ წმინდა პაფნუტი საპყრობილეში ჩასვეს, სადაც მან ჭეშმარიტ რწმენაზე მოაქცია იქ მყოფი 40 ტყვე. ამისათვის ისინი ცოცხლად დაწვეს.

რამდენიმე ხნის შემდეგ წმინდა მოწამე გაათავისუფლეს და იგი სიხარულით მიიღო ქრისტიანმა ნესტორმა. მთელი მისი ოჯახი სულიერი სწავლა-დარიგებებით კიდევ უფრო განამტკიცა ჭეშმარიტ რწმენაში წმინდა პაფნუტიმ. მოკლე ხანში ამ ღვთისმოშიშმა ოჯახმა მოწამებრივი აღსასრული მიიღო ქრისტესათვის. სულ მოწამეთა რიცხვმა იმ ხანებში 546-ს მიაღწია. თავად წმინდა პაფნუტი ყელზე ლოდგამობმული მდინარეში ჩააგდეს, მაგრამ, ღვთის ნებით, სასწაულებრივ გამოირიყა ნაპირზე. ბოლოს თვით იმპერატორ დიოკლეტიანეს გაუგზავნეს წმინდანი განსასჯელად, რომელმაც ბრძანა ფინიკის ხეზე მიემსჭვალათ წმინდა ღირსმოწამე, რომელზეც იგი აღესრულა კიდეც.