წმინდა კირილეს გარდაცვალების შემდეგ ალექსანდრიის პატრიარქის ტახტი მონოფიზიტმა დიოსკორემ (444-451) დაიკავა. მან მთელ ეგვიპტეში გაავრცელა მონოფიზიტობის ერესი. ეს ცრუ სწავლება V საუკუნეში გამოჩნდა ქრისტიანულ ეკლესიაში. ეს იყო კონსტანტინოპოლელი არქიმანდრიტის, ევტიქიოსის მწვალებლური სწავლება იესო ქრისტეს ბუნების შესახებ. მისი მტკიცებით, იესო ქრისტეში იყო ერთი ღვთაებრივი ბუნება და ერთი ნებისყოფა, ხოლო კაცის ბუნება და ნებისყოფა ჩანთქმული იყო ღვთაებრივ ბუნებაში. ამრიგად, მონოფიზიტობის თანახმად, ძე ღვთისა ორ ბუნებიანად (ღვთაებრივი და ადამიანური) შეიძლება ვაღიაროთ მხოლოდ მის განხორციელებამდე. განხორციელების შემდეგ ღვთაებრივმა ბუნებამ იმდენად შთანთქა ადამიანური, რომ ამ უკანასკნელმა თავისი სუბსტანცია მთლიანად დაკარგა. ამის შემდეგ ძე ღვთისა მხოლოდ ერთბუნებიანია.

ამ დროს ალექსანდრიაში ცხოვრობდა მღვდელი პროტერი, რომელიც უშიშრად ამხელდა ერეტიკოსებს და გაბედულად აღიარებდა მართლმადიდებლურ სარწმუნოებას. პროტერი გამოირჩეოდა ღვთივსულიერი გონებით, სიბრძნით და ცხოვრების წმინდა წესით. ის ხედავდა, რომ მრავალი ადამიანი აცდუნა პატრიარქმა დიოსკორემ თავისი ცრუ სწავლებით უფლის ერთი ბუნების შესახებ, ამიტომ აშკარად დაუპირისპირდა მწვალებელ პატრიარქს. დიოსკორე ცდილობდა პროსტერის გადაბირებას, საამისოდ მას პროტოპრესვიტერის წოდებაც მიანიჭა, მაგრამ მისი მცდელობა წარუმატებელი აღმოჩნდა.

451 წელს გამართულ ქალკედონის მსოფლიო კრებაზე წმინდა მამებმა დაგმეს ევტიქიოსის მწვალებლობა, მონოფიზიტობა და შეადგინეს სარწმუნოების მართლმადიდებლური განსაზღვრება. ეკლესიის მნათობთა ნააზრევის საფუძველზე კრებამ საბოლოოდ ჩამოაყალიბა დოგმატური სწავლება სამების მეორე ჰიპოსტასზე - სიტყვა ღმერთსა და მის განკაცებაზე. მის მიხედვით, იესო ქრისტე ჭეშმარიტი ღმერთი და ჭეშმარიტი კაცია, ერთარსი მამისა ღმრთეებით და ერთარსი ჩვენი კაცებით (ადამიანურობით), ჩვენივე მსგავსი გარდა ცოდვისა, ღმრთეებით მამისაგან შობილი უწინარეს ყოველთა საუკუნეთა, ხოლო კაცობრივად ჩვენთვის და ჩვენივე ხსნისთვის შობილი ქალწულისგან მარიამისა. განხორციელების შემდეგ ის ერთი პირია, მაგრამ ორი ბუნების მქონე, რომლებიც მასში შეურწყმელად, უცვლელად, განუყოფლად და განუყრელადაა შეერთებული. ქალკედონის კრების განჩინება ამბობს: "წმინდა მამათა მიმდევარნი, ყველანი ერთხმად მივუთითებთ - აღიარებულ იქნას ერთი და იგივე ძე, უფალი იესო ქრისტე, როგორც სრული ღმერთი და სრული ადამიანი, ჭეშმარიტი ღმერთი და ჭეშმარიტი ადამიანი - იმავე სხეულისა და გონიერი სულისაგან. მამისა თანაარსი ღვთაებრივად და ჩვენი - კაცობრივად. ჩვენი მსგავსია ყველაფრით, გარდა ცოდვისა. იგი იშვა უწინარეს საუკუნეთა მამისაგან ღვთაებრივად, ხოლო ბოლო ჟამს ჩვენთვის და ჩვენი გადარჩენისთვის იშვა კაცობრივად ქალწულ ღვთისმშობელ მარიამისგან. ვაღიარებთ ერთსა და იმავე ქრისტეს, ძეს, უფალს, მხოლოდშობილს, რომელშიც ორი ბუნება შეიცნობა შეურევნე¬ლად, უცვლელად, განუყოფელად და განუშორებლად"...

ქალკედონის კრებაზე დიოსკორეს ხარისხი აჰყარეს და განკვეთეს, ალექსანდრიის საპატრიარქო ტახტზე კი მკაცრი და კეთილმსახური ცხოვრებით განთქმული პროტერი აღასაყდრეს.

მწვალებელი პატრიარქის დიოსკორეს განდევნის შემდეგ ალექსანდრიაში დარჩა მისი ბევრი მიმდევარი, რომლებიც აღდგნენ ახალი პატრიარქის არჩევის წინააღმდეგ. ალექსანდრიის ეკლესია ორ ნაწილად გაიყო: ერთნი მხარს უჭერდნენ პროსტერს, მეორენი კი დიოსკორეს დაბრუნებას ითხოვდნენ, და გმობდნენ ქალკედონის კრების გადაწყვეტილებას. ბევრი განსაცდელი გადაიტანა პროსტერიმ დიოსკორეს მომხრეებისაგან. ერეტიკოსებისგან თავის დასაცავად ახალმა პატრიარქმა სამხედრო დაცვა მოითხოვა.

ამბოხებულებმა მათ დასაშოშმინებლად გამოგზავნილი მეომრები დაწვეს. კეთილმსახურმა იმპერატორმა მარკიანემ (450-457) გამხეცებულ ალექსანდრიელებს წაართვა ყოველგვარი პრივილეგიები, რომლებითაც ისინი სარგებლობდნენ და ქალაქში მეომართა ახალი, გაძლიერებული რაზმი გაგზავნა. მაშინ კი დაცხრნენ მეამბოხენი და თავად პატრიარქ პროტერის სთხოვეს, ეშუამდგომლა იმპერატორთან მათთვის ძველი პრივილეგიების დასაბრუნებლად. მშვიდმა და უბოროტო მწყემსმთავარმა დახმარება აღუთქვა ალექსანდრიელებს და შეუსრულა კიდეც დანაპირები.

მარკიანეს სიკვდილის შემდეგ ერეტიკოსებმა კვლავ წამოყვეს თავი. არეულობა ალექსანდრიელმა ხუცესმა ტიმოთე ელურმა წამოიწყო, რომელსაც მეტსახელად ცოფიანი ეწოდა. ტიმოთე პატრიარქობაზე აცხადებდა პრეტენზიას. მოტყუებით და ეშმაკობით ტიმოთემ პატრიარქის წინააღმდეგ განაწყო ეგვიპტის მონასტრების ბერ-მონაზვნობა და უდაბნოში დაყუდებული ზოგიერთი ბერიც. ბნელ უმთავარო ღამეს მან ჩაიცვა მუქი სამოსი, შეიპარა მონასტრის კელიებში და თითოეულ ბერს მიმართავდა სახელით. როდესაც ეკითხებოდნენ, თუ ვინ იყო და რა უნდოდა მათგან, ის პასუხობდა: "მე უფლის მიერ გამოგზავნილი ანგელოზი ვარ, რათა გაგაფრთხილოთ, რომ არ იქონიოთ საერთო პატრიარქ პროტერთან და არ აღიაროთ ქალკედონის კრებაზე მიღებული დოგმატი და გადაწყვეტილებები. ალექსანდრიის პატრიარქად უნდა დაადგინოთ ტიმოთე ელური." ბერებმა ტიმოთეს ტყუილი ჭეშმარიტებად მიიღეს, დაიჯერეს, ერთმანეთს უყვებოდნენ მოსმენილის და ნანახის შესახებ. მოტყუებული ბერ-მონაზვნობა ერთად შეიკრიბა და ალექსანდრიაში ჩავიდა. დაბრმავებული ბერ-მონაზვნობა ტიმოთეს მომხრეებს შეუერთდა, მათ მოისურვეს ძალით გაეგდოთ ეკლესიიდან პატრიარქი. ტიმოთემ ბევრი მომხრე შეიძინა, ზოგი აცდუნა, ზოგი მუქარით მიიმხრო, ზოგიც მოისყიდა. მან ისარგებლა ქალაქის თავის არყოფნით და სათავეში ჩაუდგა მოჯანყეებს. აჯანყებულებმა საეკლესიო კანონების იგნორირებით, ალექსანდრიის პატრიარქად ტიმოთე გამოაცხადეს.

წმინდა პროტერიმ გადაწყვიტა, დაეტოვებინა ალექსანდრია, მაგრამ იმ ღამით ძილში ეჩვენა წინასწარმეტყველი ესაია, რომელმაც უთხრა: "დაბრუნდი ქალაქში, მე იქ დაგელოდები!" ნეტარი მამა მიხვდა, რომ ეს ხილვა მისი მოწამებრივი აღსასრულის მოახლოებას მოასწავებდა, დაბრუნდა ალექსანდრიაში და სანათლავს შეაფარა თავი. ამბოხებულმა ერეტიკოსებმა მიაგნეს თავშესაფარს, შეცვივდნენ შიგ და პატრიარქი მისი ექვსი თანმხლები პირით სიცოცხლეს გამოასალმეს. უღმერთოები იმანაც კი ვერ შეაჩერა, რომ ბრწყინვალე აღდგომის წინა დღე - დიდი შაბათი იდგა. მათი გააფთრება იქამდე მივიდა, რომ მოკლული მღვდელმთავრის ცხედარს თოკი გამოაბეს, ქუჩაში გამოათრიეს, გვემეს, დაასახიჩრეს, ბოლოს კი დაწვეს და ფერფლი ქარს გაატანეს.

პროტერის მოწამებრივი აღსასრულის შემდეგ ალექსანდრიის პატრიარქად უკანონოდ გამოცხადებულმა ტიმოთემ სინოდის პირველივე სხდომაზე არა მხოლოდ ქალკედონის კრების მომხრე ეპისკოპოსები, არამედ მეფეცა და პატრიარქიც განკვეთილად გამოაცხადა, საეკლესიო დიპტიქებიდან მთავარეპისკოპოსი პროტერის სახელი ამოშალა და მის ნაცვლად დიოსკორესი შეიტანა. 457 წელს, იმპერატორი მარკიანეს გარდაცვალების შემდეგ, სამეფო ტახტზე სამხედრო პირი, წარმოშობით თრაკიელი ლეონი ავიდა, რომელიც ისტორიაში ლეონ I დიდის სახელითაა ცნობილი. ამ დროისათვის ერესის მძვინვარების გამო ქვეყანაში მეტისმეტად მძიმე პოლიტიკური მდგომარეობა შეიქმნა. იმპერატორ ლეონს დიდი გონიერების გამოჩენა მოუხდა იმპერიის პროვინციაში ერეტიკოსთა ამბოხების ჩასაწყნარებლად. მან ტიმოთე ელურზე გამოგზავნილი საჩივრები ყველა ეპისკოპოსს დაუგზავნა და ალექსანდრიაში შექმნილ ვითარებაზე აზრი ჰკითხა. მიუხედავად იმისა, რომ უმრავლესობამ ტიმოთე ელურის ქრისტიანისათვის სრულიად შეუფერებელი საქმეები დაგმო, გადაწყვეტილება უცბად მაინც არ მიუღია. იმპერატორმა ტიმოთე კონსტანტინოპოლში გამოიძახა და მხოლოდ რომის პაპის ლეონის დაჟინებული მოთხოვნის შემდეგ იგი ხერსონესზე გადაასახლა.