XVII საუკუნის დასაწყისში იყო მცდელობა იბერიული თემის აღდგენისა და მონასტრებისთვის ქონების დაბრუნებისა , მაგრამ იმ დროისთვის თემის ვალი დიდ თანხას შეადგენდა. იბერიელთა ხელში მხოლოდ ერთობ სავალალო მდგომარეობაში მყოფი წმინდა ჯვრის მონასტერი იყო.

1643 წ. მონასტრის წინამძღვარი გახდა ნიკიფორე, უკანასკნელი ნამდვილად განათლებული და ენერგიული ადამიანი იერუსალიმის ქართული თემისა. ნიკიფორე, ერისკაცობაში ნიკოლოზ ირუბაქიძე-ჩოლოყაშვილი (1585-1658) ქართველი მეფის, თეიმურაზ I-ის დიპლომატიურ სამსახურში იდგა. იგი არაერთხელ ყოფილა განსაკუთრებული მისიით რომში, სადაც ცნობილი იყო ნიკიფორე ირბახის სახელით. ნიკიფორე 13 წელი ცხოვრობდა მონასტერში, სადაც მოგვიანებით დაბრუნდა წინამძღოლად და დაჰყო იქ 7 წელი, 1643-დან 1649 წლამდე.

მონასტრის წინამძღვრად ყოფნისას, 1643 წელს, ნიკიფორემ აღადგინა ეკლესიის გუმბათი, საკურთხეველი და კანკელი. განახლდა კედლის მხატვრობა განსაკუთრებით დაზიანებულ ადგილებში, დაიწერა ახალი ხატები. არსებობს სამშენებლო წარწერა: "ტაძარი ესე ცხოველმყოფელი ჯვრისა მოხატულია და განახლებული ლევან დადიანის ნებასურვილით, ჯვრისა და წმინდა გოლგოთას უღირსი იღუმენის ომან ჩოლოყაშვილის ძის, ტაძრისათვის თავდადებული ნიკიფორეს ხელითა და დიდი მცდელობით, რომელმაც განაახლა გუმბათი და საკურთხეველი საკუთარი სახსრებით"...

ტაძრის წარწერების ახალ თემას შეადგენდა ნიკიფორეს მიერ მოფიქრებული ისტორიული პორტრეტების სერია. ტაძრის წარწერებში ის ქმნის მონასტრის მთელ ისტორიას, რომელიც წარმოდგენილია სამი ყველაზე ნათელი ეპიზოდით: ქართული ბერ-მონაზვნობის ლეგენდარული დაფუძნება და დასაწყისი; მონასტრის აღდგენა 1046 წელს. მესამე ეპიზოდი წარმოდგენილია ნიკიფორეს თანამედროვეთა გალერეით. ესაა მთავარი დადიანი და მონასტრის სხვა ქტიტორები. ამ უკანასკნელი სერიის პორტრეტები ზომით მცირეა.

სწორედ ქტიტორთა სერიას შეესატყვისება სტილისტურად შოთა რუსთაველის პორტრეტიც. იგი გამოსახულია მუხლმოდრეკით იოანე დამასკელისა და მაქსიმე აღმსარებლის ფიგურებს შორის. მარცხნივ პორტრეტის ზემოთ მოთავსებულია წარწერა: "უფალო, შეიწყალე შოთა, ამ ეკლესიის შემამკობელი ამინ. რუსთაველი". ეს პორტრეტი არაერთხელ გადაიღება და გაიწმინდა და შეცდომით ითვლებოდა რუსთველის ერთადერთ ნამდვილ გამოსახულებად. ქართველმა მეცნიერებმა 1959 წელს, მონასტრის შესწავლისას, კვლავ აღმოაჩინეს შავად გადაღებილი ეს პორტრეტი, გადაღებილი შავი საღებავით. ფრესკა აღადგინეს, მაგრამ ქართველი მეცნიერები არ იყვნენ კმაყოფილნი ხარისხითა და მეთოდით.

აკადემიკოს მ. ლორთქიფანიძის აზრით, "სარესტავრაციო სამუშაოების ჩატარება ბერძნულ მხარეს უნდა შეეთანხმებინა ქართულ მხარესთან და სპეციალისტებთან, მაშინ ადგილი არ ექნებოდა უარყოფით შედეგს".

2007 წლიდან ივლისში ფრესკა კვლავ დააზიანეს. ამასთან დაკავშირებით საქართველოს საგარეო საქმეთა სამინისტრომ ნოტა გაუგზავნა ისრაელის მხარეს, რომელშიც გამოთქვა პროტესტი მომხდართან დაკავშირებით. საგარეო საქმეთა მინისტრმა სალომე ზურაბიშვილმა ხაზგასმით აღნიშნა, რომ ფრესკის დაზიანების ფაქტი საგანგაშოა, რამეთუ "არავის ჰქონდა ამ ეკლესიაში შესვლის უფლება შესაბამისი ნებართვის გარეშე". კათოლიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ განაცხადა, რომ "ფრესკა იმდენად ძლიერადაა დაზიანებული, რომ მისი აღდგენა ძალიან რთული იქნება". მან იმედი გამოთქვა, რომ იერუსალიმისა და სრულიად პალესტინის პატრიარქი ირენეოსი "სათანადო ყურადღებას გამოიჩენს ამ ფაქტის მიმართ და ყოველ ღონეს მიმართავს მომხდარის გამოსაძიებლად". "ეკლესიაში არ უნდა ჰქონდეს ადგილი ასეთ ფაქტებს", - ბრძანა ილია II-მ. ამჟამად ფრესკა აღდგენილია.

რესტავრაციის შემდგომ მონასტერში იბერიელი ბერების მხოლოდ მცირე რაოდენობა დარჩა, წინამძღოლი კი უმეტეს დროს იბერიაში ატარებდა. მონასტრისათვის ამ შედარებით მშვიდ დროს განეკუთვნება სავანის ერთ-ერთი ბერის, ნიკოლოზ დვალის მოწამებრივი აღსრულების ისტორია. ნიკოლოზი დაიბადა მორწმუნე მშობლების ოჯახში, 12 წლისა ბერად აღიკვეცა კლარჯეთის უდაბნოში. შემდგომ ის გაემგზავრა იერუსალიმში, რათა თაყვანი ეცა უფლის საფლავისთვის და დამკვიდრებულიყო მონასტერში. აქ გაუჩნდა ქრისტესთვის წამების სურვილი. დაჟინებით ეძებდა წამების გვირგვინს, მაგრამ ქრისტიანებმა ორჯერ მოახერხეს მისი სიკვდილისგან დახსნა: დამასკოში, სადაც ის გაგზავნა მონასტრის იღუმენმა, ნიკოლოზი შევიდა მუსლიმანთა სამლოცველო სახლში, ყველას წინაშე დაიწყო ქრისტეს სჯულის ქადაგება და მუსლიმანური სარწმუნოების ძაგება. სასტიკად სცემეს და საკანში ჩაამწყვდიეს. მიტროპოლიტისა და ქრისტიანების დახმარებით იგი ტყვეობიდან გაათავისუფლეს. ისევ წავიდა მუსლიმანთა სამლოცველოში. 500-ჯერ სცემეს ტყავის ფართო ქამრებით და 2 თვით კვლავ გამოამწყვდიეს ციხეში. ქრისტიანებმა კვლავ გაათავისუფლეს და სურდათ, მისი იერუსალიმში დაბრუნება. მაგრამ წმინდა ქალაქისკენ მიმავალ გზაზე მას შეხვდა ამირა, რომელმაც იცნო, შეიპყრო და მიჰგვარა "ამირთამირა დენგიზს", რომელმაც ბრძანა, მისთვის თავი მოეკვეთათ. ნიკოლოზმა სახე აღმოსავლეთს მიაპყრო და სიხარულით მიუშვირა ყელი დანას. "დიდება შენ, უფალო ქრისტე, რომელმაც მაღირსე მოვმკვდარიყავი შენთვის!" "ზუსტად იგივე შვიდჯერ გაიმეორა მოჭრილმა თავმა: "დიდება შენდა, ქრისტე ღმერთო", რითაც სპარსელები გააოცა. ცხედარი დაწვეს. სამი დღე სინათლის სვეტი იყო აღმართული მისი წამების ადგილზე". წმინდა ჯვრის მონასტრის მდგომარეობა ნამდვილად კატასტროფული იყო. ოსმალთა ხელისუფლების ზეწოლას, გადასახადებს, საქართველოდან პოლიტიკური და მატერიალური მხარდაჭერის არარსებობას ერთვოდა მოუქნელი ხელმძღვანელობა.

ამ რთულ ვითარებებში მონასტერს დაეხმარა იერუსალიმის მართლმადიდებელი საპატრიარქო პატრიარქ დოსითეოს II-ის (1669-1707) მეთაურობით. ამ პერიოდის მოვლენები დაწვრილებითაა აღწერილი მისი ეპისტოლეების სერიაში. იმის გარკვევისას, თუ როგორ მოხვდა ქართული სამფლობელოები ესოდენ სავალალო მდგომარეობაში, დოსითეოსი წერს "უხეირო იღუმენების" შესახებ: "იღუმენთა პატივმოყვარეობამ და მფლანგველობამ მონასტერს უდიდესი ზიანი მიაყენა და აი, უკვე 37 წელიწადია, ჩვენ ვცდილობთ მათ გამოსწორებას. და არა მხოლოდ ჩვენ, არამედ თქვენი მამები და პაპები... ცდილობდნენ მონასტრის გათავისუფლებას ვალებისაგან და 50 წლის განმავლობაში ძლივს მოახერხეს მოეპოვებინათ მისთვის ეს თავისუფლება; და ახლა ჩვენ და თქვენ გვმართებს მონასტრისადმი ყურადღება, რათა არ გაეხვეს კვლავ ვალებში, რადგან მეორედ მათ თავს ვეღარ დააღწევს".

ბერძნული და ქართული მხარეების ერთობლივი ძალისხმევა წარმატებით დაგვირგვინდა. ქართველმა მმართველებმა შეძლეს გარკვეული საშუალებების მოძიება. გადაიხადეს მონასტრის ვალები. მონასტერი გადავიდა იერუსალიმის საპატრიარქოს იურისდიქციაში. რამდენიმე იბერიელი ბერი უფლის საფლავის საძმოს შეუერთდა.