1940 წელს კრასნოიარსკში გადასახლებულ მეუფე ლუკას შინაგან საქმეთა სახალხო კომისარიატის რაიონის ხელმძღვანელმა განუცხადა, - მთელ ციმბირში ერთი ეკლესიაც არ დაგვიტოვებიაო. იმ დროისთვის მხოლოდ ნოვოსიბირსკში დარჩა დაუხურავი სასაფლაოს ეკლესია. 1943 წლის დასაწყისში, დიდი წვალების შემდეგ, წმინდა მამამ კრასნოდარის მხარეში, დაბა ნიკოლაევკაში სასაფლაოს პატარა ეკლესიის გახსნას მიაღწია. ქალაქიდან ამ სადგურამდე 5-7 კმ იყო, შემოდგომასა და ზამთარში მგზავრობა საშიში ხდებოდა, რადგან გზაზე ბევრი მძარცველი დაძრწოდა. ამიტომ საყოველთაო ღამისთევაზე ცოტა მლოცველი რჩებოდა და მთელი წლის განმავლობაში მეუფემ ღამისთევის ლოცვა მხოლოდ ორჯერ აღასრულა დიდ დღესასწაულებსა და ვნების კვირის საღამოს მსახურებებზე, ჩვეულებრივი საკვირაო წირვის წინ ღამისთევის მსახურებას ჰოსპიტალში, მახლობელი საკონცერტო დარბაზიდან გამოსული ხმაურის თანხლებით აღასრულებდა. უკანასკნელ ხანებში უგზავნიდნენ ცხენის მარხილს; მანამდე თითქმის ერთი წელი ეკლესიაში ფეხით დადიოდა და ისე იღლებოდა, რომ ორშაბათს ჰოსპიტალში მუშაობის თავიც კი აღარ ჰქონდა. მეუფემ კრასნოიარსკში თავისი მსახურება ქალაქში ერთადერთი მღვდლით - დეკანოზ ზახაროვით დაიწყო. იგი ახალი მღვდელი აღმოჩნდა და მალე მისი მღვდელმსახურების შეჩერება და სინოდის წინაშე მისთვის ხარისხის ჩამორთმევის განაცხადის შეტანა მოუხდა. ტაძრის გახსნიდან სამი თვის შემდეგ ღმერთმა მეორე მღვდელი, ნიკოლოზ პოპოვი გამოუგზავნა - თავმდაბალი და კეთილი მოძღვარი; კრასნოიარსკიდან წასვლამდე 2-3 თვით ადრე კი მეუფემ ტაძრის წინამძღვრად პეტრე უშაკოვი დაადგინა. მისი დახმარებით მოხერხდა საეკლესიო საბჭოს აღდგენა, რომლის თავმჯდომარეც თვითონ გახდა. ეკლესიაზე საბჭოთა ხელისუფლების გამუდმებული ზეწოლის დროს, როდესაც რწმუნებულები და ჩეკისტები საეკლესიო საბჭოს სათავეში თავიანთ აგენტებს აყენებდნენ, მმართველი მღვდელმთავრისგან ეს გაბედული ნაბიჯი გახლდათ. შემთხვევითი როდი იყო, რომ რელიგიის საქმეთა რწმუნებულმა გ. კარპოვმა პატრიარქ სერგის პრეტენზიები წაუყენა მთავარეპისკოპოს ლუკას "არასწორი" ქმედებების გამო. კარპოვი ღიზიანდებოდა, რომ წმინდა ლუკას სამი გადასახლების შემდეგ თავი ღირსეულად და დამოუკიდებლად ეჭირა. ქირურგიულ ჰოსპიტალში, თავის კაბინეტში ხატი ჩამოკიდა, ოპერაციის წინ ყოველთვის ლოცულობდა, საევაკუაციო ჰოსპიტლის ექიმების თათბირზე მუდამ ანაფორითა და ბარტყულით იყო შემოსილი და გულზე პანაღია ეკიდა. ეს ყველაფერი ოფიციალური პროპაგანდის საწინააღმდეგო იყო. მაგრამ მეუფე ძალით ცდილობდა, ეპარქიაში წესრიგი დაემყარებინა. მღვდელმსახურებააკრძალული დეკანოზი ზახაროვი თანამზრახველებთან ერთად (რომლებმაც საეკლესიო ქონება დაიტაცეს) გამეტებით ცდილობდა ღვთისმშობლის საფარველის სახელობის ტაძრის გახსნას, რომელიც ქალაქის ცენტრში მდებარეობდა. ამ ტაძრის მიღების შემდეგ ისინი იმედოვნებდნენ, რომ იქ განმაახლებელთა ეპისკოპოსს მოიწვევდნენ. მეუფემ შეძლო მათი ქმედების თავიდან აცილება.

მრავალი სოფლიდან, რაიონული ცენტრიდან და ქალაქიდან მოდიოდა მღვდელმთავართან თხოვნა ტაძრის გახსნის შესახებ. მეუფე მათ შესაბამის ორგანოებში გზავნიდა, მაგრამ იქიდან ერთი და იგივე პასუხი მოდიოდა: "შუამდგომლობა მოსკოვში გადაიგზავნა, პასუხს შეგატყობინებთ". ეს ცნობილი ბიუროკრატიული ხერხი საშუალებას იძლევა, წარმატებით მიფუჩეჩდეს და მიიჩქმალოს ნებისმიერი საქმე. მართლაც, ეპარქია თხოვნებზე პასუხს არ იღებდა. მეტიც, ზოგიერთ ქალაქსა და რაიონულ ცენტრში საზოგადოების წარმომადგენლებს ტაძრების გახსნის შესახებ შუამდგომლობაზე დაშინებითა და მუქარით პასუხობდნენ. 1943 წლის დასასრულს მთელ ეპარქიაში ერთადერთი პატარა ეკლესია მოქმედებდა ნიკოლაევკაში. მთავარეპისკოპოს ლუკას ესმოდა, - თუ კრასნოდარის მხარის სხვადასხვა ადგილებში ტაძრებს არ გახსნიდა, ხალხის სრული სულიერი გაველურება იყო მოსალოდნელი. ყველაფრის მიუხედავად, ღვთისაკენ სწრაფვა ძლიერი იყო ჩამოსულ უკრაინელებს შორის, რომლებიც თავიანთი რელიგიურობით მკვეთრად განსხვავდებოდნენ ძირძველი ციმბირელებისგან. მაგრამ მათთან არსებულმა სულიერმა შიმშილმა ისინი იქამდე მიიყვანა, რომ ღვთისმსახურებას ერისკაცები აღასრულებდნენ, ზოგჯერ ქალებიც კი. გარდა ამისა, ეპარქიაში უამრავი სხვადასხვა სახის თვითმარქვია დაეხეტებოდა და თავს მღვდლად ასაღებდა; იყო ბევრი თაღლითიც, რომლებიც ხალხის რელიგიურობით სარგებლობდნენ. ასეთი მძიმე იყო მდგომარეობა კრასნოდარის ეპარქიაში.

1943 წლის სექტემბერში მოსკოვში შედგა ადგილობრივი კრება, რომელზეც პატრიარქის რწმუნებული, მიტროპოლიტი სერგი პატრიარქად აირჩიეს. კრების მოწვევამდე მეუფე ლუკასა და პატრიარქის რწმუნებულს შორის თანამედროვე ცხოვრების ძირითად საკითხებზე ფართო მიმოწერა იმართებოდა. მიტოროპოლიტ სერგის ზოგიერთ წერილს, შესაძლოა, მცირე საღვთისმეტყველო ტრაქტატი ეწოდოს.

მეუფე ლუკა, როგორც პასუხისმგებლობის მქონე ადამიანი, ვერ იტანდა დაუდევრობას. მას შეეძლო, საოპერაციოდან გაეძევებინა ქირურგი, რომელსაც სკალპელი ხელიდან გაუვარდა; ასევე მკაცრად ექცეოდა უღირს მოძღვრებს. მიტროპოლიტი სერგი თავის წერილებში არბილებდა მეუფის მკაცრ ხასიათს, არიგებდა, მეტი შემწყნარებლობა გამოეჩინა ეკლესიის ცოდვილი წევრების მიმართ. მთავარეპისკოპოსი ლუკა მიუთითებდა მკაფიო და კონკრეტულ კანონიკურ წესებზე, მაგრამ ეთანხმებოდა მიტროპოლიტ სერგის, რომ "განკვეთასთან დაკავშირებული საქციელის საჭირო მიმართულება სადღაც შუაში უნდა მოიძებნოს". მეუფე ლუკა ღრმა პატივისცემით განიმსჭვალა ცნობილი მღვდელმთავრის მიმართ. პატრიარქ სერგის ავადმყოფობის დროს იგი გამუდმებით გზავნიდა დეპეშებს მისი ჯანმრთელობის მდგომარეობის შესატყობად.

1943 წელს, ომის დროს, მრავალრიცხოვან ქირურგიულ ოპერაციას, რომლებსაც პროფესორ-მთავარეპისკოპოსი დაჭრილი ჯარისკაცების გადასარჩენად ატარებდა, კიდევ ერთი მოვალეობა დაემატა - წმინდა სინოდის მუშაობაში მონაწილეობა. მეუფე გრძნობდა, რომ ფიზიკურად ვერ უმკლავდებოდა გადამეტებულ დატვირთვას. მან პატრიარქ სერგის წერილი მისწერა და თავისი პრობლემების შესახებ უამბო. საქმე ის იყო, რომ სინოდის სხდომები ყოველთვიურად ტარდებოდა, ხოლო გზა კრასნოიარსკიდან მოსკოვამდე, საომარი დროის გათვალისწინებით, სამ კვირას გრძელდებოდა. ჰოსპიტლებში კი მას დაჭრილნი ელოდნენ. მეუფე თავმდაბლად ითხოვდა, გადაედოთ მისი მონაწილეობა სინოდის სხდომებში ცოტა უფრო მოგვიანებით. პატრიარქმა, როგორც გამონაკლისი, სინოდის სხდომებიდან გაათავისუფლა იგი.

მთავარეპისკოპოს ლუკას დაძაბულმა შრომამ კრასნოიარსკის ჰოსპიტლებში ბრწყინვალე სამეცნიერო შედეგები გამოიღო. 1943 წლის დასასრულს გამოქვეყნდა მეორე, გადამუშავებული და მნიშვნელოვნად შევსებული გამოცემა წიგნისა "ჩირქოვანი ქირურგიის ნარკვევები", 1944 წელს კი გამოიცა წიგნი "სახსრების ცეცხლნასროლი ინფიცირებული ჭრილობების გვიანი რეზექციები". ამ ორი შრომისათვის მას I ხარისხის სტალინის პრემია მიანიჭეს. ამ პრემიის 200 ათასი მანეთიდან 130 ათასი მეუფემ ომის დროს დაზარალებული ბავშვებისათვის გადარიცხა. 60 წლის მეუფე ყოველდღიურად 4-5 ოპერაციას აკეთებდა.

1944 წელს მეუფე ტამბოვის კათედრაზე გადაიყვანეს. ტამბოვის საოლქო აღმასრულებელი კომიტეტის 1942 წლის 1-ელი სექტემბრის მონაცემებით, ოლქში 147 დაუხურავი ეკლესია ითვლებოდა; ამის მიუხედავად, მოქმედი ტაძარი მხოლოდ ტამბოვსა და მიჩურინსკში იყო. მათი უმრავლესობა დამხმარე სათავსოდ და საწყობად გამოიყენებოდა. მეუფე ლუკა ტამბოვის ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის საფარველის სახელობის ტაძარში აგრძელებდა სამღვდელმთავრო მსახურებას. 1944 წლის 26 თებერვალს ამ ტაძარში პირველად იქადაგა: "15 წლის განმავლობაში დუმდნენ ჩემი ბაგეები, მაგრამ ახლა ისინი კვლავ ამეტყველდნენ, რათა ღვთის სიტყვა გამცნოთ. მიიღეთ ჩემი ნუგეში, ჩემო საბრალო, მშიერო ხალხო. თქვენ ღვთის სიტყვის ნაკლებობას განიცდით. ჩვენი ტაძრები დანგრეულია, ისინი ფერფლად, ნახშირად და ნანგრევებადაა ქცეული. ბედნიერი ხართ, რომ თუნდაც პატარა, მაგრამ მაინც გაქვთ ტაძარი. იგი უსუფთაო, დაბინძურებული და ბნელია, მაგრამ, სამაგიეროდ, ჩვენს გულებში ქრისტეს ნათელი ანთია. მოიყვანეთ ხატმწერები, მხატვრები. დაწერონ მათ ხატები, უნდა ვიშრომოთ განადგურებულის აღსადგენად და რწმენა ახალი ძალით აენთება". მეუფე წერდა: "მწვავე ნევროზმა გაიარა, როდესაც საეკლესიო მსახურება აღდგა".

ეპარქიის მმართველობის პირველივე დღეებიდან მეუფე შუამდგომლობდა ტამბოვში დიდი, ორსართულიანი, მაცხოვრის ფერისცვალების სახელობის ტაძრის გახსნისათვის, რომელიც ყველა მორწმუნეს დაიტევდა, მაგრამ ადგილობრივი ხელისუფლება ყველანაირად ეწინააღმდეგებოდა ამას. რევოლუციის შემდეგ ტამბოვის მღვდელმთავარმა პირველად წარადგინა წმინდა სინოდის წინაშე ეპარქიაში სულიერი ცხოვრების აღორძინების გეგმა. ეს იყო ინტელიგენციის რელიგიური განათლება, სულიერ სამყაროსთან მისი გაცნობა, ბავშვების ეკლესიური აღზრდა, უფროსებისათვის საკვირაო სკოლების გახსნა. მეუფეს სასულიერო პირებისა და ერისკაცთა საეპარქიო კრების მოწვევა აუკრძალეს, ამიტომ მორწმუნეებს მიმართა: "ყველა - ძლიერნიც და სუსტნიც, მდიდარნიც და ღარიბნიც, სწავლულნიც და უსწავლელნიც, უნდა შევუდგეთ ტამბოვის ეკლესიისა და მისი ცხოვრების აღორძინებას". მართლაც, საერთო სახალხო სულიერმა აღორძინებამ იქამდე მიაღწია, რომ 1946 წლის 1-ელ იანვარს 24 სამრევლო იყო გახსნილი.

მრევლზე უზარმაზარ შთაბეჭდილებას ახდენდა წმინდა მამის ქადაგებები. მის მოსასმენად მოდიოდნენ მორწმუნენიც და ურწმუნონიც, მათ შორის ინტელიგენციის წარმომადგენლებიც. ქადაგებებს ტაძარში იწერდნენ და შემდეგ მანქანაზე ბეჭდავდნენ.

ორი თვე გავიდა მას შემდეგ, რაც მეუფე ლუკა ტამბოვის კათედრაზე დანიშნეს, მაგრამ მისი თავგანწირული სამღვდელმთავრო მოღვაწეობის ხმამ მოსკოვამდე მიაღწია. რწმუნებულმა გ. კარპოვმა პატრიარქ სერგისთან დაიჩივლა, რომ "ტამბოვის მეუფემ ქირურგიულ ჰოსპიტალში თავის კაბინეტში ხატი დაკიდა, ოპერაციის წინ ლოცულობდა, საევაკუაციო ჰოსპიტლის ექიმთა თათბირზე პრეზიდიუმის მაგიდასთან სამღვდელმთავრო შესამოსლით ჯდებოდა, 1944 წლის აღდგომის დღეებში უმოქმედო ტაძრებში მღვდელმსახურების აღსრულებას ცდილობდა, განმაახლებელთა სასულიერო პირებთან მიმართებით ცილისმწამებლური გამოსვლები ჰქონდა".

წმინდა ლუკა მუდამ თავისი სამღვდელმთავრო მსახურების სიმაღლეზე იდგა და არასდროს მლიქვნელობდა ხელისუფლების წინაშე, რაც ყველა რანგის საერო ხელმღვანელობას აღიზიანებდა. და მაინც, მათ არ შეეძლოთ, არ აღენიშნათ მისი უდიდესი წვლილი სამედიცინო მეცნიერებასა და პრაქტიკულ ქირურგიაში. ტამბოვში იგი დააჯილდოეს მედლით "1941-45 წლების დიდ სამამულო ომში კეთილსინდისიერი შრომისათვის". პატრიარქ სერგის გარდაცვალების შემდეგ ახალი პატრიარქის არჩევნების წინ მოსკოვში სინოდისწინა კრება შედგა. ამ კრებაზე მეუფე ლუკა გამოვიდა წინადადებით, 1917-18 წლების ადგილობრივი კრების ტრადიციებს დაბრუნებოდნენ და რემდენიმე წამოყენებული კანდიდატურიდან პატრიარქი კენჭისყრით აერჩიათ. მაგრამ მისგან დამოუკიდბელი მიზეზების გამო კრებას, სადაც პატრიარქს ირჩევდნენ, მთავარეპისკოპოსი ლუკა არ დასწრებია. 1945 წლის თებერვალში პატრიარქმა ალექსი I-მა მეუფე ლუკა ბარტყულზე ბრილიანტის ჯვრის ტარების უფლებით დააჯილდოვა.

ტამბოვის მცხოვრებნი 40-ზე მეტი წლის შემდეგაც მადლიერების გრძნობით იხსენიებენ წმინდა ქირურგის ღვაწლს, მეორე საქალაქო საავადმყოფო მისი სახელობისაა. ამავე საავადმყოფოში დაარსებულია მთავარეპისკოპოს ლუკას მუზეუმი, 1994 წელს კი მისი ძეგლი დაიდგა.

1945-47 წლებში მეუფე ლუკა მუშაობდა საღვთისმეტყველო ტრაქტატზე "სული, სამშვინველი, სხეული". ეს წიგნი სულ ცოტა ხნის წინ გამოიცა რუსეთში, რადგან, ავტორის აზრით, მისი მიზანი რწმენიდან განდგომილთა რელიგიური განათლება იყო. თავისი სერიოზული საღვთისმეტყველო მოსაზრებებით ქრისტიანული ანთროპოლოგიის შესახებ წმინდა ლუკა ეწინააღმდეგებოდა ოფიციალურ ლაყბობას მეცნიერებისა და რელიგიის შეურიგებელი წინააღმდეგობის შესახებ. გამოცდილი ქირურგის ანატომიურ-ფიზიოლოგიურმა შემეცნებამ მას საშუალება მისცა, გული არა მხოლოდ სისხლის მიმოქცევის ცენტრად ჩაეთვალა, არამედ გრძნობათა უმნიშვნელოვანეს ორგანოდ. წმინდა წერილი გულზე მეტსაც ამბობს: გული ადამიანის ღმერთთან ურთიერთობის ორგანოა; აქედან გამომდინარე, იგი უმაღლესი შემეცნების ორგანოა. ადამიანის არსების სამი შემადგენელი ნაწილის გათვალისწინებით - სულის, სამშვინველისა და სხეულის ურთიერთდამოკიდებულებით ავტორი ამტკიცებდა ადამიანური ბუნების მართლმადიდებლურ გაგებას ათეისტურის საწინააღმდეგოდ. წიგნში ძალზე ბევრი დამოწმებაა წმინდა წერილიდან. მასზე, როგორც მტკიცე ფუნდამენტზე, აგებდა მეუფე თავის მტკიცებულებებს. თავის შრომას აპოლოგეტურად მიიჩნევდა - უახლესი სამეცნიერო მონაცემებისა და აღმოჩენების გზით სარწმუნოებრივი მოძღვრების დოგმატებს ამტკიცებდა. იგი, თვითონ დაკვირვებული და საფუძლიანი მეცნიერი, ღრმადმორწმუნე ადამიანი იყო, რომელიც მაღალ იერარქიულ საფეხურზე იდგა. იგი უჩვენებდა, რომ რწმენისა და მეცნიერების ჰარმონიულ თანაარსებობაში არაფერია წინააღმდეგობრივი. სამწუხაროდ, ამ ნაშრომის წერისას ავტორისთვის, ობიექტური მიზეზების გამო, მიუწვდომელი იყო ყველა ის შრომა, რომლის გამოყენებაც მას სურდა. მოსკოვის სასულიერო აკადემიის პროფესორის, მღვდელმონაზონ ა. ვეტლევისადმი მიწერილ წერილში მან აღიარა, რომ როდესაც წიგნს "გული, სამშვინველი, სხეული" წერდა, ძალზე ცოტას წაკითხვა მოუხდა და მთელი ეს თხზულება მხოლოდ საკუთარი მოსაზრებების ნაყოფი იყო. მიტროპოლიტ მანუილის (ლემეშევსკი) გამოხმაურებით, მის ტრაქტატში გვხვდება სადავო მოსაზრებები, რომლებიც ეკლესიის ავტორიტეტების მიერ დადასტურებული არ არის.

სახელმწიფო რეპრესიების დამსჯელი მანქანა 11 წლის განმავლობაში დევნიდა მეუფე ლუკას.