ორიგენეს ძირითად ნაშრომში, რომელსაც "საწყისების შესახებ" ეწოდება , სამყაროს შექმნასთან დაკავშირებულ საკითხებს ცენტრალური ადგილი უჭირავს და ეს მასალა თხზულების III წიგნშია განთავსებული. ამ ნაშრომის შექმნასთან დაკავშირებული ძირითადი სირთულე ის იყო, რომ ბიბლიური იდეა ქმნილი სამყაროს დასაბამიერების ("დასაბამად ქმნა ღმერთმან") შესახებ, უნდა შეთანხმებულიყო პლატონისტურ სწავლებასთან, რომელიც მხოლოდ მარადიულობასთან დაკავშირებულ იდეებს აღიარებდა. პლატონის მიმდევრებს სრულიად არ აინტერესებდათ, რაც დროში ვითარდება, რადგან მათთვის დრო მხოლოდ მარადიულობის აჩრდილია. ამის საპირისპიროდ, ებრაული აზროვნებისათვის ისტორია და, შესაბამისად დრო, ყოველთვის ძირითად რეალობას წარმოადგენდა. ძველი აღთქმა იმის მტკიცებით იწყება, რომ ცოცხალი ღმერთი რეალურად არსებობს და იქ არც კი ისმის კითხვები, რატომ და რა მიზეზით არსებობს სამყაროსა და ისტორიის შემოქმედი ღმერთი. ასეთი მძიმე წინააღმდეგობების მიუხედავად ორიგენეს სურდა, თავისი თანამედროვე ადამიანები ბიბლიურ ჭეშმარიტებებში დაერწმუნებინა, მათთვის გასაგები გაეხადა ბიბლიური ტექსტები და მათში წმინდა წერილის სიყვარული ჩაენერგა. თავად წიგნის სახელწოდება "საწყისების შესახებ" (ბერძნულად ასევე იგულისხმება "პრინციპების შესახებ") და მისი მრავალმნიშვნელოვნება - ორმაგ მიზანს: ერთი მხრივ, ფილოსოფიური სისტემის შექმნას და ყოფიერების საწყისების შინაარსის განმარტებას, ხოლო მეორე მხრივ, ორიგენეს საკუთარი სწავლების ბიბლიურ სწავლებასთან შეთანხმებას ემსახურება.

ორიგენესათვის სამყაროს ქმნილობის მთავარ მტკიცებულებას ქვეყნად გაბატონებული მრავალფეროვნება და უთანასწორობა წარმოადგენს. შეკითხვის პასუხს: ნუთუ შესაძლებელია და თუ ეს შესაძლებელია, რატომ შექმნა ღმერთმა ადამიანები, ცხოველები, სხვა არსებები და საგნები ერთნი ბრწყინვალედ და სხვანი უსახურად, ერთნი სარგებლის მომტანად, ხოლო მეორენი უსარგებლოდ, ხომ არ შეიძლება სამართლიანი ღმერთი უსამართლოდ იქცეოდეს? ორიგენე არსებათა საწყისს ბუნებაში არ ეძებს, ის ძირითად აქცენტს მათ ღირსებასა და "დამსახურებაზე" აკეთებს და ასკვნის:

ყოველ შემთხვევაში, უთავბოლობაა, ბოროტ ძალებს მათი ნებისა და მათგან გამომავალი ბოროტების გაუთვალისწინებლად განიხილავდე და მათ ნაკლოვანებებს სამყაროს შემოქმედს მიაწერდე. თუ ეს ასეა, ჩვენ შედარებით კეთილი და წმინდა ძალების შესახებაც აუცილებლად იგივე უნდა ვთქვათ და გამოდის, რომ ამ კეთილ ძალებში სიკეთე არასუბსტანციური, ანუ არანივთიერია. სიკეთე... სუბსტანციური მხოლოდ იესო ქრისტეში, სულიწმიდაში და, რა თქმა უნდა, მამა ღმერთშია... შესაბამისად, შეგვიძლია დავასკვნათ, რომ ყოველი ქმნილება უფროსობას, ბატონობას და ძალაუფლებას საკუთარი საქმეებისა და ნებელობის მიხედვით იღებს და რომ ცალკეული არსებები სხვების მმართველები და განმკარგველები, ასევე დაწინაურებულები საკუთარი დამსახურებისა და ბუნებრივი უპირატესობების გამო არიან (დასახ. ნაშრ., წ. 1, თ. 5, პარ. 3-4). ორიგენე ფიქრობდა, რომ ჩვენს სამყაროში არსებული სხვადასხვაობის მთავარი მიზეზი და საწყისი ცოდვით დაცემაა. სამართლიანმა ღმერთმა სრულიად თანასწორი და სრულფასოვანი "გონიერი არსებები" შექმნა. ნეოპლატონიკოსი ორიგენესათვის სრულყოფილება დაკავშირებული იყო სამყაროს სფეროსებურ გაგებასთან და მის სულიერებასთან. ორიგენე გონიერი არსებების საწყისი სრულყოფილების დახასიათებისათვის მიმართავდა უსხეულო საწყისების ცნებას და ამავე დროს იყენებდა სამყაროს ხატის ნეოპლატონისტურ სფეროსებრობისა და ბურთისებრობის ალეგორიას. მისი აზრით, დასაწყისში გონიერი არსებების ცხოვრება დაკავშირებული იყო ღვთაებრივი არსის თავისუფალ ჭვრეტასთან და მისი სიყვარულით აღვსილი სიხარულის შეგრძნებასთან. ორიგენე მიიჩნევდა, რომ თანდათანობით ამ მოაზროვნე სულიერ ქმნილებებს მობეზრდათ ღვთაებრივი არსის ჭვრეტა. მეორე მხრივ, გააჩნდათ რა თავისუფალი ნება, დაიწყეს ღვთაებრივი არსიდან ყურადღების სხვა მიმართულებით გადატანა და მათი ცოდვიანობაც სწორედ აქ დაიწყო. საბოლოოდ, გონიერმა არსებებმა დაკარგეს საკუთარი სულიერი ბუნება და განხორციელდნენ. ამის შემდეგ ყოველ მათგანს საკუთარი ("სახელი") დაერქვა. ასე გაჩნდა ფიზიკური სამყარო:


ამრიგად, ბოროტება და უსამართლობა ღვთის მიერ არ არის შექმნილი: ეს ყოველივე ქმნილი აზროვნების თავისუფალი ქმედების შედეგია. რაც უფრო კარგავდა ქმნილება თავისი შემოქმედის ჭვრეტის უნარს, მით მეტად უხეშდებოდა მისი სხეული. ორიგენეს სისტემაში შეიძლება ქმნილებათა ორი დონე დავინახოთ: პირველი და მარადიული დონე მატერიის გარეშეა, ხოლო ქმნილებათა მეორე დონის არსი იმაში მდგომარეობს, რომ მას საერთოდ არ გააჩნია დამოუკიდებელი რეალობა, ის, ისე როგორც "შედღვებილი" ან "შედედებული" სული მხოლოდ ცოდვის გამო ჩნდება. ვინაიდან ღმერთი მუდმივად შემოქმედებით პროცესშია და თავისი ბუნებით შემოქმედი არ შეიძლება რომ არ ქმნიდეს, ის თავისი ქმნილებისგან, ანუ ქმნილებასთან დამოკიდებულებაში არ არის თავისუფალი, ტრანსცენდენტური. პირველი დონის ქმნილებათა შექმნის პროცესი დროის მიღმიერ მარადისობაში მიმდინარეობს, მეორე დონის "ქმნილების" - დაცემულობის პროცესს თან სდევს მრავალფეროვნება და იგი დროში ვითარდება.

ორიგენე პატიოსნად ცდილობდა შესაქმის ბიბლიური თვალსაზრისი ბერძნული აზროვნებისათვის მოერგო, რომლისთვისაც, როგორც ინტელექტუალურად, ისე სულიერად მიუღებელი იყო ბიბლია. ორიგენე ძალიან გონიერი ადამიანი იყო და მას ესმოდა, რომ ჩვეულებრივ ქრისტიანებს მისი მსჯელობა არ მოეწონებოდათ. ამიტომ მთელი ეს მეტაფიზიკა მისი ბრწყინვალე ფრაზების მიღმა სათუთად იყო მიჩქმალული. ფილოსოფიურ თხზულებებთან ერთად ის წერდა ადამიანის სულიერი განვითარებისათვის საჭირო წერილებსა და ქადაგებებს, რომლებიც რთული აბსტრაქტული მსჯელობების გარეშე იყო შეთხზული. ორიგენეს სულიერი თხზულებები მის თანამედროვეებში დიდი პოპულარობით სარგებლობდა და მიუხედავად იმისა, რომ გვიანდელ ეპოქებში მის ბევრ გულშემატკივარს მშვენივრად ესმოდა ზოგიერთი მისი დებულების აშკარა მცდარობა, ორიგენე მაინც არაერთი ღვთისმეტყველის შთაგონების საგანი იყო.

ორიგენეს სისტემაში მნიშვნელოვანი ადგილი უჭირავს გამოხსნას. გამოხსნა ორიგენეს ესმის, როგორც საწყისი ღმერთჭვრეტით მდგომარეობაში, ანუ ღმერთთან ერთობაში დაბრუნება. ორიგენეს აზრით, შესაქმის ქრისტიანული რწმენისა და ასკეტური ცხოვრების მიზანი სწორედ ამგვარი ჭვრეტაა. (უნდა ითქვას, რომ ორიგენეს უკავშირდება ბერულ-მონაზვნური ცხოვრების ანგელოზთა ცხოვრებასთან გაიგივების გაგება.) ორიგენეს მიაჩნდა, რომ გამოხსნა, ანუ გადარჩენა შემდეგნაირად ხორციელდება: არსებობს მხოლოდ ერთი "გონიერი არსება", რომელსაც ღმერთის ჭვრეტა არასოდეს ბეზრდება, ამის გამო ამ ერთ არსებას არც ცოდვით დაცემა და არც ცოდვის შედეგები არ შეეხო. ეს არსება არის ადამიანი - იესო ქრისტე. სხვა გონიერ არსებათა მსგავსად, იესო ქრისტემ ბოძებული ზნეობრივი თავისუფლება ბოროტად არ გამოიყენა, ის სრულად მიეცა ღვთის სიყვარულს და როგორც ღვთაებრივი ლოგოსის მატარებელმა ქმნილებამ, მასთან საწყისი უწყვეტი ერთიანობა მთლიანად შეინარჩუნა. ის ადამიანის ისეთი სამშვინველი იყო, რომელშიც საჭირო მომენტში, დედამიწაზე ძე ღვთისა განხორციელდა (ორიგენეს სისტემა თავად ღმერთის განკაცებას არ გულისხმობს). გამოხსნის საქმეში აქ ქრისტეს უფრო პედაგოგის ფუნქცია აქვს, ვიდრე გამომსყიდველის. ორიგენე მიიჩნევს, რომ ქმნილების მთავარი ამოცანა ღმერთთან სრულად ზიარებაა, საიდუმლოს განგებულება იმას ნიშნავს, რომ ქმნილების ნების დარღვევის გარეშე, შესაბამისი ცოდნის გადაცემისა და შთაგონების გზით, განხორციელდეს ქმნილი სამყაროს სრული აღდგენა (სიტყვასიტყვით, რომ ვთქვათ: მოხდეს "ყველაფრის აღდგენა", აპოკატასტასის ტონ პანტონ). "აღდგენაში" აბსოლუტურ სიკეთესთან პირველქმნილი სრულყოფილი ერთიანობისა და ღვთაებრივი არსის ჭვრეტის სრულფასოვანი უნარის დაბრუნება იგულისხმება. როგორც ვხედავთ, ორიგენეს სისტემაში აქ მნიშვნელოვანი შეუსაბამობაა. ერთი მხრივ, მიმდინარეობს იმის მტკიცება, რომ ბოლოს და ბოლოს ქმნილება "დაუბრუნდება" შემომქმედთან ერთიანობას, და მეორე მხრივ, ორიგენე გვესაუბრება ქმნილებათა ზნეობრივ დამოუკიდებლობაზე. თუმცა მათი თავისუფლება კვლავაც ცოდვით დაცემას, ისევ აღდგენას და ა.შ. ისტორიის ნეოპლატონისტურ მარადიულ მითურ წრებრუნვას გულისხმობს:

ის გონიერი არსებები, რომლებმაც შესცოდეს, საწყისი მდგომარეობიდან თავისი ცოდვიანობის შესაბამისად დაეცნენ და სასჯელის სახით ისეთი სხეულით შეიმოსნენ, როგორსაც იმსახურებდნენ; მაგრამ როდესაც ისინი განიწმინდებიან, ისევ უბრუნდებიან საწყის მდგომარეობას და როგორც ბოროტებისგან, ისე სხეულისგან თავისუფლდებიან. შემდეგ მეორედ ან მესამედ და მრავალჯერ შეიძლება ისინი კვლავ დაისაჯონ და აღმოჩნდნენ სხეულში. სავსებით შესაძლებელია სხვადასხვა სამყაროები არსებობდნენ და კვლავაც იარსებებენ, ერთნი წარსულში, მეორენი მომავალში... ის, რასაც ჩვენ სამშვინველს ვუწოდებთ, რადგან დაცემისა და ცხოვრების გაუკუღმართების გამო წარმოიქმნა, ყველაფრის მიუხედავად მაინც გააჩნია ამაღლებისა და პირველქმნილ მდგომარეობაში დაბრუნების შესაძლებლობა (დასახ. ნაშრ., წ. 2, თ. 8, პარ. 3). ისტორიის ამ თავბრუდამხვევ წრებრუნვაში ჯერ თავი და ბოლო, ხოლო შემდეგ ყოველგვარი აზრი იკარგება. ქმნილება ზღუდავს შემომქმედს, ართმევს მას თავისუფლებას, რადგან მასში (ქმნილებაში) ყველაფერი მუდმივად აღდგენის აუცილებლობასაა დაქვემდებარებული. ღმერთთან საბოლოო გაერთიანების იდეა ყველა გონიერ ქმნილებას, მათ შორის დემონებსაც აერთიანებს, რაც არანაირად არ შეესაბამება მათი აბსოლუტურად თავისუფალი ზნეობის იდეას.

ასევე სრულიად გაუგებარია, ამ მუდმივად განმეორებადი ციკლების სისტემაში რა ადგილი უკავია იესო ქრისტეს. ის აზრი, რომ საყოველთაო აღდგენის შემდეგ ყველა "ქრისტეს თანაზომიერ" თავის პირველსახეს დაუბრუნდება, იქადაგებოდა VI საუკუნეში ორიგენეს ერეტიკოსი მიმდევრების ისოქრისტების მიერ. ორიგენეს აზრით, ქრისტე ისეთივე ადამიანია, როგორიც ყოველი ჩვენგანი, მაგრამ იმის გამოა გამორჩეული, რომ ღმერთთან "არსობრივი" ერთიანობა შეინარჩუნა (ანუ "ღმერთის ერთარსია"). ეს აზრი მართლმადიდებლურ სწავლებას რადიკალურად უპირისპირდება, რადგან არცერთ ქმნილ არსებას (ორიგენეს კი ქრისტე ქმნილად მიაჩნდა) არ ძალუძს ღმერთის ჭვრეტა და შეუძლებელია ქმნილება იყოს ღმერთის ერთარსი. ღმერთი ორიგენეს სისტემაში ნეოპლატონისტების ღმერთია და მისი არსი სულიერი ჭვრეტის ობიექტია. ამიტომ ორიგენეს სწავლება ღმერთისა და ქრისტეს შესახებ საფუძველშივე მცდარად უნდა ჩაითვალოს.