მათეს სახარების კომენტირებისას ორიგენე მეტად მნიშვნელოვან საკითხს აყენებს: როგორ უნდა აუხსნა "ლევიანნი" ან "ნეშტთა" წიგნების მნიშვნელობა მოუმზადებელ მკითხველს? ორიგენე აღნიშნავს, რომ ძველი აღთქმის წიგნებში აშკარად შეიგრძნობა ჰარმონია, მაგრამ მათი ცალ-ცალკე კითხვის დროს ამ ჰარმონიულ წყობას შინაარსი ეკარგება. ბიბლია საერთო აზრითა და ინტუიციით შეკავშირებული ერთიანი წიგნია, ამ მთლიანობას ერთი ცალკეული წიგნი ისევე ვერ გამოეყოფა, როგორც სიმფონიური ნაწარმოების მთლიანობას ერთი ინსტრუმენტის პარტია. წმინდა წერილის მიმართ ეს ცნობილი მუსიკალური ხატი პირველმა ორიგენემ გამოიყენა:

ადამიანს, რომელსაც არა აქვს მუსიკალური სმენა და არ ესმის მუსიკალური მრავალხმიანობის თეორია, ეჩვენება, რომ ფსალმუნის ან ლირას ყოველი ცალკეული სიმი, აშკარად ურთიერთშეუსაბამო, სხვადასხვა ხმას გამოსცემს და ამ სხვადასხვაობის გამო ბგერები არაჰარმონიულად ჟღერენ, ასევე, ის ადამიანები, რომლებსაც არ გააჩნიათ უნარი ღვთაებრივ ჰარმონიაში გაერკვნენ ან წმინდა წერილში დაუნჯებულ ძველსა და ახალ აღთქმას შორის, ან წინასწარმეტყველებათა და კანონს შორის, ან სახარებებს შორის, ან პავლე მოციქულის წერილებსა და სახარებებს შორის, და ბოლოს, პავლესა და სხვა მოციქულებს შორის, შეუსაბამობას ხედავენ. მაგრამ როდესაც ჩნდება პიროვნება, რომელსაც შესწავლილი აქვს ღვთაებრივი მუსიკა, გაწაფულია საქმესა და სიტყვაში - მნიშვნელოვანია, რომ სწორედ ამ ნიჭის გამო ერქვა ისრაელთა მეფეს დავითი, ანუ "ხელმარჯვე" (ეს არის ორიგენეს არასწორი ინტერპრეტაცია: დავითი ებრაულად "საყვარელს - გამორჩეულს" უნდა ნიშნავდეს), ასეთ ადამიანს, რადგან ის ფლობს კანონის სიმზე დროულად და სწორად ჩამოკვრის ხელოვნებას, ღვთაებრივი მუსიკა ადამიანების ცხოვრებაში შემოჰყავს. კანონთან ჰარმონიაში ის სახარების სიმებს ეხება, შემდეგ, როდესაც საჭიროა, იყენებს წინასწარმეტყველებას, მოციქულთა ბგერებს უხამებს წინასწარმეტყველებისა და მახარებლების სიმების ჟღერადობას. ამ პიროვნებას ესმის, რომ მთელი წმინდა წერილი ერთიანი ღვთაებრივი ინსტრუმენტია, რომელზეც ვისაც სურს აღკვეთოს და შეაჩეროს ყოველგვარი უკეთურობა, ისევე როგორც დავითი ამას საულის მახრჩობელა ბოროტი სულის დამორჩილებისა და დევნის დროს აკეთებდა, ერთი მელოდიის სხვადასხვა მაცხონებელ ნოტებს ჰარმონიული თანმიმდევრობით ააჟღერებს.

აი ბრწყინვალე, მაგრამ სავსებით ხელოვნური ალეგორიის მაგალითი, რომელშიც უარყოფილია ტექსტის ზედმიწევნითი, ისტორიული მნიშვნელობა: ორიგენეს მიერ მოსეს სიკვდილი განიმარტება, როგორც ძველი აღთქმის რელიგიის სიკვდილი, რომელმაც ადგილი ისუ ნავეს სახით ქრისტიანობას დაუთმო, რადგან ეს უკანასკნელი იესო ქრისტეს წინასახეა:

ახლა ჩვენ უნდა მოგითხროთ მოსეს სიკვდილის შესახებ, რადგან, თუ არ გავარკვიეთ, რას ნიშნავს მოსეს სიკვდილი, ვერ გავიგებთ, რა მნიშვნელობა ენიჭება ისუს (იგულისხმება ნავე), ანუ იესოს (ქრისტე) ძალაუფლებას. თუ გაიხსენებთ იერუსალიმის დაცემას, საკურთხევლების მიტოვებას, მსხვერპლშეწირვის, აღსავლენისა და საღვრელის დავიწყებას, უმღვდლობასა და უმღვდელმთავრობას, როდესაც დაინახავთ, რომ ყველაფერი ის, რაც ჩამოვთვალე, მართლაც ხდება და მათ შორის მიინავლა ლევიტთა მსახურება, მაშინ უეჭველად დარწმუნდებით, რომ აღსრულებულა მონა ღვთისა მოსე... მაგრამ როდესაც ხედავთ, რომ წარმართები ინათლებიან, ეკლესიები შენდება, ცხოველთა სისხლის ნაცვლად, მაცხოვრის სისხლით ნაპკურები საკურთხევლები იგება, როდესაც ხედავთ, რომ მღვდლებსა და ლევიტებს შესაწირავად თხებისა და ხარების სისხლი კი არა, სულიწმიდით აღვსილი ღვთის სიტყვა მოაქვთ, მაშინ იტყვით, რომ მოსეს ნაცვლად ისუ ნავეს ძე კი არა, ძე ღმრთისა - იესო ქრისტე მობრძანდა.

სხვა ისეთ ვარიანტს მოგახსენებთ, რომელიც მოგვიანებით წმინდა მამათათვის წერილის განმარტების კლასიკურ მაგალითად გადაიქცა და სადაც ახსნილია, რას ნიშნავს, გქონდეს იესო ქრისტეს რწმენა:

თუ ჩვენ, პეტრეს მსგავს სიტყვებს ვიტყვით და იესო ქრისტეს ისევე ვუპასუხებთ, როგორც სიმონ-პეტრემ უპასუხა: "შენა ხარ ქრისტე, ძე ცოცხალი ღმრთისა", - რადგან ამას ხორცი და სისხლი კი არ გაგვიცხადებს, არამედ ჩვენ გულებს ზეციერი მამის ნათელი მოიცავს, მაშინ ჩვენც ისეთივენი ვიქნებით, როგორც პეტრე. ისეთივე ნეტარებას ვეზიარებით, როგორსაც პეტრე, რადგან მიზეზი პეტრეს ნეტარებისა ჩვენზეც გავრცელდება... მისგან (მამისგან) ჩვენც მივიღებთ გამოცხადებას, რომელიც ზეცად ამაღლებს მათ, ვინც საკუთარ გულს ყველა საფარი ჩამოაშორა და მიიღო სიბრძნისა და გამოცხადების ღვთაებრივი სული... და... მაშინ "სიტყვა" ჩვენც გვეტყვის: "შენა ხარ კლდე" და ასე შემდეგ. ეს იმის გამო, რომ ქრისტეს ყოველი მოწაფე არის კლდე, და ქრისტესგან სულიერ სასმელს ის მოწაფეები სვამენ, ვინც არიან სულიერი კლდის სულიერ მორჩილებაში (1 კორ. 10:4), ეკლესიის შესაბამისი ცხოვრების წესი და ყოველი სიტყვა, მხოლოდ ასეთ კლდეზე დაეფუძნება.

სხვა სიტყვებით რომ ვთქვათ, კურთხევა, რომლითაც უფალმა მოციქული პეტრე აკურთხა, მხოლოდ მას არ ეკუთვნის, რადგან ყველა, ვინც პეტრეს მსგავსი თავისებურებებით ხასიათდება, მისი კურთხევის მოზიარეა. კურთხევის საფუძველი რწმენაა და ეკლესია - მორწმუნეების ერთობლიობაა. მიუხედავად იმისა, რომ ტექსტის წარმოდგენილ კომენტარში რომის ეკლესიის პრიმატის შესახებ ორიგენე ერთ სიტყვასაც კი არ ამბობს, სავალალოდ, დასავლეთის ეკლესიის ღვთისმეტყველთა მრავალი თაობისათვის ის მაინც იყო რომის ეპისკოპოსის უპირატესობის საფუძველი.

ორიგენეს უმნიშვნელოვანესი აპოლოგეტური ნაშრომია წიგნი "ცელსის წინააღმდეგ". წარმართი ფილოსოფოსი ცელსი იყო ავტორი ქრისტიანობის საწინააღმდეგო თხზულებისა "ჭეშმარიტი სიტყვა". ამ თხზულების საპირისპიროდ შექმნილი ორიგენეს ნაშრომი ჩვენთვის გამორჩეულ ფასეულობას წარმოადგენს, რადგან მასში ცელსის მრავალი ციტატაა შემორჩენილი (თავად წიგნს ჩვენამდე არ მოუღწევია) და ამის წყალობით, ჩვენ III საუკუნეში წარმართებისა და ქრისტიანების დაპირისპირების გამომხატველი სრული სურათი გაგვაჩნია. ეს მასალა მით უფრო საინტერესოა, ვინაიდან ცელსს, როგორც კეთილსინდისიერ მოაზროვნეს, კარგად ჰქონდა შესწავლილი ბიბლიაც და ქრისტიანული სწავლებაც. წიგნი "ცელსის წინააღმდეგ", სერიოზული პოლემიკური ნაწარმოებია, სადაც პირველად აისახა დავა განათლებულ ქრისტიანსა და წარმართ ინტელექტუალს შორის.

ცელსის ძირითადი დებულებები შემდეგნაირად გამოიყურება. ჯერ ერთი, რადგან ქრისტიანები ებრაულ წერილს ეყრდნობიან და ცელსი ამ წყაროს პროვინციულად, ბარბაროსულად და არაფილოსოფიურად მიიჩნევდა. ის ფიქრობდა, რომ ქრისტიანები, როგორც ღვთისმსახურებაში, ისე ფილოსოფიაში, წარმართებს მნიშვნელოვნად ჩამორჩებიან. ამავე დროს, ცელსს არ მოსწონდა ქრისტიანების დემოკრატიულობა: მათი სწავლება ხელმისაწვდომია, როგორც ყოველი ცალკეულისთვის, ისე ყველასათვის, მაშინ როდესაც ჭეშმარიტი ფილოსოფია არისტოკრატული დისციპლინაა, ის რჩეულთათვისაა განკუთვნილი და მასში მხოლოდ მცირე ჯგუფი შეიძლება ერკვეოდეს. ქრისტიანულ ეთიკასა და ლოგოსის შესახებ სწავლებას ცელსი პატივისცემით იხსენიებს. ცელსი ქრისტიანებს მოუწოდებდა, შეერთებოდნენ რომის პლურალისტურ საზოგადოებას, შეეძლოთ შეენარჩუნებინათ იესო ქრისტეს რწმენა, რომელსაც ცელსი გრძნეულად თვლიდა და მიაჩნდა, რომ მან მართლაც მოახდინა არაერთი დასამახსოვრებელი სასწაული.

პოლემიკის ყურადღების ცენტრში იყო კერპისა და გამოსახულებების თაყვანისცემასთან დაკავშირებული საკითხები. ცელსი წერდა, მიუხედავად იმისა, რომ ქრისტიანები წარმართებს უხეშ მატერიალიზმში ადანაშაულებენ, თვითონ გაცილებით უარესნი არიან. ისინი ეთაყვანებიან ღმერთს, რომელიც ქალის მიერ იშვა და დედამიწას ადამიანის სახით მოევლინა. წარმართებს კი, მათგან განსხვავებით, როდესაც აღმართავენ თავისი ღმერთების ქანდაკებებს, ბრწყინვალედ ესმით, რომ ეს უბრალოდ ღმერთების გამოსახულებებია. ეს იყო გამოსახულების თაყვანისცემასა და რელიგიურ ხელოვნებასთან დაკავშირებული პირველი დავა ისტორიაში.

ორიგენეს სქელტანიან წიგნში, რომელსაც ეწოდება "საწყისების შესახებ", წარმოდგენილია რწმენის პრობლემებთან, ქრისტიანული აზროვნებისა და დოგმატიკის საკითხებთან დაკავშირებულ შეხედულებათა მთელი კომპლექსი. სათაურიდანაც აშკარაა, რომ წიგნი ყოვლისმომცველი ხასიათისაა. ის დაიწერა ალექსანდრიაში 220 და 230 წლებს შორის. მაშინ ორიგენე უკვე ჩამოყალიბებული მკვლევარი იყო. წიგნის სრული ტექსტი ჩვენთვის ცნობილია ტირანიუს რუტინის ლათინური თარგმანით, ხოლო ბერძნული ორიგინალური ვარიანტიდან ჩვენამდე მხოლოდ მცირე ფრაგმენტებმა მოაღწია. რუტინი წიგნს, "საწყისების შესახებ", იმ დროს თარგმნიდა, როდესაც ღვთისმეტყველთა შორის სერიოზული ეჭვი გაჩნდა ორიგენეს შეხედულებების მართლმადიდებლობასთან მიმართების საკითხში, ამიტომ მისი თარგმანის ბოლომდე ნდობა მიზანშეწონილად არ მიიჩნევა: რუტინს ბევრი რამ შერბილებული აქვს, ხოლო ცალკეულ ადგილებში თავისი მასწავლებლის აზრები შეგნებულად აქვს გადასხვაფერებული. წიგნი ოთხი ნაწილისაგან შედგება: პირველ ნაწილში ჩამოყალიბებულია სწავლება ღმერთის შესახებ, მეორეში - კოსმოლოგია (სამყაროს მოწყობის საკითხები), მესამეში - ანთროპოლოგია, მეოთხეში - ქრისტიანული გამოცხადება (წმინდა წერილის ფილოსოფია, ეკზეგეტიკის პრინციპები და ა. შ.).

ტრაქტატში, "დიალოგი ჰერაკლიტესთან", თავის შეხედულებებს წმინდა სამების შესახებ ორიგენე ერთობ ორაზროვნად აყალიბებს. არიანული დავების პერიოდში ამ ტრაქტატს როგორც არიოზის მომხრეები, ისე ნიკეის კრების მომხრე მართლმადიდებლები იმოწმებდნენ.

სულიერი ხასიათის ნაშრომთა რიცხვს შეიძლება მივაკუთვნოთ ორიგენეს ისეთი თხზულებები, როგორიც არის ტრაქტატი "ლოცვის შესახებ" და "იესოს ლოცვის კომენტარები". კლასიკური თხზულება "ლოცვის შესახებ", გამორჩეულად პოპულარული იყო ბერ-მონაზონთა წრეებში. ამ ნაშრომში განხილულია ღმერთთან ერთობის გზები, სადაც სულის ღმერთთან დაბრუნება აღწერილია ნეოპლატონისტურ კატეგორიებში.