წავკისში ოთხი მოქმედი ეკლესიაა. მათ შორის უძველესია წავკისის სასაფლაოს წმინდა მოციქულ თომას, კვირაცხოვლობის ეკლესია, რომელიც XIV-XV საუკუნეებშია აგებული.

ბაზილიკური ტიპის პატარა საყდარი წავკისის უძველესი სასაფლაოს ტერიტორიაზე, პატარა ბორცვზე დგას. ის გათვალისწინებული იყო მიცვალებულთათვის წესის ასაგებად. აშენებულია ფლეთილი ქვით. სარკმლების და კარების ჭრილში გამოყენებულია აგური. შიდა სივრცე კარგად ნათდება არა მარტო საკურთხევლის მხრიდან, არამედ სამხრეთ და დასავლეთ კედლებში გაჭრილი სარკმლებიდან. შუასაუკუნეების ქართული არქიტექტურის დამახასიათებელი ნიშნის მიხედვით ჩრდილოეთ კედელშიც გაჭრილია სარკმელი.

საბჭოთა პერიოდში ეკლესია ღვთისმსახურებისათვის დაკეტილი იყო. დროთა განმავლობაში იგი მთლიანად განადგურდა. ჩამოიქცა სახურავი და კედლებზე ბალახი ამოვიდა. ეკლესიის შენობა შუაზე იყო გახლეჩილი, სამხრეთი კედელი ნახევრად მიწით დაიფარა.

2001 წლის ივნისში წავკისის მოძღვრის, მამა დავით მინდორაშვილის ძალისხმევით და რეზო ჯანაშიას პროექტით დაიწყო ამ უძველესი ტაძრის აღდგენა. შეიმოსა ეკლესია ქვის პერანგით. ეკლესიაში დაიდგა ახალი კანკელი. გაკეთდა სამკვეთლო. აღდგენილ ეკლესიას დაადგეს წავკისის წმინდა მარინეს ეკლესიაში დაცული უძველესი ჯვარი. იმავე წელს, უწმინდესის ლოცვა-კურთხევით, ტაძარი აკურთხა მამა დავით მინდორაშვილმა.

ეკლესიის გარშემო კარგად არის შემონახული უძველესი საფლავის ქვები, მათზე ამოკვეთილ მამაკაცებს და ქალებს ეროვნული ტანსაცმელი აცვიათ.

ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის ეკლესია ანუ როგორც მას სოფელ წავკისში ეძახიან, მარიამის ეკლესია, დგას სოფლის შუაგულში. იგი დარბაზული ტიპისაა და თავისი გეგმით ახლოს არის სასაფლაოს კვირაცხოვლის ეკლესიასთან. კედლების მშენებლობაში გამოყენებულია ფლეთილი ქვა და აგური. მეცნიერთა აზრით, ეს ტაძარიც XIV-XV საუკუნეებშია აგებული.

საბჭოთა პერიოდში ეს პატარა ეკლესია სხვადასხვა დანიშნულებით გამოიყენებოდა. ტაძარში შემორჩენილია XVIII საუკუნეში თაბაშირისაგან ჩამოსხმული ლამაზი, ორნამენტებიანი კანკელი.

მამა დავით მინდორაშვილის თხოვნით, საქართველოს საპატრიარქოს საეკლესიო ხელოვნების საბჭომ 1999 წელს აღწერა ტაძარი: "ეკლესიის ინტერიერში, საკურთხევლის აფსიდის სიღრმეში XVII-XVIII საუკუნეების ტიპური ქართული ხელობის სამთაღიანი აგურის კანკელი დგას. იგი გაჯითაა შელესილი და გვიანი შუა საუკუნეებისათვის მახასიათებელი სპარსული ყაიდის ვარდულების უწყვეტი ორნამენტითაა შემკული. ამ კანკელს მართლმადიდებელი ლიტურგიისათვის ერთი უჩვეულო რამ გააჩნია, კერძოდ, მის აღსავლის კარში იატაკიდან შუა ნაწილამდე ჩადგმულია ბაზალტის ფილა, რომელზეც მოზრდილი ჯვარია ამოკვეთილი. ფილის ზედა ნაწილი მაგიდისებურადაა მოწყობილი. აღსავლის კარის სვეტებს უკანა მხრიდან (აღმოსავლეთიდან) აგურითვე ამოყვანილი მაღალი მოცულობა აქვს მიდგმული. ამგვარად, აღსავლის კარის ზედა ნაწილში ერთგვარი ნიშია მოწყობილი".

ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის ტაძარი დარბაზული ტიპისაა. ბოლო პერიოდში ეკლესია გარედან ქართული აგურით შეიმოსა. ოთხივე კედელში სარკმელია გაჭრილი. ეკლესიას შესასვლელი დასავლეთ კედელში აქვს. კარის თავზე ჩადგმულია ქვა, რომელზეც გამოსახულია ღვთისმშობელი ყრმა იესოთი. აღმოსავლეთ კედელზე, გარედან ჩადგმულია ქვის დიდი ჯვარი. მიმდინარეობს ეკლესიის მიმდებარე ტერიტორიის კეთილმოწყობა.

უწმინდესის ლოცვა-კურთხევით, 1990 წლიდან წავკისის ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის პატარა ეკლესიაში აღდგა ღვთისმსახურება.

XX საუკუნის დასაწყისში ოსმალეთის იმპერიიდან გამოსახლებული სომხობა წავკისის ზემო უბანში სახლდება. სომხურმა მოსახლეობამ ფეხი ვერ მოიკიდა სოფელში და მათმა უდიდესმა ნაწილმა სხვაგან გადასახლება ამჯობინა. ამის საფუძველი ორი ძირითადი მიზეზი შეიძლება ყოფილიყო. ერთი - მიწის უკმარისობა, რომლის შესახებ 1903 წლის 17 სექტემბრის გაზეთ "ცნობის ფურცელში" ვკითხულობთ: "ოსმალეთიდან გადმოსული სომხები ბევრნი სოფლად დასახლდნენ, ერევნისა, განჯისა და ტფილისის გუბერნიაში. მაშინ იმედი ჰქონდათ, რომ ამ ახლად დასახლებულთ ხაზინა ადგილებს მისცემდა, მაგრამ ეს იმედი არ გამართლდა"...

სოფლიდან სომხური მოსახლეობის აყრის მეორე მიზეზი არანაკლებ მნიშვნელოვანია - ეს იყო ქართული მართლმადიდებელი ეკლესიის სიძლიერე და სოფლის მოძღვრის, მამა კორნელი ელიზბარაშვილის ზრუნვა თავის მრევლზე. 1899 წლის 24 აგვისტოს გაზეთ "ცნობის ფურცელში" დაბეჭდილი სტატიიდან ვგებულობთ, რომ წავკისში "აქომამდე არა ჰქონდათ სკოლა. დღეს კი დიდად პატივცემულის მოძღვრის მამა კორნელი ელიზბარაშვილის მეცადინეობით, უკვე შედგენილ იქმნა განაჩენი წერა-კითხვის სკოლის დაარსების შესახებ. ეს განაჩენი უკვე წარდგენილია ტფილისის ღუბერნატორთან დასამტკიცებლად. ესრედ მალე სოფელს წავკისს, წილად არგუნა ტფილისთან ერთად ცხოვრების მძიმე უღელის წევა, ეღირსება თავისი სკოლა, რომელშიაც ამ სოფლის ქართველთა ახალთაობა შეისწავლის წერა-კითხვას და ცოტათი მაინც გაინათლებს ჭკუა-გონებას. ამ სკოლის გამგედ დანიშნულ იქნება მამა ელიზბარაშვილი".

1904 წლის 21 ოქტომბრის გაზეთ "ივერიაში" ვკითხულობთ, რომ "მამა კორნელი ელიზბარაშვილის მეცადინეობით სოფელ წავკისის სამრევლოში, ექვსი წლის განმავლობაში, ორი სკოლა იქნა დაარსებული". უმიწოდ და ასეთ ძლიერ ქართულ მართლმადიდებელ სოფელში ცხადია, გაუჭირდებოდა სომხურ მოსახლეობას ფეხის მოკიდება.

წმინდა ნინოს სახელობის ეკლესია ძლიერ დაზიანდა. 1980 წელს კულტურის და ძეგლთა დაცვის სამინისტრომ ძეგლი აღწერა. ეკლესია ჯვარგუმბათიანი ტიპის ნაგებობაა. იატაკი მოგებული იყო ქართული აგურით.

ფასადზე განლაგებულია ნიშები, ცრუ პილასტრები, დეკორატიული ჯვრები. ჩრდილოეთისა და სამხრეთის შესასვლელი ხაზგასმულია აგურის თავსართავებით. დასავლეთ კედელზე მიშენებულია აგურის ორსართულიანი სამრეკლო. ეკლესია ნაგებია ქართული აგურით.

2002 წელს მომხდარმა მიწისძვრამ კიდევ უფრო დაამძიმა ეკლესიის მდგომარეობა. მნიშვნელოვნად დაზიანდა შენობის ყველა კონსტრუქციული ელემენტი, შენობის ნაწილებს შორის დაირღვა კავშირი და მისი კედლების ჩამონგრევა საფრთხეს უქმნიდა გარშემო არსებულ ნაგებობებსა და ადამიანებს. ამიტომ სათანადო კომისიამ მიიღო გადაწყვეტილება ეკლესიის შენობის დაშლის შესახებ. მის ადგილზე აიგო სამნავიანი ბაზილიკური ეკლესია, ეკლესიას გაუკეთდა გალავანი. ტაძარს შესასვლელი დასავლეთ მხარეს აქვს. კარიბჭეს ადგას სამრეკლო. კეთილმოეწყო ეზო, მესანთლის ოთახი.

2006 წლის 9 ნოემბერს, ახალციხის, ტაო-კლარჯეთისა და ლაზეთის მთავარეპისკოპოსმა თეოდორემ (ჭუაძე) წავკისში აკურთხა წმინდა ნინოს ტაძარი. იმავე დღეს ახალნაკურთხ ტაძარში უწმინდესმა სავედრებელი პარაკლისი აღავლინა.