იერუსალიმის პატრიარქმა დოსითეოსმა აღადგინა წმინდა ჯვრის მონასტერი ისევე, როგორც მის იურისდიქციაში გადასული სხვა იბერიული მონასტრები. XIV საუკუნიდან მოყოლებული მუსლიმანები ხელისუფლებისგან მოითხოვდნენ მონასტრის გადაცემას.

საპატრიარქოსა და ხელისუფლების შეთანხმებით მონასტრის ირგვლივ მდებარე მიწებზე საკუთრების უფლებისა და მონასტრის უახლოესი სოფლის - მალხის თაობაზე არსებობს წერილობითი მოწმობა, რომლის მიხედვითაც თავდაპირველად ამ სოფლის მცხოვრებნი იყვნენ იბერიელი ქრისტიანები. ისინი იბერიულმა თემმა დაასახლა აქ XIII საუკუნეში სამეურნეო საქმიანობის წარსამართავად, დროთა განმავლობაში გლეხები გამუსლიმანდნენ და სავანის დაშლის შემდეგ კი პრეტენზიას აცხადებდნენ მონასტრის მიწებზე. ეს საკითხი საბოლოოდ გადაწყდა იერუსალიმის საპატრიარქოს მიერ მიწების შესყიდვის შემდეგ.

XVIII საუკუნეში და XIX საუკუნის I ნახევარში მონასტერი მოქმედი იყო. ბერების რიცხვი საკმაოდ დიდი გახლდათ.

1848 წელს რუსულმა მართლმადიდებელმა ეკლესიამ იერუსალიმის საპატრიარქოს ნებართვა სთხოვა წმინდა ჯვრის მონასტერში რუსული სულიერი მისიის დამკვიდრების შესახებ. მაგრამ პატრიარქმა ათანასემ ამ მიმართვამდე მიიღო გადაწყვეტილება მონასტრის საღვთისმეტყველო სკოლად გადაკეთების შესახებ.

1855 წელს სამონასტრო კომპლექსი გადაკეთდა სალექციო შენობებად, სატრაპეზო მოეწყო ახალი მოთხოვნების შესაბამისად, ხოლო ყოველდღიური ლოცვების აღსავლენად შეიქმნა კაპელა, მსგავსი წმინდა იოანე დამასკელის კაპელისა. ძირითად შენობას დააშენეს სამი სართული, გაჩნდა სამრეკლო.

მონასტრის ბიბლიოთეკა შეივსო ასობით წიგნით - ენციკლოპედიებით, ლექსიკონებით, საღვთისმეტყველო შრომებით. ამასთან მის შემადგენლობაში იყო დიდი რაოდენობით უძველესი ხელნაწერები.

მონასტრის ყველაზე დიდი ნაგებობა გადაკეთდა მუზეუმად. ეს იყო პირველი მუზეუმი იერუსალიმში, სადაც სხვა ექსპონატებს შორის წარმოდგენილი იყო მრავალრიცხოვანი არქეოლოგიური არტეფაქტი პალესტინის ისტორიისა.

საღვთისმეტყველო სკოლა მოქმედებდა 1908 წლამდე. იგი დახურეს საპატრიარქოს ფინანსური სირთულეების გამო. 1905 წელს სკოლა ითვლიდა 485 ნამდვილ სტუდენტსა და 94 ასპირანტს. ბევრ კურსდამთავრებულს მაღალი თანამდებობა ეკავა აღმოსავლეთის მართლმადიდებელ ეკლესიებში. საღვთისმეტყველო სკოლის დახურვით წმინდა ჯვრის მონასტრისათვის კვლავ დადგა დაქვეითების პერიოდი. 60 წელზე მეტი ხნის განმავლობაში მონასტერში იმყოფებოდა მხოლოდ ერთი წინამძღვარი, რომელიც იმავდროულად, დარაჯის მოვალეობასაც ასრულებდა.

მონასტრის მივიწყებისა და დაცემის შედეგი იყო შენობის დაზიანება, მოზაიკური იატაკის დაშლა, კედლის მხატვრობის თანდათანობით გაქრობა.

წმინდა მიწაზე ქართველთა მოღვაწეობის შესახებ წერდნენ რუსი მოგზაურები და საეკლესიო მოღვაწეები, კერძოდ, არქიმანდრიტი ლეონიდე (კაველინი), რომელიც ცხოვრობდა იერუსალიმში 1858-1899 წლებში. 1881 წელს არქიმანდრიტი ანტონი (კაპუსტინი) მონასტერში საქმეების სავალალო მდგომარეობას აღწერს საანგარიშო ჩანაწერში, რომელიც გათვალისწინებული იყო თბილისში არქეოლოგიურ შეკრებაზე წასაკითხად: "მთელი ეკლესია შიგნიდან, კედლები, თაღები და კამარები დაფარულია ხატწერის გამოსახულებებით, რომლებიც ამჟამად უმეტესად დაზიანებულია... [მონასტრის ბიბლიოთეკისგან] ჯერ კიდევ შემორჩენილია სამი-ოთხი ათეული ძველი, დაზიანებული, ჭიებით გამოჭმული, დამტვერილი და უყურადღებოდ მიტოვებული ხელნაწერი წიგნები, რომლებიც ამჟამად ყრია წმინდა იოანე დამასკელის სახელობის საოჯახო ეკლესიის ერთ ოთახში"....

რუსეთის საზოგადოებას აღელვებდა ჯვრის მონასტრის მდგომარეობა. მ. სოლოვიოვი "მოსკოვსკიე ვედომოსტი"-ში (1894 #2) წერდა: იერუსალიმის მონასტრებს შორის ყველაზე საუკეთესო და კეთილმოწყობილი - წმინდა ჯვრის მონასტერი, ყველა ვალისაგან გაწმენდილი მეფე ირაკლის მიერ XVIII საუკუნის ბოლოს, იმყოფება მხოლოდ საპატრიარქოს გამგეობის ქვეშ იბერიელი ბერების იქ არყოფნის გამო, რომელთაც უფლებამოსილება შეუწყდათ მხოლოდ გასული საუკუნის (XVIII) ბოლოს, თურქეთთან და სპარსეთთან საქართველოს შეუპოვარი ბრძოლის შედეგად, საქართველოს უფლებები არ არის საკამათო საკითხი ისევე, როგორც არ ჩაღდება კამათი ქართული მიწების გამოყენების შესახებ, რომელიც იერუსალიმის საპატრიარქოს ერიცხება.

ჯვრის მონასტრისადმი რუსული საზოგადოების ინტერესი შემთხვევითი არ იყო. წმინდა მიწაზე ფართოდ გაჩაღებულმა დიპლომატურმა და საგანმანათლებლო საქმიანობამ შესაძლებელი გახადა არაოფიციალურ დონეზე დაეყენებინათ რუსეთისათვის მონასტრის გადაცემის საკითხი, რადგან საქართველო იმჟამად დიდი ხნის შესული იყო რუსეთის იმპერიის შემადგენლობაში.

მხოლოდ 1970-1973 წლებში მოახერხა იერუსალიმის საპატრიარქომ შენობის სრული აღდგენა, მოზაიკური იატაკის რესტავრაცია და კედლის მხატვრობის ნაწილობრივი კონსერვაცია. მონასტრის ძეგლებისა და სიძველეების მნიშვნელოვანი ნაწილი, სამწუხაროდ, დაიკარგა.

წმინდა ჯვრის მონასტრის ეკლესია იძლევა ჭეშმარიტი მართლმადიდებლური ხელოვნებისა და ტრადიციული იკონოგრაფიის გაცნობის შესაძლებლობას. არქიტექტურული ხაზების, იატაკის მოზაიკისა და კედლის მხატვრობის ჰარმონია მონასტრების მთავარ ეკლესიას ქრისტიანული ხელოვნების ცოცხალ მუზეუმად წარმოაჩენს, შუა საუკუნეებიდან მოყოლებული ჩვენს დრომდე.

სააღდგომო დღესასწაულზე მოვინახულე ჯვრის მონასტერი. ტაძარი დაკეტილი დამხვდა... სააღდგომო წირვა-ლოცვის დროს ვესაუბრე პატრიარქს და ისე გამიმართლა, რომ ტაძარში აღმოვჩნდი მასთან ერთად მის გვერდით.

იქ მყოფმა რუსმა ქალბატონმა მითხრა, ჯვარია დაკარგულიო.

ტაძრის მსახურები ფოტოების გადაღების უფლებას არ მაძლევდნენ იმიტომ, რომ დაზიანებული იყო შოთა რუსთაველის ფრესკა, მაგრამ, ღვთის წყალობით, მაინც მოვახერხე ამ სურათების გადაღება.