შემოვიდნენ ბოლშევიკები საქართველოში და დაიწყო ღვთისმსახურთა სასტიკი დევნა, რომელიც მას შემდეგ გაძლიერდა, რაც კათოლიკოს-პატრიარქმა ამბროსიმ გენუის კონფერენციას წერილით მიმართა და მოითხოვა დახმარება... პატრიარქი და საკათალიკოსო საბჭოს წევრები დააპატიმრეს, დახურეს ეკლესია-მონასტრები, მათ შორის სამთავროს დედათა მონასტერიც.

ჩვენი პატრიარქის, ილია მეორის ნათლია, იღუმენია ზოილე (დვალიშვილი) ასე იგონებს ბოლშევიკური ხელისუფლების მიერ სამთავროს დედათა მონასტრის დარბევას:

"როდესაც მონასტრიდან გამოგვაძევეს, მამულაშვილი მოულოდნელად გამოჩნდა... მილიციას ალყაში მოექცია სამთავროს ეზო, ხელისუფლების ნაწილიც იქ იყო... გვემუქრებოდნენ, - თუ რომელიმე შეყოვნდებით, ციხეში გიკრავთ თავსო... სიწმინდეები და ნივთები კელიებიდან გადმოგვიყარეს... მამულაშვილმა სთხოვა, - მონაზვნებს ხელი არავინ ახლოს, ჩემთან მიმყავს სამუშაოდო, შემდეგ თავადვე გაიტანა ჩვენი ნივთები, ხატები და წიგნები... ყველა ჩვენგანი შეიფარა, მამასავით და ძმასავით გვივლიდა და გვპატრონობდა, რისთვისაც შეეძლოთ, ციმბირს ეკრათ თავი...

რამდენიმე თვეში კი, დღემდე არ ვიცი, ვისი შეწევნით, ჩვენსავე დარბეულ კელიებში დაბრუნების უფლება მოგვცეს (მათი ნაწილი ტუბდისპანსერს გადაეცა)... გადასვლაში ისევ მამულაშვილი დაგვეხმარა და ამის შემდგომ აღარც გვინახავს, თუმცა უჩუმრად, ვიღაცის ხელით გვიგზავნიდა ხოლმე შესაწირსო..."

გაუჭირდათ დედებს. ჯერ მონასტრიდან განდევნეს, ბოლოს, ერთი ოთახი დაუთმეს. 1924 წელს დედებს არტელი ჩამოუყალიბებიათ, საბნებს კერავდნენ. მონასტერი გარეგნულად არტელად გადაიქცა. საბუთებს ხელს "ამხანაგი ნინო" აწერდა. 1933 წლიდან ამ საწარმოს თავმჯდომარე ანუსია კოჭლამაზაშვილი ყოფილა. დედა ნინო (ციციშვილი) კი, თავადური წარმოშობის გამო, რიგით წევრად დარჩენილა. 1930 წელს სამთავრო კულტურის ძეგლად გამოცხადდა. 1938 წელს დედა ანუსია ძეგლის მცველად არის დასახელებული. მონასტრის არქივში დაცული პირადი მიმოწერიდან ჩანს, რომ ქართველი სამღვდელოება სამთავროს მონასტერს მოქმედ მონასტრად თვლიდა და დედა ნინოს (ციციშვილი) იღუმენიად მოიხსენიებდა. დედა ნინო 1941 წელს გარდაიცვალა და დაკრძალულია სამთავროს ტაძრის აღმოსავლეთ ფასადის წინ.

ამ პერიოდში მისულა სამთავროს მონასტერში თორმეტი წლის ვასიკო ურგებაძე (შემდგომ წმ. არქიმანდრიტი გაბრიელი). მაშინ დედების წინამძღვარი ანუსია კოჭლამაზაშვილი იყო. მონაზვნებმა დააპურეს, მაგრამ ღამე არ გაათევინეს. ბიჭი შინ არ წავიდა, ის ღამე ჭიშკართან გაათია, დილით ღვთისმშობელს სთხოვა: "ამ ქვეყნიდან ისე ნუ გამიყვან, აქ რომ სენაკი არ მომცეო". უსმინა ღმერთმა და სიცოცხლის ბოლო მამა გაბრიელმა სამთავროს მრგვალ კოშკში იცხოვრა და იმოღვაწევა. აქვე დაიკრძალა. შეგვეწიოს მამა გაბრიელი, მას ლოცვა შევთხოვოთ...

ვახსენოთ მიხა პაპა - მიხეილ მამულაშვილიც, დიდი მონაზვნის, ევპრაქსია ჩარკვიანის გაზრდილი. როგორც უკვე მოგახსენეთ, მაშინ, როცა ხელისუფლებამ მონასტერი დახურა, მონაზვნები გამოაძევა, მან ყველა შეიფარა. დედა ზოილე ჰყვებოდა: "მილიციამ ალყა შემოარტყა ეზოს, ნივთები სენაკებიდან გამოგვიყარეს. მოულოდნელად მამულაშვილი გამოჩნდა. სთხოვა, - ამათ ხელი არ ახლოთ, მე მიმყავს სამუშაოდო. თავისი ხელით გადაიტანა ჩვენი ნივთები შინ, წამოიღო ჩვენი ხატები და წიგნები, ყველა შეგვიფარა, გვივლიდა და გვაპურებდა, ისე ზრუნავდა ჩვენზე, როგორც მამა - შვილებზე და ძმა - დებზე. ამისთვის შეეძლოთ, თავადაც გაესახლებინათ".

შემდგომში, როცა მონასტერში რამდენიმე ოთახი გამოუყვეს მონაზვნებს, მამულაშვილი გადასვლაშიც დაეხმარა და მერეც ჩუმად უმართავდა ხელს.

მიხა პაპა შობის წინა დღეს, 6 იანვარს გარდაიცვალა. 1973 წელს სიკვდილის წინ უფალმა ღირსი გახადა, აღსარება ეთქვა ეპისკოპოს ილიასათვის (შიოლაშვილი) და მის ხელთაგან ზიარებულიყო.

ჩვენი პატრიარქის, ილია II-ის გადმოცემით, სამთავროში II მსოფლიო ომის შემდგომ მონასტრის იღუმენიად უკურთხებიათ ანუსია კოჭლამაზაშვილი. იმდროინდელი საბუთებით ჩანს, რომ სამთავროს მონასტერი იმჟამად (1957 წ.) გაუქმებული იყო, მაგრამ მონაზვნებს გარკვეული უფლებები ჰქონდათ. დედა ანუსიას შემდეგ, 60-იან წლებში სამთავროს მონასტერს დედა ქეთევანი (გონგლაძე) წინამძღვრობდა, 60-70-იან წლებში კი იღუმენია ზოილე (დვალიშვილი, 1892-1973).

დედა ზოილე ბედიის მონასტრის უკანასკნელი წინამძღვარი ყოფილა. პატრიარქ კალისტრატეს გადაუყვანია მედავითნედ ვლადიკავკაზის ქართულ ეკლესიაში. 1930-იან წლებში იგი მოსულა სამთავროს მონასტერში. აღსანიშნავია ისიც, რომ დედა ზოილეს ნათლული გახლავთ უწმინდესი და უნეტარესი ილია მეორე. ამ წმინდა დედას წინასწარმცნობელობის მადლიც ჰქონია და ჯერ კიდევ ადრეულ ასაკში უწინასწარმეტყველებია ნათლული ირაკლისთვის პატრიარქობა. დედა ზოილე 1973 წელს გარდაიცვალა და დაკრძალულია სამთავროს ეზოში, ჩრდილო გალავანთან.

სამონასტრო ტიპიკონი სამთავროში მხოლოდ 80-იან წლებში აღდგა. მონასტრის იღუმენია გახლდათ დედა ანა აფაქიძე. იგი 1986 წელს გარდაიცვალა და დაკრძალულია სამთავროს ეზოში. 1991 წლიდან მოყოლებული კი მონასტრის იღუმენია გახლავთ დედა ქეთევანი, რომლის ხელშიც გამშვენდა და გალამაზდა სამთავროს მონასტერი.