სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქია დასავლეთ საქართველოში, მდინარე რიონსა და ეგრისწყალს შორის, ოდიშის დაბლობზე მდებარეობს. იგი მოიცავს სამეგრელოს ქალაქებს - სენაკს, ჩხოროწყუს და მათ შემოგარენს.

სენაკისა და ჩხოროწყუს სამღვდელმთავროს აღმოსავლეთიდან ესაზღვრება ჭყონდიდის, დასავლეთიდან - ზუგდიდისა და ცაიშის, ფოთისა და ხობის, ჩრდილო-აღმოსავლეთით - ცაგერისა და ქვემო სვანეთის, ჩრდილო-დასავლეთიდან - მესტიისა და ზემო სვანეთის, სამხრეთიდან - შემოქმედის ეპარქიები.

ეპარქიის სამწყსო განფენილია ხობისწყლისა და ტეხურის შუა დინების და ნაწილობრივ მდინარე რიონის აუზებში, რაც ძველი ქართული სამეფოს ეგრისის (ლაზიკის) ცენტრალურ ნაწილს წარმოადგენს.

მოციქულთა ქადაგებით მოქცეული ამ კუთხის მოსახლეობა საბოლოოდ გაქრისტიანდა IVს-ში, საქართველოში ქრისტიანობის სახელმწიფო რელიგიად გამოცხადების შემდეგ. ქრისტიანობის მიუხედავად, ერთმორწმუნე ბერძენთა აგრესია ეგრისის მიმართ უფრო გაძლიერდა.

ბერძნული წყაროების მიხედვით, ჰერაკლეს შემოსევებისას ეგრისის სამეფოს ტერიტორიაზე არსებული ბერძნული სამღვდელმთავროების იურისდიქციაში იყო მოქცეული მთელი ზღვისპირეთი. კონსტანტინოპოლის პოლიტიკური და საეკლესიო გავლენისგან გათავისუფლება VIIIს-დან დაიწყო.

აფხაზეთის საკათალიკოსოს ჩამოყალიბების შემდეგ მთელ დასავლეთ საქართველოში მისი იურისდიქცია გავრცელდა, ხოლო საქართველოს ტერიტორიაზე ძალით დაფუძნებული ბერძნული სამღვდელმთავროები ქართულით შეიცვალა.

თანამედროვე სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქიის ტერიტორიის იმჟამინდელი მოსახლეობა ცაიშისა და ჭყონდიდის ეპარქიების შემადგენლობაში შედიოდა.

როდესაც საქართველო სამეფო-სამთავროებად დაიყო, სენაკის ტერიტორიაზე არსებული უკვე ყოფილი ეგრისის სამეფოს ძველი დედაქალაქი ციხეგოჯი XVI-XVIIIსს-ში ოდიშის მთავართა - დადიანთა რეზიდენცია გახდა. ამ დროიდან ჩრდილოკავკასიელ მთიელთა შემოსევებით შევიწროებული აფხაზეთის კათოლიკოსი იძულებული ხდებოდა, თავშესაფარი შედარებით უსაფრთხო ადგილას ეძია და ღვთისმსახურებას ხშირად სენაკში აღასრულებდა.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ ეს მხარე 1823 წელს ჩამოყალიბებულ სამეგრელოს ეპარქიაში გაეთიანდა. 1874 წლის მაისში რუსეთის ეკლესიის წმინდა სინოდის განჩინებით გაუქმებული სამეგრელოს ეპარქია სენაკისა და ჩხოროწყუს ტერიტორიებსაც აერთიანებდა.

1917 წელს საქართველოს ეკლესიის წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით, ჭყონდიდის ეპარქიის საფუძველზე, მისი ტერიტორიული გაყოფის შედეგად, აღდგა ძველი სამღვდელმთავროები: ზუგდიდისა და ცაიშის, ფოთისა და სენაკის და საკუთრივ ჭყონდიდისა. 2003 წლის 18 აგვისტოს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდის კრების განჩინებით, ჭყონდიდისა და ფოთი-სენაკის ეპარქიათა ხელახალი ტერიტორიული გადანაწილების საფუძველზე ჩამოყალიბდა სენაკისა და ჩხოროწყუს ეპარქია. ახალდაარსებული ეპარქიის საჭეთმყრობლად წმინდა სინოდმა გამოარჩია არქიმანდრიტი შიო (მუჯირი).