კომუნისტური მმართველობის ხანაში საქართველოში სრულიად ჩაკვდა სულიერი ცხოვრება, ჩვენში სარწმუნოების აღორძინება და ბერმონაზვნური ცხოვრების გამოღვიძება სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის აღსაყდრების შემდეგ დაიწყო. შეუძლებელია, ეს სულიერი გამოღვიძება მის მშობლიურ კუთხეს, ხევსაც არ შეხებოდა. უწმინდესმა 1980 წლის 16 ივლისს გერგეტის სამებაში წირვა აღავლინა და ამ დღეს სიყვარულის დღესასწაული უწოდა. მას შემდეგ სრულიად საქართველო ზეიმობს გერგეტის სამებობას. დღეს აქ მამათა მონასტერია და ბერები მოღვაწეობენ.
მონასტერი დაარსებულია XIX საუკუნის ბოლოს. ჯიხეთის მთაზე მეტად მიუდგომელ ალაგს მდგარა მენელსაცხებლე დედათა სახელობის მონასტერი. თურმე, დედებს მეტად აწვალებდათ უწყლობა, ამიტომ გადაუწყვეტიათ ტაძრისათვის ახალი ადგილი შეერჩიათ. ეს არჩევანი, წარღვნის მსგავსად, სამი მტრედისათვის მიუნდვიათ. იქვე, ახლოს, მთის ძირში დაფრინდნენ მტრედები. სამებად იწოდებოდა ის ადგილი. ამიტომაც ახალი ტაძრისთვის სამება-ჯიხეთის მონასტერი უწოდებიათ. ლოცვა-ვედრებით დაუშლიათ ეკლესია, გადმოუტანიათ ქვები, ყველა სიწმინდე, მოკრძალებით და რუდუნებით უშენებიათ ახალი მონასტერი და უბედნიერესი ხანაც დაუდგათ და შედგა პირველი საზეიმო წირვა. წირავდა ყოველმხრივ მომადლებული, ახალგაზრდა დეკანოზი ეპიფანე ხონელია.
თავდაპირველად 113 დედა მოღვაწეობდა მონასტერში. პირველი წინამძღვარი და მონასტრის დამფუძნებელია დედა ელენე (მგალობლიშვილი).
მონასტერში სკოლაც იყო. აქ წერა-კითხვასაც ასწავლიდნენ და საოჯახო საქმესაც, ხელგარჯილობასაც.
დედათა უმრავლესობა, ღვთის სადიდებელი ლოცვა-ვედრებით, მონასტერშივე აღესრულა. რამდენიმე ტაძრის ეზოშივეა დაკრძალული.
სამება-ჯიხეთის მონასტერს გულისხმიერება და ზრუნვა არასდროს მოჰკლებია ღვთითკურთხეული მღვდელმთავრებისაგან, რომელთაგან პირველი იყო გურია-ოდიშის ყოვლადსამღვდელო ეპისკოპოსი გრიგოლი (დადიანი), მეუფე ალექსანდრე (ოქროპირიძე), მღვდელმთავარი დიმიტრი (აბაშიძე) და სხვანი.
ისტორიული დოკუმენტებიდან ჩანს, თუ რა მჭიდრო ურთიერთობა ჰქონდათ გურიის მონასტრის დედებს ათონის იოანე მახარებლის სახელგანთქმულ მონასტერთან. 1905 წელს იოანე მახარებლის მონასტრის წინამძღვარმა, მღვდელმონაზონმა იონამ სამება-ჯიხეთის მონასტერს ათონიდან ღვთისმშობლის ხატი გამოუგზავნა.
1984 წლიდან მონასტრის წინამძღვარია არქიმანდრიტი ანდრია (კბილაშვილი).
პროექტის თანახმად, წმინდა სამების საკათედრო ტაძრის კომპლექსი შედგება: ტაძრის, სამრეკლოს, საპატრიარქოს, მამათა მონასტრის, სასულიერო სემინარიისა და აკადემიის, სასტუმროებისა და სხვა დამხმარე შენობებისგან. მთლიანი კომპლექსისთვის ელიას მთაზე 11 ჰა მიწის ფართობი გამოიყო.
სასულიერო პირებმა ტაძრის საძირკველს ჩააყოლეს წმინდა ადგილებიდან ჩამოტანილი სიწმინდეები: ქვა სიონის მთიდან, სადაც მოსეს ათი მცნება მისცა უფალმა; ქვა მდინარე იორდანედან, სადაც ნათელიღო იესო ქრისტემ; ნაზარეთიდან, სადაც ეხარა ღვთისმშობელს მაცხოვრის შობა; იერუსალიმის სიონიდან, სადაც დაკრძალული იყო ღვთისმშობელი; მიწა იერუსალიმის ქართველთა ჯვრის მონასტრიდან; აჭარიდან, გონიოდან, საიდანაც შემოვიდა ანდრია პირველწოდებული და სადაც განისვენებს მატათა მოციქული; ჯავახეთიდან, ფარავნის ტბიდან, საიდანაც შემოვიდა წმინდა ნინო; სვეტიცხოვლიდან, სადაც ბრძანდება უფლის კვართი; მცხეთის სამთავროს მონასტრიდან, სადაც მოღვაწეობდა წმინდა ნინო; მოწამეთადან, სადაც წმინდა დავითისა და კონსტანტინეს წმინდა ნაწილები განისვენებენ; აფხაზეთიდან, კომანიდან, წმინდა ვასილისკოს წყაროდან; იერუსალიმის საბა განწმენდილის მონასტრიდან; კაპადოკიიდან, სადაც დაიბადნენ წმინდა ნინო, წმინდა გიორგი, ბასილი დიდი და სხვა წმინდა მამები; აფხაზეთიდან, სვიმონ კანანელის საფლავიდან; წმინდა დიდმოწამე გიორგის საფლავიდან, იერუსალიმის ელეონის მთიდან, საიდანაც უფალი ამაღლდა ზეცად; ლეჩხუმიდან - წმინდა მაქსიმე აღმსარებლის საფლავიდან; გოლგოთიდან, თაბორის მთიდან, მამრეს მუხის ნაწილი; ქვა გუდამაყრის ხეობიდან, რომელზეც ბუნებრივად არის გამოსახული ჯვარი; სიონის საპატრიარქო ტაძრიდან, ქუთაისის ბაგრატის ტაძრიდან, გეგუთის სამეფო ციხე-სიმაგრიდან, გელათის მონასტრიდან, ანტონ მარტყოფელის საფლავიდან; ბაგრატიონთა სამეფო ტახტის ნაწილი სვეტიცხოვლიდან. უძველესი ტრადიციის თანახმად, მღვდელმთავრებმა საძირკველში ჩააწყვეს ოქროს მონეტები, საფუძველშივე იქნა ჩადებული საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქისა და იმჟამინდელი პრეზიდენტის ორი ფილა მათი სახელებით. "ყოვლადწმიდა სამებაო, დალოცე, გააძლიერე და გაამთლიანე სრულიად საქართველო და ეკლესია ჩვენი. გევედრები, ჰყავ ტაძარი ესე და საქართველო ტახტად და სამკვიდრებელად შენდა, ხოლო ერი ჩვენი - სამწყსოდ შენდა, ამინ! მონა ღვთისა მდაბალი ილია II, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი", - წერია უწმინდესის ფილაზე.