იერუსალიმის ჯვრის მონასტრის დაარსება საქართველოს პირველ ქრისტიან მეფესთან, წმინდა მირიანთან არის დაკავშირებული. გადმოცემით, მან, ღირსი ნინოს თხოვნით, ჯერ მეფე კონსტრანტინე მოინახულა, შემდეგ იერუსალიმში გაემგზავრა და იქ ტაძრის ასაშენებლად ადგილი მოიპოვა. ეს სწორედ ის ადგილი იყო, სადაც ხარობდა ლოტის მიერ დანერგილი და ერთ დიდ ხედ აღმოცენებული სარო, ფიჭვი და ნაძვი. მონასტრის საკრებულო ეკლესიაში დღემდე დაცულია მოკვეთილი ხის ძირი.

მირიანის შემდგომ საქართველოს სახელოვანი მეფე წმიდა ვახტანგ გორგასალი დიდძალი მხედრობით მოსულა წმინდა მიწაზე, იერუსალიმიდან განუდევნია უსჯულონი და მრავალი მონასტერიც აღუშენებია. მემატიანის გადმოცემით, ვახტანგს სინდთა მეფისთვის უთქვამს: "რამეთუ ჩემითა აქ მოსვლითა პირველად გამომიხსნია იერუსალემი, წმიდა ქალაქი, სადა დადგეს ფერხნი უფლისა ჩუენისა იესო ქრისტესნი, და მუნ აღასრულა ყოველივე ხსნისათვის სულთა ჩუენთასა. და შემდგომ ყოველი საქრისტიანო დამიხსნია მოოხრებისაგან, რამეთუ მისცემოდა ჟამი სპარსთა მეფისა მოტყუენვად ყოვლისა საქრისტიანოსა".

ქართველებს იერუსალიმი და მთლიანად პალესტინა დიდი ხნის განმავლობაში ეკავათ. ვახტანგ მეფემ ქალაქის დამცველად დატოვა თავისი მეომარნი, რომლებიც სამუდამოდ იქ დასახლდნენ. დეკანოზი პეტრე კონჭოშვილი, რომელმაც წმინდა მიწაზე 1899 წელს იმოგზაურა, საგულისხმო ცნობებს გვაწვდის მათ შესახებ: "ვარდის ღელესა", არის დაბა "მალხა", სადაც სცხოვრობს ექვსასი სული ორივე სქესისა; ამბობენ, რომ ვითომც ეს მცხოვრებნი არიან შთამომავალნი აქ გადმოსახლებულთა ქართველთა მეფე ვახტანგ გორგასლანის დროსა დაცემისაგან. მათ დაუვიწყებიათ მშობლიური ენა და სარწმუნოებაცა მამაპაპათა; მაგრამ გარდმოცემით იციან, რომ იგინი არიან შთამომავალნი შორეულ ჩრდილოეთიდან გადმოსახლებულთა, და უწოდებენ თავის თავსა "გურჯებად" - ქართველებად; და გარეშე მცხოვრებნი არაბნი ისე უყურებენ, ვითომცა მოსულსა უცხო ტომსა... იგინი იცავენ ჯვარის მონასტერსა და ემსახურებიან მას... სახითა, ზნეობითა და ჩვეულებითა იგინი განსხვავდებიან გარეშე მცხოვრებთა არაბის ტომისაგან".

მირიან მეფის მიერ დაარსებულ ჯვრის სავანეს მრავალმა ქარტეხილმა გადაუარა. იმის გამო, რომ ძლიერ გასაჭირში მყოფი საქართველოდან დახმარება აღარ მოდიოდა და პალესტინაში ქრისტიანების დევნამაც იმძლავრა, ჯვრის მონასტერი თანდათანობით დასუსტდა. XI საუკუნის დასაწყისისთვის იგი მთლიანად დანგრეულა. ამ დროისათვის ქართველები იერუსალიმსა და მის გარშემო არსებულ ეკლესია-მონასტრებში იყვნენ მიმოფანტული და არ არსებობდა მძლავრი კერა, რომელიც სათავეში ჩაუდგებოდა ღმრთის სადიდებლად და ერის სულიერი საგანძურის შესაქმნელად მიმართულ მათ საქმიანობას.

და აი, XI საუკუნის I ნახევარში ღირსი ექვთიმე მთაწმინდელის ლოცვა-კურთხევით და საქართველოს მეფის, ბაგრატ კურაპალატის და მისი დედის, მარიამის, თანადგომით ღირსმა პროხორე ქართველმა აღაშენა ჯვრის მონასტერი "შესაკრებელად ქართველთათვის".

ღირსი პროხორე ჯერ კიდევ ყრმა იყო, როცა შავშეთიდან კლარჯეთს წავიდა წყაროსთავის მონასტერში. როცა მისი სათნოებებით შემკული სული იხილეს, სავანის მამებმა ჯერ დიაკვნად დაასხეს ხელი, შემდეგ მონაზვნად აღკვეცეს და ბოლოს მღვდლად აკურთხეს. ამის შემდგომ იგი იერუსალიმში გაემგზავრა და მრავალი წლის მანძილზე საბა განწმენდილის ლავრაში იღვწოდა. და აი, ღირსმა პროხორემ, "ღმრთისა განგებითა იწყო შენებად მონასტრისა მახლობელად იერუსალიმს დასავლით კერძო, რომელსა უწოდიან ჯვარისა მონასტერი და აღაშენა და განასრულა და შეამკო ეკლესიაი ყოვლითა სამკაულითა". სავანის აღმშენებელმა მონასტერში შემოიკრიბა ოთხმოცამდე ძმა, რომელთა შორის ბევრი მწიგნობარი იყო, და დაუწესა მათ წმინდა საბას ლავრის მსგავსი ტიპიკონი. ღირსი პროხორე იყო ჯვრის სავანეში გაჩაღებული სულიერი და შემოქმედებითი საქმიანობის სულისჩამდგმელი.

სიბერის ჟამს პროხორემ დატოვა მონასტერი და განმარტოვდა უდაბნოში, სადაც მალე გარდაიცვალა.

ჯვრის მონასტერს თბილისში ჰქონდა ქართველ მეფეთაგან შეწირული მამული, წოდებული "ჯვარის მამისად". ჯვრის სავანეში ინახებოდა დიდი სიწმიდე - წმინდა ქალწულმოწამე ბარბარეს ხელი.

1071 წელს პალესტინა თურქ-სელჩუკებმა დაიპყრეს. მათ ააოხრეს იერუსალიმი და დაარბიეს ჯვრის სავანე. დაიწყო ჯვაროსნული ომები. ლათინებმა იერუსალიმიდან განდევნეს მუსლიმანები, მაგრამ ქრისტიანული სავანეებისთვის არც ეს აღმოჩნდა დიდად სახარბიელო. სიწმინდეები ჯვაროსნებმა მიიტაცეს. ამ დროისათვის ჯვრის მონასტერი ისევ გაძარცვული და ნახევრად დანგრეული იყო. მისი აღდგენა თავს იდო საქართველოს დიდმა მეფემ, წმინდა დავით აღმაშენებელმა, რომელმაც იერუსალიმში ქართლის კათალიკოსი იოანე საფარელი და თავისი მოძღვარი არსენ იყალთოელი მიავლინა: "ესე არსენი... წარავლინა მეფემან დავით აღმაშენებელმან დიდითა საფასითა და წარსაგებლითა და მრავლითა ძვირფასითა ნივთთა იერუსალიმად შესაწირავად წმიდათა მათ ადგილთა. მიიწია ესე და განამშვენიერა ჯვარის მონასტერი და სხვანი წმიდანი მონასტერნი ქართველთანი"... თავად ღირსი არსენი ჯვრის მონასტერში იყო აღზრდილი; ზედმიწევნით ჰქონდა შესწავლილი ბერძნული, ასურული და არაბული, აქვე თარგმნიდა ქართულ ენაზე საღმრთო წიგნებს და განაგებდა იერუსალიმის ქართულ სავანეებს, "ჟამად იმყოფებოდა იგი წინაშე დავით მეფისა აღმაშენებლისა და ჟამად იერუსალიმად ჯვარის მონასტერსა შინა".

ღმრთისმოყვარე წინაპართა კვალობაზე წმიდა მეფე თამარიც ყურადღებას არ აკლებდა უცხოეთის ქართულ სავანეებს. 1187 წელს წმიდა მიწას უმძიმესი განსაცდელი დაატყდა თავს - ეგვიპტეში ჩამოყალიბებული ახალი დიდი მაჰმადიანური სახელმწიფოს მმართველმა, სალადინმა, აიღო იერუსალიმი, დაანგრია და წაბილწა მრავალი სიწმიდე. სალადინმა ქრისტიანული სავანეები გააუქმა, ჯვრის მონასტერი კი მისმა ჯარებმა დაიკავეს და გაძარცვეს. თამარმა დამპყრობელს ელჩი გაუგზავნა ქართული სავანეების დაბრუნების თხოვნით. სულთანმა ყურად იღო თხოვნა და ქართველებს მონასტრები დაუბრუნა, ხარკი შეუმცირა და ქართველ ქრისტიანებს სხვადასხვა პრივილეგია მიანიჭა. ამ პერიოდში უკავშირდება ჯვრის სავანეს შოთა რუსთაველის სახელი. იცხოვრა შოთამ ჯვრის მონასტერში თავის აღსრულებამდე, ფრიადი მოღვაწეობით, ლოცვით, მარხვით და გლახაკთა გამოზრდით. ასე ყოველი სათნოებით აღასრულა თავისი ცხოვრება და დაკრძალეს ჯვრის მონასტრის დიდ ეკლესიაში, რომლის ერთ-ერთ სვეტზე არის კიდეც გამოსახული ღირსი მამების, მაქსიმე აღმსარებლისა და იოანე დამასკელის ფეხებთან დაჩოქილი, მავედრებელი თეთრწვერა მოხუცი. მის თავთან არის წარწერა: "რუსთაველი".

1273 წელს მამლუქებმა, შეიხ ჰიდრის ბრძანებით, ჯვრის მონასტერი დაარბიეს, ქართველებს ჩამოართვეს და მეჩეთად გადააკეთეს. მოწამებრივად აღესრულა წინამძღვარი ლუკა მუხაიძე, რომელიც მომხდურთ არ შეეპუა და სავანის დაცვა მოინდომა. ძმებმა მხოლოდ ბიბლიოთეკის ნაწილის გადარჩენა მოასწრეს, მაჰმადიანთა ხელში დარჩენილი წიგნები კი განადგურდა ან დაიტაცეს.

წმინდა ქალაქში ქართველთა გამგებლობა მცირე ხანს გაგრძელდა. მეფე დავითმა, დიმიტრი თავდადებულის ძემ, მეჩეთად გადაქცეულ ტაძარს ძველი პატივი აღუდგინა, შეაკეთა და ხელახლა მოახატვინა. იგი ჯვრის მონასტრის სააღაპე წიგნში იხსენიება, როგორც "მეორედ აღმაშენებელი წმიდისა მონასტრისა". დროის იმ მცირე მონაკვეთში, როდესაც ჯვრის სავანე ქართველთა ხელთ იყო, მრავალმა ქართველმა მეფემ და დიდებულმა გაუწია მას შემწეობა, მონასტრის ძმობამ განაახლა სულიერი და შემოქმედებითი მოღვაწეობა. კეთილისმყოფელთა შორის იყო მეფე გიორგი ბრწყინვალე, რომელსაც თანამედროვენი "იერუსალიმის წმიდა ადგილების განმადიდებლად" იხსენიებენ.

XVII საუკუნის 40-იან წლებში ჯვრის სავანის წინამძღვარი იყო ნიკიფორე ჩოლოყაშვილი, რომელმაც ოდიშის მთავრის ლევან დადიანის თანადგომით მონასტრის დანგრეული გალავანი და სენაკები აღადგინა და ტაძრის მოხატულობა საფუძვლიანად განაახლა. XVII საუკუნის მიწურულს ჯვარიც და სხვა ქართული სავანეებიც იერუსალიმის ბერძენთა საპატრიარქოს ხელში გადავიდა.