1969-1973 წლებში იერუსალიმის საპატრიარქომ ჩაატარა სამონასტრო ნაგებობების მსხვილმასშტაბიანი სარესტავრაციო სამუშაოები, რომლებიც მოიცავდა სამონასტრო ეკლესიაში მოზაიკური იატაკის კონსერვაციასაც. მოზაიკა მთლიანად ამოიღეს და დაამონტაჟეს ახალ მყარ საფუძველზე, რესტავრაციის შემდეგ კი ადრინდელ ადგილას. ამან შესაძლებელი გახადა გარკვეული არქეოლოგიური გამოკვლევების ჩატარება.
აღმოჩენის უდიდესი ნაწილი შეადგენდა ადრინდელი მოზაიკური იატაკის ფრაგმენტებს (დიდი ალბათობით ახ.წ.VI ს.). ძველი იატაკის ნაწილები აღმოჩნდა სადიაკვნოსა და სამსხვერპლოში, მათი საერთო განლაგება კი გვაფიქრებინებს, რომ თავდაპირველი შენობის გეგმა, რომელსაც იგი მიეკუთვნება, ემთხვევა ამჟამინდელი ეკლესიის გეგმას.
ამრიგად, არქეოლოგიურმა გამოკვლევებმა შესაძლებელი გახადა მონასტრის მშენებლობის საწყისი სტადიის განსაზღვრა - წმინდა მიწაზე ბიზანტიური მმართველობის წლები.
614 წელს, სპარსელთა შემოსევის დროს, დაინგრა მრავალი ეკლესია და განადგურდა ბერ-მონაზვნურ თემთა დიდი ნაწილი, უმოწყალოდ დახოცეს ათასობით იერუსალიმელი ქრისტიანი მოქალაქე. ცხადია, ამ საშინელებას ვერ გადაურჩა წმინდა ჯვრის მონასტერიც.
პალესტინის მიწები გათავისუფლდა მხოლოდ 629 წ. სპარსელებთან ბიზანტიის ომის გამარჯვებით დასრულების შემდეგ. სპარსელების მიერ დაპყრობილი უფლის ჯვარი დაბრუნდა პალესტინაში და აღიმართა ადრინდელ ადგილას - გოლგოთაზე. მაგრამ სანამ იერუსალიმს დატოვებდა, იმპერატორმა იერუსალიმის პატრიარქს, ზაქარიას მისცა დანგრეული ეკლესიებისა და მონასტრების საიმპერატორო ხაზინის სახსრებით აღდგენის განკარგულება.
მკვლევართა აზრით, აღდგენის გეგმაში ჩართული იყო წმინდა ჯვრის მონასტერიც. შესაძლებელია იმპერატორმა საგანგებო განკარგულებებიც მისცა ამ მონასტრის შესახებ, რამდენადაც სპარსელთა წინააღმდეგ საომარი კამპანია ჯვაროსნული ლაშქრობის ხასიათისა იყო და მისი ერთ-ერთი ძირითადი მიზანი მაცხოვრის წმინდა ჯვრის დაბრუნება გახლდათ.
მაგრამ უკვე 638 წ. პალესტინა და იერუსალიმი დაიპყრეს არაბებმა. ეს ქრისტიანთათვის მძიმე გამოცდის დასაწყისია. ბიზანტიისა და ქრისტიანული სამყაროსგან პალესტინის მოწყვეტა, ეკონომიკური დაცემა, ქრისტიანების მიმართ არაბი დამპყრობლების რეპრესიები, მონასტრებზე სარკინოზთა და სხვა არაბული ტომების ბარბაროსული შემოსევები გახლდათ წმინდა მიწის უმეტეს ქრისტიანულ სავანეთა განადგურებისა და აოხრების მიზეზი.
არაბი დამპყრობლებისგან პალესტინის ქრისტიანი მოსახლეობის შევიწროებამ განსაკუთრებულ სისასტიკეს მიაღწია X საუკუნის დასასრულსა და XI საუკუნის დასაწყისში, ფატიმიდების დინასტიის წარმომადგენლის, ხალიფა ალ-საკიმის მმართველობის პერიოდში (996-1021). 1009 წ. მისი ბრძანებით იერუსალიმში დაანგრიეს ეკლესიებისა და მონასტრების დიდი ნაწილი, განახლდა ქრისტიანთა სასტიკი დევნა. ასეთი ხვედრი ერგო წმინდა ჯვრის მონასტერსაც. იგი იმდენად ააოხრეს, რომ საცხოვრებლად აღარ გამოდგებოდა და მიატოვეს.
პროხორე (ერისკაცობაში გიორგი შავშელი) მონასტერში იზრდებოდა, ახალგაზრდობაში წავიდა ათონის მთაზე, 1010-1015 წლებში აღმოჩნდა პალესტინაში და მრავალი წელი გაატარა წმინდა საბას ლავრაში. ღირსი წმინდანის გიორგი მთაწმინდელის ცხოვრებაში ჩაწერილია: "იმ დროს ღირსი პროხორე ღვთისმოსავი მეფის ბაგრატის ნება-სურვილით წმინდა ქალაქში აშენებდა ქართულ სავანეს ცხოველმყოფელი ჯვრის პატივსაცემად იმ ადგილზე, სადაც მოიჭრა ხე მაცხოვრის ჯვრისათვის. გიორგი დიდად დაეხმარა ამ ღვთისმოსავ მამას და ხელი შეუწყო სავანის სწრაფად აღმშენებლობას. ღირსმა მამამ პროხორემ სთხოვა გიორგი მთაწმინდელს სავანისათვის მის მიერ გადათარგმნილი წმინდა წიგნების გაგზავნა, მაგრამ იმჟამად ნეტარმა მამამ ვერ შესძლო თხოვნის შესრულება. პროხორეს გარდაცვალების შემდგომ მისმა მოწაფეებმა ნეტარი გიორგისაგან მიიღეს თვენი, ჟამნგულანი, სრული ზადიკი და სხვა ღვთისმსახურების წიგნები".
მონასტრის და მთელი სამონასტრო კომპლექსის აღდგენა დაიწყო 1099 წელს, ე.ი. იერუსალიმში ჯვაროსნების შესვლამდე. ოღონდ არ არსებობს სანდო ცნობები, თუ როგორ გამოიყურებოდა შენობები X საუკუნეში, ვიდრე ხალიფა აღხაკიმი მას დაანგრევდა. მხოლოდ, ცხადია, რომ განსაკუთრებული ყურადღება დაეთმო სამონასტრო ეკლესიას. ვანდალთა მიერ განადგურებული მოზაიკის იატაკი შეცვალეს ახლით, VI საუკუნის ბიზანტიური მოზაიკის იატაკის იმიტაციით. იატაკის მსგავსი მოზაიკები ანალოგიური გეომეტრიული ორნამენტით, მცენარეული და ცხოველური მოტივებით არის წმინდა მიწის მრავალ ეკლესიაში.
კონკრეტულად ვინ მოხატა ეკლესია, არ არის ცნობილი. ეს შეიძლება ყოფილიყო თვითონ პროხორე და ცნობილი რუსი მომლოცველი იღუმენი დანიელიც, რომელიც იქ იმყოფებოდა რამდენიმე წლით ადრე. პროხორემ მონასტერში თავი მოუყარა მრავალ მთარგმნელს, მწიგნობარს, გადამწერსა და მხატვარს, წმინდა ჯვრის მონასტერი გახდა ქართული მწიგნობრობის ერთ-ერთი უმნიშვნელოვანესი ცენტრი. აქ ითარგმნებოდა და მრავლდებოდა თხზულებები, შეიქმნა ჯვრის მონასტრის ლიტერატურული სკოლა.
წმინდა პროხორე შავშელის ცხოვრებაში ჩაწერილია: "ღვთის შემწეობით ის შეუდგა მონასტრის მშენებლობას, რომელსაც ეწოდება ჯვრის მონასტერი... მან აღაშენა, და მოაწყო, და შეამკო ეკლესია ყოველგვარი მოხატულობით. შექმნა გუნდი მისივე მსგავსი ბერ-მონაზვნებისაგან, რომელთა რიცხვი დაახლოებით 80-ს შეადგენდა. მათთვის შეადგინა წესდება და სამონასტრო წესები... და როცა... დაასრულა თავისი შრომები, დაუსუსტდა სხეული შრომისა და სიბერისაგან. მაშინ სულიერ ძმათაგან აირჩია ერთი მოწაფე გიორგი, დააყენა წინამძღვრად, დაავალა მთელი ძალისხმევით ეზრუნა მონასტრის ბინადრებზე. ამის შემდეგ წავიდა არმონის უდაბნოში, თან წაიყვანა ორნი – პრესვიტერი და ბერი. და რამდენიმე ხნის შემდეგ დატოვა ეს ქვეყანა... ის აღესრულა 12 თებერვალს (1066), კვირა დღეს".
სამონასტრო ეკლესიის ადრეული მოხატულობის დიდი სიზუსტით დათარიღება შეუძლებელია შედარებით გვიანი მოხატულობის გამო, რომელიც შესრულებულია XII საუკუნეში იბერიელი დედოფლის, თამარის რწმუნებულის, შოთა რუსთაველის დროს, ასევე XVII საუკუნის შუახანებში მოხატულობის განახლების გამო. ამჟამად ჩვენ შეგვიძლია ვიხილოთ მხოლოდ მოხატულობის ფრაგმენტები, რომლებზედაც შენარჩუნებულია თავდაპირველი მოხატულობის თემები და კომპოზიცია. დროის ამ პერიოდში მონასტერი და ეკლესია არა მხოლოდ აღდგა, არამედ კიდეც განახლდა.
განახლების შემდგომ მონასტერში დასახლდნენ ბერძენი და ქართველი ბერები. ბევრი მათგანი ჩამოვიდა ათონიდან. იბერიის მეფეების, განსაკუთრებით კი დავით IV-ის (1089-1125) მხარდაჭერითა და ფინანსური დახმარებით, იბერიელთა თემი იზრდებოდა და ძლიერდებოდა. მონასტერმა შეძლო მის გარშემო მდებარე მიწების შეძენა და დროთა განმავლობაში სამონასტრო მეურნეობა განმტკიცდა.
მაგრამ იერუსალიმში ჯვაროსანთა შემოსვლის დროს ბევრ მონასტერს მიწა ჩამოართვა მეფე ბალდუინ IV-მ (1173-1183), რომელმაც სხვისი ქონებით სარგებლობის უფლება გადასცა უფლის საფლავის ტაძრის კათოლიკე ბერებს. წმინდა ჯვრის მონასტრის აყვავება დაიწყო მას შემდეგ, რაც ჯვაროსნებმა დატოვეს იერუსალიმი.
XII საუკუნის ბოლოს (დაახლ. 1185 წ.) იბერიაში თამარის მეფობის დროს, იბერიის სამეფო კარის მიერ საპასუხისმგებლო მისიით, იერუსალიმში ჩავიდა შოთა რუსთაველი, იერუსალიმის იბერიული საძმოს რეორგანიზებისა და ჯვაროსანთაგან დაზიანებული ჯვრის მონასტრის გასარემონტებლად.
შოთა რუსთაველის მიერ ჩატანილი სახსრებით და მისივე ძალისხმევით, მონასტრის სამფლობელოები, ეკლესია და დანარჩენი შენობები აღდგა. ბერების რიცხვი მნიშვნელოვნად გაიზარდა. მათ შორის იყო ბევრი მეცნიერი, ჰაგიოგრაფი. ზოგი თავისუფალ დროს გადაწერდა ძველ ხელნაწერებს, უმეტესობა ქმნიდა საღვთისმეტყველო ტრაქტატებს. სწორედ მათი შრომები დაედო საფუძვლად პირველ სამონასტრო ბიბლიოთეკას, რომელიც თანდათან მდიდრდებოდა და იქცა იერუსალიმის ერთ-ერთ ყველაზე მნიშვნელოვან წიგნთსაცავად.
შოთა რუსთაველი საქართველოს სამეფო კარზე განაგებდა ფინანსებს. მონასტერში შოთა რუსთაველის ყოფნის შესახებ ასევე ჩაწერილია საქართველოს საზოგადო მოღვაწის, ქუთაისის მიტროპოლიტის, არქიეპისკოპოს ტიმოთე გაბაშვილის წიგნში "მოგზაურობები". მან იერუსალიმი 1755-1758 წლებში მოილოცა.
შოთა რუსთაველმა განსაკუთრებული ყურადღება დაუთმო სამონასტრო ეკლესიის შიდა მორთულობას. ახალი ფრესკები შეიქმნა კედლის მხატვრობის თავდაპირველი გეგმის შესაბამისად, თუმცა ფრესკები ახდენდა ათონის მონასტრების იკონოგრაფიული სტილის რეპროდუცირებას. მოხატულობათა შორის შეიძლება დავინახოთ ასევე ზოგიერთი ბერძენი ანტიკური ფილოსოფოსისა და ბრძენის პორტრეტი, როგორიცაა: პლატონი, სოკრატე, არისტოტელე და პლუტარქე.
შოთა რუსთაველი ასევე გამოსახულია პირველ სვეტზე, მარჯვნივ, ჰიმნოგრაფ მაქსიმე აღმსარებელსა და იოანე დამასკელს შორის. შოთა რუსთაველთან ასევე დაკავშირებულია მონასტრის ისტორიის დრამატული ფურცლები...
ეკლესიის მოხატულობა, მიუხედავად XVII საუკუნის განახლებისა, ინარჩუნებს თავდაპირველ თემებსა და ხშირ შემთხვევაში თავდაპირველ კომპოზიციას.
XIII საუკუნის ბოლოს არაბმა თავდამსხმელებმა მელექ ელ-ნასირ ბენ-ხალაუნის მეთაურობით დაიპყრეს მონასტერი. სავანის ცხოვრება შეწყდა. ბერები განდევნეს, ეკლესია კი დაემსგავსა მეჩეთს. მონასტერი იქცა დერვიშების საღვთისმეტყველო სკოლად.
მონასტრის უფლებები აღდგა და კანონიერ მფლობელს დაუბრუნდა 1305 წელს - ბიზანტიის იმპერატორის ანდრონიკე II პალეოლოღის (1281-1333) ჩარევის შედეგად. ამასთან მოხდა მონასტრის რეორგანიზება. იბერიული ბერ-მონაზვნური თემი მოეწყო იმდროინდელი იერუსალიმის ბერძნული მართლმადიდებლური თემის მსგავსად. ბერების რაოდენობა გაიზარდა იბერიიდან ჩამოსულთა ხარჯზე, მონასტრის სამფლობელო კი შეივსო ახალი შეწირულობებითა და მონაპოვრებით.
მონასტერმა შეიძინა ყველა მიმდებარე მიწა ზეთისხილის ბაღებითა და ვენახით, რაც უზრუნველყოფდა მტკიცე ეკონომიკურ საფუძველს იერუსალიმის იბერიული ბერ-მონაზვნური თემის შესანახად.
წმინდა ჯვრის მონასტერი გახლდათ იერუსალიმის ბერ-მონაზვნური თემის ცენტრი. გარკვეულმა პოლიტიკურმა მიზეზებმა, ასევე ქართველებისა და დამპყრობელი მამლუქების გეოგრაფიულმა, ეთნიკურმა და ენობრივმა სიახლოვემ იერუსალიმის იბერიულ თემს მისცა მნიშვნელოვანი პოლიტიკური წონისა და გავლენის მოპოვების საშუალება. იბერიელები მხარს უჭერდნენ წმინდა საფლავის საძმოს და ეხმარებოდნენ იერუსალიმის მართლმადიდებელ საპატრიარქოს.
მონასტრის აყვავების ეს პერიოდი გაგრძელდა XVI ს-ის დასაწყისამდე. 1517 წ. პალესტინა გადავიდა თურქების ხელში. ახალი დამპყრობლები, მამლუქებისგან განსხვავებით, არც თუ კეთილგანწყობილნი იყვნენ იბერიელების მიმართ. საძმოს შიგნით შინაგანმა წინააღმდეგობებმა და დაპირისპირებებმა შეასუსტა მისი მთლიანობა. მონასტერი დაიშალა. იბერიის მმართველებმა ფინანსური დახმარება თითქმის შეუწყვიტეს სავანეს, ან ის არ აღწევდა მონასტრამდე, მოვალეთა რიცხვი იზრდებოდა. მონასტერი იძულებული გახდა, გაეყიდა ქონების ნაწილი. მიწები და ფერმები გადავიდა არაბი გლეხების ხელში. ასეთი ხვედრი ხვდა წილად იერუსალიმში დაფუძნებულ ბევრ იბერიულ მონასტერს. ფინანსური გართულებების გამო ისინი იჯარით გადაეცა ქრისტიანულ თემებს, რომლებიც თანდათან ისაკუთრებდნენ მათ.