ბორჯომისა და ბაკურიანის ეპარქია შიდა ქართლის სამხრეთით, ისტორიული პროვინციის - თორის ტერიტორიაზე მდებარეობს. იგი ბორჯომის რაიონსა და მის მიმდებარე ბორჯომის ხეობას მოიცავს. ეპარქიას აღმოსავლეთით მანგლისისა და წალკის ეპარქია ესაზღვრება, ჩრდილო-აღმოსავლეთით - გორისა და სამთავისისა, ურბნისისა და რუისისა, ჩრდილო-დასავლეთით - არგვეთისა და უბისისა, ვანისა და ბაღდათისა, დასავლეთით და სამხრეთ-დასავლეთით - ახალციხისა, ტაო-კლარჯეთისა და ლაზეთისა, სამხრეთით - ახალქალაქისა და კუმურდოსი.

ისტორიული თორის საერისთავო II-IV საუკუნეებში დაარსდა. ის აერთიანებდა მთელ მტკვრის ხეობას, რომელსაც XV საუკუნიდან სადგერის ხეობა ეწოდებოდა, XIX საუკუნიდან კი - ბორჯომისა. საერისთავოს გამგებლების - თორელების წარმომავლობას ტრადიცია წმინდა ანდრია მოციქულის მიერ მოქცეულ პირველ ქართულ საგვარეულოს - სამძივარებს - უკავშირებს. ეს კუთხე იმთავითვე იმ გზასაყარზე აღმოჩნდა, საიდანაც ქრისტიანობა შემოვიდა საქართველოში. წმინდა მოციქულთა ქადაგების შემდეგ ამ მხარეში პირველ ქრისტიანთა თემები აღმოცენდა. მოგვიანებით, IV საუკუნის დასაწყისში, ქართველთა განმანათლებელმა წმინდა ნინომ საქართველოში შემოსვლისას გზად აქ გამოიარა.

თანამედროვე ბორჯომისა და ბაკურიანის ეპარქია წმინდა მეფე ვახტანგ გორგასლის მიერ ზემო ჯავახეთისა და სამცხე-საათაბაგოს ტერიტორიაზე არსებულ სამღვდელმთავროებში შედიოდა.

ეს კუთხე ადრიდანვე მაწყვერელი მღვდელმთავრის სამწყსოდ ითვლებოდა.

1917 წელს საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის მიუხედავად, ოციან წლებში ეკლესიის წინააღმდეგ დაწყებული რეპრესიების გამო, თორში, ამ უძველეს ქრისტიანულ კერაზე, ტრადიციული ეკლესიური ცხოვრების განახლება თითქმის შეუძლებელი იყო. 1978 წელს უწმინდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის ძალისხმევით, შესაძლებელი გახდა ამ მხარეში ეპარქიის დაარსება. 1978 წელს აღდგენილი სამცხე-ჯავახეთის ეპარქიის შემადგენლობაში შედიოდა ბორჯომის ხეობაც. 1995 წლის 5 აპრილს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდის განჩინებით, სამცხე-ჯავახეთის ტერიტორიულად მეტად ვრცელი ეპარქიის საფუძველზე ჩამოყალიბდა ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქია, 2002 წლის 17 ოქტომბერს კი, წმინდა სინოდისავე გადაწყვეტილებით, ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქიის საფუძველზე დაარსდა ორი ეპარქია - ახალქალაქისა და კუმურდოსი და ბორჯომისა და ბაკურიანისა. ბორჯომისა და ბაკურიანის ეპარქიის მმართველ მღვდელმთავრად წმინდა სინოდმა მანამდე ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქიის მწყემსმთავარი, მაღალყოვლადუსამღვდელოესი მთავარეპისკოპოსი სერაფიმე ჯოჯუა დაადგინა.