ქუთაის-გაენათის ეპარქია დასავლეთ საქართველოში, ისტორიული ეგრის-აფხაზეთის სამეფოს ცენტრალურ ნაწილში მდებარეობს. იგი მდინარე რიონის ქვემო დინებასა და წყალწითელას ხეობას მოიცავს. ეპარქიის შემადგენლობაში შედის ქალაქები: ქუთაისი, წყალტუბო, ტყიბული და მათი მიმდებარე ტერიტორია. ქუთაის-გაენათის ეპარქიას აღმოსავლეთიდან ესაზღვრება მარგვეთისა და უბისის, ჭიათურისა და საჩხერის, დასავლეთიდან - ხონის, ჩრდილოეთიდან - ნიკორწმინდის, ცაგერისა და ლენტეხის, სამხრეთიდან - ვანისა და ბაღდათის ეპარქიები. ისტორიული ტრადიცია ამ მხარეში ქრისტიანობის ქადაგებას წმინდა მოციქულებს უკავშირებს. ქრისტიანობის სახელმწიფო რელიგიად გამოცხადების შემდეგ ქრისტეს სარწმუნოებაზე საბოლოოდ მოქცეული იმერეთი ერთიანი საეკლესიო ორგანიზმის განუყოფელ ნაწილად ითვლება.

თანამედროვე ქუთაის-გაენათის ეპარქია ორ სამღვდელმთავრო კათედრას აერთიანებს - ქუთათელისას და გაენათელისას. ქუთაისში ეპარქიის ჩამოყალიბება VII საუკუნეში აღსრულებულ ფაქტად არის მიჩნეული, რომელიც იმჟამინდელ დასავლეთ საქართველოს საკმაოდ ვრცელ ტერიტორიას მოიცავდა. ამ მხარეში ქრისტიანობის დაწინაურების დასტურს წარმოადგენს VIIს.-ის 30-იან წლებში შემოსეულ არაბთა წინააღმდეგ ბრძოლის რელიგიურ ასპექტში წარმართვა. საეკლესიო გადმოცემით, ქუთაისის სამღვდელმთავრო ტერიტორიაზე მოწამებრივად აღსრულებული არგვეთის მთავარნი - დავით და კონსტანტინე მხეიძენი - ყოველგვარ "ტანჯუასა, ცეცხლსა, წყალსა და მახალსა და სიკუდილსა... სახელისათვის ქრისტესისა დაითმენდნენ".

ქუთაისის სამღვდელმთავრო კათედრის დაწინაურება განსაკუთრებით VIIIს.-ის ბოლო მეოთხედიდან, ლევან II აფხაზთა მთავრის მიერ ეგრის-აფხაზეთის გაერთიანებული სამეფოს შექმნით დაიწყო. ახალშექმნილი სამეფოს პოლიტიკურ-ადმინისტრაციული ცენტრი ქუთაისი გახდა, რომლის ძალაუფლება მთელ დასავლეთ საქართველოზე, მათ შორის, ზღვისპირეთზეც ვრცელდებოდა.

ქუთათელი მღვდელმთავრის აღზევება არაბთა შემოსევების გამო აღმოსავლეთ საქართველოდან დასავლეთ საქართველოში "მეფე" სტეფანოზის და მთელი სამეფო ოჯახის გადასვლამ განაპირობა. მეფემ უკანასკნელი განსასვენებელი "საყდარსა ქუთაისსა" პოვა და ამის შემდეგ ქუთაისი მეფეთა საძვალედ ითვლებოდა.

ბერძნულენოვანი ლაზიკისა და აბაზგიის სამღვდელმთავროების გაუქმების შემდეგ პოლიტიკურად გაერთიანებულ დასავლეთ საქართველოს ეგრის-აფხაზეთის საკათალიკოსოს ჩამოყალიბება Xს-ის დამდეგს დასრულდა და იგი მცხეთის საკათალიკოსოს შეუერთდა. გაერთიანებული ქვეყნის დაწინაურებულ კათედრად ქუთაისის სამწყსო ითვლებოდა, რომელიც მთლიანად გურიასა და აჭარის მნიშვნელოვან ნაწილსაც მოიცავდა.

Xს.-ის ბოლო მეოთხედიდან, 978 წელს ქუთაისში გაერთიანებული საქართველოს მეფის - ბაგრატ III-ის კურთხევის შემდეგ, იგი ოფიციალურად საქართველოს დედაქალაქი, ხოლო "ქუთათელი - საქართველოს მეფეთა მაკურთხებელიცა და მესაფლავეც" გახდა. საქართველოს იმჟამინდელი დედაქალაქისთვის ახალი სამღვდელმთავრო კათედრა 1027 წელს "აღაშენა მეფემან ბაგრატ, ყოვლად წმიდისა ეკლესია შუენიერი, გუმბათიანი... ყოვლითა შემკობილებითა სრული და ფრიად დიდი..." ქუთაისი 1122 წლამდე, დავით აღმაშენებლის მიერ თბილისის აღებამდე, საქართველოს დედაქალაქად ითვლებოდა და ამის შემდეგაც, რუსუდანის, დავით ნარინისა და სხვათა მეფობისას, იგი საქართველოს სახელმწიფოს ადმინისტრაციულ ცენტრს წარმოადგენდა. მეფის კურთხევის დროს თბილისის დედაქალაქად დაწესების მიუხედავად, ძველი ტრადიციის შესაბამისად, კვლავ ქუთათელი იყო ერთ-ერთი უპირატესი მღვდელმთავარი, "ვინათგან ლიხთ-იმერითგან იყო წესი დადგმად გვირგვინსა თავსა სამეუფოსა".

თამარის მეფედ კურთხევისას უმთავრესი სამეფო რეგალიის - მეფის გვირგვინის დადგმა კვლავ ქუთათელმა აღასრულა.

ქუთათელი სხვა მეფეთა კურთხევის დროსაც ტრადიციულ უპირატესობას ინარჩუნებდა. დაწინაურებული საქუთათლო სამწყსოს მთლიანობამ XV ს-მდე გასტანა. XVს-დან კი - "ოდეს საქართველო განიყო და სამ სამეუფოდ განსჯდა... და ხუთ სამთავროდ... დიდების მოყუარებისათვის... ახალი ეპისკოპოსნი დასხეს..." გურიის დამოუკიდებელ სამთავროდ ჩამოყალიბების შემდეგ გურიელმა ერისთავმა ქუთათელს ეკლესიურად განაშორა ძველი სამწყსო და აქ მისგან დამოუკიდებელი სამი სამღვდელმთავრო კათედრა - შემოქმედი, ჯუმათი, ნინოწმინდა - შექმნა. XVIს.-ის 30-იან წლებში კი აფხაზთა მეფემ ბაგრატ III-მ (1510-1565წ.წ.) უშუალოდ იმერეთის (ვაკე) ტერიტორიაზე ქუთათელის სამწყსოში ორი ახალი ეპარქია - ხონი და გელათი ჩამოაყალიბა. ამის შემდეგ ხონელი "გახდა ეპისკოპოზი მწყემსი ვაკისა", გაენათელს კი გადაეცა "არგუეთის ნახევარი და ოკრიბა ქუთათელის სამწყსონი". იმავე ხანებში, კათოლიკოს ევდემონ ჩხეტიძის დროს (1559-1578წ.წ.), დასავლეთ საქართველოს კათოლიკოსის რეზიდენციამ ბიჭვინთიდან გელათის მონასტერში გადაინაცვლა... აღნიშნული ცვლილებების შემდეგ საქუთათლოს ოდესღაც მეტად ვრცელ ტერიტორიაზე დასავლეთ საქართველოს კათოლიკოსის კათედრა და რეზიდენცია განთავსდა და რამდენიმე ახალი სამღვდელმთავრო აღმოცენდა.

XVII-XVIIIს.ს., იმერეთის საერთო დაკნინების პერიოდი, ქუთათელის სამღვდელმთავროს დამცრობის ხანად ითვლება. ოსმალთა მძლავრობისა და ადგილობრივ მთავართა მოხდომისგან გაპარტახებული ქუთათელის სამღვდელმთავრო კათედრა საუკუნის ბოლოს, 1691 წელს, დროებით გაუქმდა კიდეც - "ამოვიდნენ ციხიდან ოსმალნი და შემუსრეს ქუთაისის ეკლესია ყოვლად წმიდისა დიდშუენიერად გებული... საქუთათლო საეპისკოპოსოსი".

ქუთაისის გაპარტახებული ეპარქიის აღდგენა XVIIIს-ის შუა წლებიდან იწყება. 1740 წელს სრულიად ახალგაზრდა, 20 წლის მიტროპოლიტი ანტონ ბაგრატიონი, მომავალი საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი ანტონ I, ქუთაისის ეპარქიის მწყემსმთავრად დაადგინეს. იმერეთის მეფის - სოლომონ I-ის ძალისხმევას უკავშირდება დამცრობილ-დაკნინებული ქუთაისისა და გელათის სამღვდელმთავროთა ტერიტორიის და ძველი მამულების მოძიება და განახლება.

ეგრის-აფხაზეთის საკათალიკოსო კათედრისა და რეზიდენციის გელათში გადატანის შემდეგ კათალიკოსად ხშირად ქუთათელს ან გაენათელს ნიშნავდნენ. კათოლიკოსი ზოგჯერ დასავლეთ საქართველოს სხვადასხვა კუთხის - იმერეთის, გურიის, სამეგრელოს ტერიტორიაზე არსებულ სამღვდელმთავრო კათედრების ეპისკოპოსად და კათოლიკოსადაც ითვლებოდა.

დასავლეთ საქართველოს კათოლიკოსად გაენათელის ან ქუთათელის ხშირი აღზევება სამეფოში მათი სერიოზული მნიშვნელობისა და ტრადიციული ერთგულების მიმანიშნებელია. "ისტორიანი და აზმანის" თანახმად, ჯერ კიდევ თამარის დროს გიორგი რუსის გამეფების მოსურნე განდგომილ დიდებულებს ქუთათელი არ მიემხრო და "იგი ოდენ დარჩა მას ჟამსა ერთგულად ლიხთ-იმერით, სისხლთა დათხევამდის". დავით აღმაშენებლის მიერ დაარსებული გელათის მონასტერი, რომლის წინამძღვარი - მოძღვართმოძღვარი (მოძღვართმოძღვარი განათლების საქმეს განაგებდა ქვეყნის მასშტაბით და შეუვალობის უფლებით სარგებლობდა) - სამეფო დარბაზის წევრი იყო, ბოლომდე - ეპარქიის დაარსების შემდეგაც - მეფის ცენტრალური ხელისუფლების მტკიცე დასაყრდენს წარმოადგენდა.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ დასავლეთ საქართველოში ჩამოყალიბებული ქუთაის-იმერეთის ეპარქია აერთიანებდა ამ მხარეში არსებულ ეპარქიებს. ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ განახლდა ქუთაისის და გელათის ეპარქიებიც, რომელთა გაერთიანების შემდეგ შეიქმნა ქუთაის-გაენათის ეპარქია. ის დასავლეთ საქართველოს მეტად განვრცობილ ტერიტორიას მოიცავდა. მის საფუძველზე, 1995 წელს, წმინდა სინოდის განჩინებით, შეიქმნა ხონის, ვანისა და ბაღდათის და ქუთაის-გაენათის ეპარქიები.

ქუთაის-გაენათის ეპარქიას 1983 წლის დეკემბრიდან მართავს მიტროპოლიტი კალისტრატე (მარგალიტაშვილი).