ბოდბის ეპარქია საქართველოს უკიდურეს სამხრეთ-აღმოსავლეთით, ქიზიყში, ძველ კამბეჩოვანში მდებარეობს. მის შემადგენლობაში შედის ქალაქები: სიღნაღი, დედოფლისწყარო, წნორი და მათი მიმდებარე ტერიტორიები. ბოდბის ეპარქიას ჩრდილოეთიდან ესაზღვრება ნეკრესის, დასავლეთიდან - გურჯაანისა და საგარეჯოს ეპარქიები, სამხრეთისა და აღმოსავლეთის საზღვრები საქართველო-აზერბაიჯანის საზღვარს ემთხვევა.

ქართული საისტორიო ტრადიცია ამ მხარის მოქცევას მოციქულთასწორს, წმინდა დედა ნინოს უკავშირებს, რომელიც დაკრძალულია ბოდბის ეპარქიის საკათედრო ტაძარში. წმინდა ნინო ბოდბეში გარდაიცვალა. მეფე მირიანმა, რომელსაც სურდა პატივი მიეგო ქართველთა განმანათლებლისთვის, სვეტიცხოველში, მაცხოვრის კვართის ახლოს განიზრახა მისი დაკრძალვა, მაგრამ წმინდანის სარეცელს ძვრა ვერ უყვეს და ამიტომ იქვე, ბოდბეს დაკრძალეს.

მას აქეთ წმინდა ნინოს საფლავი ქართველი ერისთვის მადლისა და კურნების ცხოველ წყაროდ იქცა. მეფე მირიანმა წმინდანის ლუსკუმაზე "ფრიად დიდი" და "ყოვლითა სამკაულითა შემკული" ტაძარი ააგო, გარდაცვალების წინ კი ანდერძად დაუტოვა თანამეცხედრეს: - თუ დაგცალდა, ჩემი სიკვდილის შემდეგ სამეფო განძი ორად გაყავი და ერთი ნაწილი წმინდა ნინოს საფლავს შესწირე, რათა უკუნისამდე შეუძვრელად ეგოს ეს ადგილიო.

ბოდბის ეპარქიის დაფუძნება V საუკუნეს უკავშირდება. V-VI საუკუნეთა მიჯნაზე ამ მხარეში ორი ეპარქია - ხორნაბუჯის და ბოდბის - იხსენიება.

V საუკუნეშივე წმინდა მეფე ვახტანგ გორგასალმა განაახლა და გააფართოვა ტაძარი, XII საუკუნეში კი დავით აღმაშენებლის ვაჟის, დემეტრე I-ის, მეფობის ჟამს, წმინდა ნინოს განსასვენებელი კიდევ ერთხელ შეიმკო.

მოციქულთასწორის საფლავი იმხელა მადლით იყო მოსილი, რომ მონღოლებმაც კი, რომლებმაც მიწასთან გაასწორეს მთელი აღმოსავლეთ საქართველო, ვერ გაბედეს მისი ხელყოფა; ოდენ მცირე ზიანი მიაყენეს ტაძარს.

კახეთის ცალკე სამეფოდ გამოყოფის შემდეგ ბოდბელ მღვდელმთავარს პირველი სადროშოს - ქიზიყის წინამძღოლობა ჰქონდა მინდობილი.

შუა საუკუნეებში ბოდბის ტაძარში კახთა მეფეები იკურთხებოდნენ. აქ თეიმურაზ
I-ის აღსაყდრებას თავად შაჰ-აბასიც კი დასწრებია (ზოგიერთი წყაროს მიხედვით). თუმცა რამდენიმე წლის შემდეგ მანვე დაარბია მონასტერი, რომელიც შემდგომ თეიმურაზ I-ის ძალისხმევით აღდგა.

XVII საუკუნიდან ბოდბეში იყო მრავალრიცხოვანი მამათა მონასტერი, სასულიერო სასწავლებელი, სადაც საღვთისმეტყველო საგნებთან ერთად საერო მეცნიერებებსაც ასწავლიდნენ, აქვე მდებარეობდა საქართველოში ერთ-ერთი უმდიდრესი წიგნთსაცავიც.

ბოდბის ეპარქიის გაუქმებამდე მისი უკანასკნელი მღვდელმთავარი გახლდათ ცნობილი საეკლესიო მოღვაწე იოანე მაყაშვილი. მისი ძალისხმევით 1823 წელს კიდევ ერთხელ შეიმკო და გამშვენდა სავანე, მოიხატა ტაძარი, გაკეთდა ახალი კანკელი (მხატვრობა და კანკელი დღემდეა შემორჩენილი).

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ ბოდბის ეპარქია კახეთის სხვა სამღვდელმთავროებთან ერთად ერთ, კახეთ-ალავერდის ეპარქიაში გააერთიანეს. ეპარქიის გაუქმებასთან ერთად მონასტერიცა და სემინარიაც გაუქმდა. ამ დროიდან ბოდბეს არქიმანდრიტები განაგებდნენ. მათ შორის გამორჩეული ადგილი არქიმანდრიტ მაკარს ეკავა. მან ქართული გალობის ასაღორძინებლად გალობის სკოლაც კი გახსნა. მანვე დაიწყო სამსართულიანი სამრეკლოს მშენებლობა, რომელიც მღვდელ-მონაზონ ნიკოლოზ მიქელაძის წინამძღვრობისას დასრულდა.

XIX საუკუნის 80-იან წლებში ცნობილმა ჰაგიოგრაფმა და ხატმწერმა მიხეილ საბინინმა წმინდა ნინოს საფლავის ძველი ქვა მარმარილოს ლუსკუმით შეცვალა. მანვე შეამზადა ნიადაგი დედათა მონასტრის გახსნისთვის. 1889 წელს ამ ადგილს რუსეთის იმპერატორი ალექსანდრე III ეწვია. სწორედ მისი ბრძანებით გაიხსნა დედათა მონასტერი, რომლის იღუმენიები სხვადასხვა დროს იყვნენ თამარ მარჯანიშვილი (კოტე მარჯანიშვილის და; მისი წმინდანად შერაცხვის საკითხს ამჟამად განიხილავს რუსეთის ეკლესია) და ნინო ვაჩნაძე. მალე მონასტრის დების რიცხვმა სამასს მიაღწია. აქვე დაარსდა კეთილშობილ ქალთა სასწავლებელი.

1924 წელს კომუნისტებმა მონასტერი დახურეს. მისი უკანასკნელი იღუმენია, ნინო ვაჩნაძე, მუქარის მიუხედავად, მონასტერს არ შორდებოდა, მაგრამ ბოლოს იძულებული გახდა, ბოდბე დაეტოვებინა და თბილისში, ანჩისხატის ტაძართან დასახლდა. გარდაცვალების შემდეგ, ანდერძისამებრ, მშობლიურ მონასტერში გადაასვენეს.

წმინდა ნინოს ლოცვით აღმოცენებული წყარო თავდაპირველად მონასტრის ეზოში ამოდიოდა. კომუნისტების დროს, როცა მონასტერი საავადმყოფოდ გადაკეთდა, წმინდა წყაროს წყალს სარეცხად იყენებდნენ. ამის შემდეგ იგი დაკარგულა და მონასტრიდან 1-2 კილომეტრზე, ხეობაში ამოსულა. ეს სცოდნიათ მოგვიანებით უკვე დახურულ მონასტერში არაოფიციალურად მცხოვრებ რუს მონაზვნებს, ჩადიოდნენ ხოლმე ხეობაში და განიბანებოდნენ. სწორედ მათი გადმოცემით გახდა ცნობილი ხეობაში წყაროს არსებობა.

საავადმყოფოდ გადაკეთებულ მონასტერში ივერთა ღვთისმშობლის ხატს რენტგენის კაბინეტში მაგიდად იყენებდნენ. ერთხელ რომელიღაც ურწმუნოს ხატის შეურაცხყოფა უცდია და დანით დაუსერავს სახე, რისთვისაც მკაცრად დაისაჯა - სრულიად ჯანმრთელი მოულოდნელად გარდაიცვალა. ბოლოს ერთ ექიმ ქალს ღვთისმშობელი გამოსცხადებია და ხატის თავის ადგილზე გადასვენება უბრძანებია.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ განახლდა ბოდბის ეპარქიაც. პირველ ეტაპზე მას დროებით მართავდა ალავერდელი მღვდელმთავარი. 1925 წლის 22 ოქტომბერს საკათალიკოსო საბჭოს დადგენილებით, ალავერდის ეპარქიას გამოეყო ბოდბის ეპარქია.

2001 წლის ოქტომბრიდან ბოდბის ეპარქიას მართავს ეპისკოპოსი დავითი (ტიკარაძე).