ნეკრესისა და ჰერეთის ეპარქია საქართველოს უკიდურესი აღმოსავლეთით მდინარე ალაზნის გაღმა მხარეს მოიცავს. იგი აერთიანებს ქალაქებს - ყვარელს და ლაგოდეხს მიმდებარე ტერიტორიებით და ნომინალურად - ძირძველ ქართულ პროვინციას - ჰერეთს. ეპარქიას ჩრდილო-დასავლეთით ესაზღვრება ალავერდის, დასავლეთით - საგარეჯოსა და გურჯაანის, სამხრეთით - ბოდბის ეპარქიები, აღმოსავლეთით საზღვარი კი აზერბაიჯანთან და დაღესტანთან გადის.

საქართველოში ქრისტიანობის სახელმწიფო რელიგიად გამოცხადებისთანავე ეს მხარეც გაქრისტიანდა და უკვე IV საუკუნის II ნახევარში თრდატ მეფემ "ნეკრესს კახეთისასა ეკლესია აღაშენა განსრულებით", რომელიც საქართველოში დღემდე მოღწეულ ტაძართაგან ერთ-ერთი უძველესია. მეფე ვახტანგ გორგასლის დროს შეიქმნა ნეკრესის ეპარქია, რომლის სამწყსო თავიდანვე საკმაოდ ვრცელი იყო, ხოლო მისი მღვდელმთავარი - "ეპისკოპოზ გაღმა-მხრისა დიდო-თურქთ". ვახტანგ გორგასალმა მოგვიანებით თავის ძეს, დაჩის, მისცა ქალაქები - ჭერემი, ნეკრესი და კამბეჩოვანი, იგივე ხორნაბუჯი, და მტკვრის აღმოსავლეთი ტერიტორია. ასე რომ, ნეკრესის ეპარქია საქართველოს სამეფო საგვარეულოს დომენის ფარგლებში მოექცა.

VI საუკუნის II ნახევარში ცამეტ ასურელ მამათაგან ერთ-ერთი - აბიბოსი - განაგებდა ნეკრესის სამღვდელმთავროს. იგი ამხნევებდა ქართველებს და განამტკიცებდა სარწმუნოებას. წმინდა აბიბოსმა იწინასწარმეტყველა, რომ სპარსთაგან დაპყრობილ საქართველოს მალე ბერძნები გაათავისუფლებდნენ, რაც ამხდარა VI საუკუნის ბოლოს. აბიბოს ნეკრესელის მოღვაწეობის შედეგი არა მარტო ამ ეპარქიისთვის, არამედ მთლიანად საქართველოსთვის კარგად ჩანს შესხმაში: "აწ განსცხრებოდე, ქართველთა ეკლესიაო, რამეთუ აღყვავენ სახედ შროშანთა სისხლითა მღვდელმოწამისა აბიბოსითა, და შეუთხზენ ქებაი ღირსსა მას ქებისასა და გვირგვინოსან მყოფელს მისსა ქრისტესა ადიდებდით, რათა მეოხებითა მისითა მომადლის სულთა ჩვენთა დიდი წყალობა".

XVI საუკუნის II ნახევრიდან კახეთის სამეფოს ოთხი სადროშოდან მეორე სადროშოს წინამძღოლად ნეკრესელი მღვდელმთავარი ითვლებოდა. 1587 წელს შაჰ-აბასმა კახეთის მეფეს, ალექსანდრე II-ს, წაართვა სამეფოს გაღმა მხარე - კაკი და ენისელი და სასულთნოდ აქცია (პირველი სულთანი იყო გათათრებული მოურავი ვახვახიშვილი). ეს მხარე იმ დროისთვის ნეკრესელი ეპისკოპოსის სამწყსოში შედიოდა. ნეკრესელი, გიშელთან ერთად, დარაჯად ედგა ქრისტიანობას გაღმა-გამოღმა კახეთში, საინგილოში, ჭარში (ფიფინეთში), ბელაქანში, ხუნძახში, ნუხპატში და სხვაგან. 1746 წელს ლეკებმა ნეკრესის ეპარქია დააქციეს (უფრო ადრე, 1706 წელს, ამოაგდეს ქართული სოფელი ვარდიანი). ამ მიზეზის გამო ქართლ-კახეთის მეფე დიდ ყურადღებას აქცევდა ნეკრესის ეპარქიას. კათოლიკოს იოსებ ჯანდიერის დროს იქ ეპისკოპოს დოსითეოს ფიცხელაურს სკოლაც გაუხსნია. ერეკლე მეორე ამ სკოლას ზრუნვას არ აკლებდა. 1762 წელს იოსებმა მოიწვია საეკლესიო კრება ნეკრესის საქმეების მოსაწესრიგებლად და სახელმძღვანელო ინსტრუქციაც შეადგინა. ნეკრესელ ეპისკოპოსს მეტი ფასი რომ ჰქონოდა მთიულთა თვალში, დაახლოებით 1765 წელს ნეკრესის საეპარქიო კათედრა სამიტროპოლიტო გახდა.

1781 წელს ნეკრესში მანგლისიდან გადაიყვანეს ამბროსი, მაგრამ მას ნეკრესი დანგრეული დახვედრია და შილდაში დაბინავებულა. 1795 წელს თბილისის აოხრების გამო იგი იერემიასაებრ ჰგოდებდა და მოუწოდებდა ხალხს სინანულისა და გამოსწორებისაკენ - "შევიძულოთ წარმართობა, შევიყვაროთ და დავიცვათ ქართველობაო".

XVIII საუკუნის I მეოთხედიდან მომძლავრებულმა ლეკებმა ამ მხარეში გაბატონება მოინდომეს. ქრისტიანი მოსახლეობის აყრისა და განადგურების შემდეგ ეს მხარე (საინგილო და მისი მიმდებარე ტერიტორიები) დროებით ჩამოსცილდა კახეთს.

ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმებას ნეკრესის უძველესი ეპარქიის კახეთ-ალავერდის ეპარქიაში გაერთიანება მოჰყვა. მისი აღდგენა მხოლოდ 1995 წელს გახდა შესაძლებელი. 2002 წლის 17 ოქტომბრის საქართველოს ეკლესიის წმინდა სინოდის განჩინებით, ნეკრესის ეპარქიას ნეკრესისა და ჰერეთის ეპარქია ეწოდა.