მცხეთა-თბილისის ეპარქია აღმოსავლეთ საქართველოს ცენტრალურ ნაწილში (მდინარე მტკვრის შუა წელზე) მდებარეობს. ეპარქია საქართველოს უძველეს სატახტო ქალაქებს მცხეთასა და თბილისს, მათ მიმდებარე ტერიტორიას და გარდაბნის რაიონს მოიცავს. საქართველოს საეპარქიო დანაწილების საფუძველზე, მცხეთა-თბილისის სამღვდელმთავრო ტერიტორიას აღმოსავლეთიდან საგარეჯოსა და ნინოწმინდის ეპარქია ესაზღვრება, ჩრდილოეთიდან - წილკნისა, დასავლეთიდან - სამთავისისა და გორისა, მანგლისისა და წალკისა, სამხრეთიდან კი რუსთავისა.

მცხეთისა და თბილისის ეპარქიები IV-V საუკუნეებში დაფუძნდა. წმინდა ნინოს ღვაწლის შემდეგ გაქრისტიანებულ ქართლის სამეფოში სწორედ მცხეთა იქცა იმ ქალაქად, სადაც საქართველოს ეკლესიის პირველმა მეთაურმა, ეპისკოპოსმა იოანემ, დაიდო ბინა.

ვახტანგ გორგასლის საეკლესიო რეფორმის შემდეგ მცხეთაში ორი სამღვდელმთავრო კათედრა დაარსდა: სვეტიცხოველში - საკათოლიკოსო, ხოლო სამთავროში - მცხეთის მთავარეპისკოპოსისა. იმავე ხანებში დაფუძნებულა თბილელის სამღვდელმთავრო კათედრაც. დროის მდინარების შესაბამისად, ერთმანეთს ენაცვლებოდა ქართლის ცენტრალური სამღვდელმთავროების აღზევებისა და დამცრობის პერიოდები. თბილისის საეპისკოპოსოსთვის განსაკუთრებით მძიმე არაბთა ხანგრძლივი ბატონობის ხანა გახლდათ, მაგრამ ამ უმძიმეს პერიოდშიც კი თბილისის კათედრას და, შესაბამისად, ქართულ ეკლესიას მოღვაწეობა არ შეუწყვეტია. ამის მაგალითია ქრისტიანთა მდგომარეობა თბილისში, რაც იოანე საბანისძის "აბოს წამებაშია" ასახული. მართალია, არაბთა ბატონობის დროს ქართველები რწმენაში, "ვითარცა ლერწამნი", აქეთ-იქით იზნიქებოდნენ, მაგრამ, ამასთანავე, თბილისში არსებობდა ეკლესიები, თბილისელები რეგულარულად დადიოდნენ წირვა-ლოცვაზე. მოძღვრები შეუზღუდავად ქადაგებდნენ და განსწავლიდნენ მრევლს. თვით დამპყრობელი ერის შვილი აბოც კი სწორედ თბილისში განმტკიცდა ქრისტიანობაში და აქვე მიიღო მოწამეობრივი აღსასრული. ყველაფერი ეს იმაზე მიანიშნებს, რომ თბილისში ქრისტიანული ეკლესია, ურთულესი ვითარების მიუხედავად, არსებობას განაგრძობდა. ერთ-ერთი ჰიპოთეზის თანახმად, ამ პერიოდში თბილელი ეპისკოპოსი, შესაძლოა, იოანე საბანისძეც ყოფილიყო.

VII საუკუნის პირველ ნახევარში ქართლის მთავარმა სტეფანოზმა ახალაშენებულ მცხეთის ჯვრის ტაძრის გალავანში დარბაზები ააგო და ბრძანა, რეგულარულად გამართულიყო საეკლესიო კრებები. ესაა უძველესი და უეჭველი ცნობა საქართველოს საეკლესიო კრებათა შესახებ. მატიანის მოწმობით, საეკლესიო კრებები ეპისკოპოსებისა და სამღვდელოების მონაწილეობით ყოველ პარასკევს იმართებოდა მცხეთის ჯვრის ტაძართან, ყოველ ხუთშაბათს - სვეტიცხოველში და ყოველ სამშაბათს - სამთავროში. სწორედ ამ კრებებმა, ამ აქტიურმა საეკლესიო საქმიანობამ, შეუნარჩუნა მცხეთას შემდგომ საუკუნეებში საეკლესიო დედაქალაქის სახელი, იმ დროსაც კი, როცა არაბთა შემოსევების გამო იგი, ფაქტობრივად, დანგრეული იყო და ფუნქცია დაკარგული ჰქონდა - არაბთა და თურქ-სელჩუკთა შემოსევებისას საეკლესიო კრებები მცხეთაში კი აღარ იმართებოდა, არამედ ჯავახეთში, ღრტილაში, ქუთაისში და სხვაგან. მხოლოდ XI საუკუნეში, საქართველოს გაერთიანების შემდეგ, დაიბრუნა მცხეთამ ადრინდელი სიდიადე.

1811 წელს, საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ, ქართლში ერთიანი მცხეთა-ქართლის სამღვდელმთავრო ჩამოყალიბდა, რომელიც ამ მხარეში არსებულ ათამდე სამღვდელმთავროს აერთიანებდა.

1917 წლის სექტემბერში საქართველოს ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ გამართულ პირველ საეკლესიო კრებაზე განახლდა მცხეთისა და თბილისის სამღვდელმთავროები. განახლებულ თბილელის კათედრას სათავეში ჩაუდგა მიტროპოლიტი ლეონიდე ოქროპირიძე, შემდგომში კათოლიკოს-პატრიარქი, რომლის ღვაწლით, 1920 წლის 20 ივლისის მეორე საეკლესიო კრების განჩინებით, მცხეთისა და თბილისის ეპარქიები გაერთიანდა და მის მწყემსმთავარს მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსი ეწოდა. საქართველოს ეკლესიის კათოლიკოს-პატრიარქები ამიერიდან მცხეთისა და თბილისის გაერთიანებული სამღვდელმთავროების მწყემსმთავრები არიან.

1977 წლის 25 დეკემბრიდან საქართველოს უძველეს ავტოკეფალიურ ეკლესიას და, შესაბამისად, მცხეთა-თბილისის ეპარქიას, მწყემსმთავრობს სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი ილია II. იქიდან გამომდინარე, რომ კათოლიკოს-პატრიარქს საზრუნავი აქვს ზოგადად საქართველოს ეკლესიაზე, მცხეთა-თბილისის ეპარქიას მისი ქორეპისკოპოსი განაგებს, ამჟამად კათოლიკოს-პატრიარქის ქორეპისკოპოსია ახალციხის, ტაო-კლარჯეთისა და ლაზეთის მთავარეპისკოპოსი თეოდორე ჭუაძე.

მცხეთა-თბილისის ეპარქიის საპატრიარქო ტაძრებია: თბილისის ყოვლადწმიდა ღვთისმშობლის მიძინების ტაძარი - სიონი, სვეტიცხოვლის ტაძარი და სამების ტაძარი ელიას მთაზე.

თბილისში ფუნქციონირებს უმაღლესი საღვთისმეტყველო სასწავლებლები: თბილისის სასულიერო აკადემია და სემინარია, რომლის რექტორია მისი უწმინდესობა და უნეტარესობა, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი ილია II.