ეპარქიის ტერიტორიაზე ქრისტიანობის ქადაგება მოციქულების დროს დაიწყო - ზღვისპირეთის მოვლის შემდეგ ისინი მდინარე ფაზისს აჰყვნენ. ეგრის-აფხაზეთის სამეფოს დაარსების და, შესაბამისად, დასავლეთ საქართველოში ამავე სახელწოდების საკათალიკოსოს ჩამოყალიბების შემდეგ ვაკე იმერეთი მის შემადგენლობაში აღმოჩნდა, თუმცა ეპარქია ცალკე სამღვდელმთავროდ არ გამოყოფილა. თანამედროვე ეპარქიის ტერიტორია იმერეთის სამეფოში არსებულ ქუთაისისა და არგვეთის სამწყსოებში შედიოდა. XVI ს-ის 30-იან წლებში ჩამოყალიბებული ხონის, შემდეგ აფხაზეთის საკათალიკოსო რეზიდენციის გელათში გადმოტანისას, დასავლეთ საქართველოს საეპარქიო საზღვრები შეიცვალა და ვაკე იმერეთიც მათ შორის გადანაწილდა. XVIII-XIX სს-თა მიჯნაზე ეს მხარე ქუთათელისა და ხონელის სამწყსოებს შეადგენდა.
საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ, ვაკე იმერეთი გაერთიანებული დასავლეთ საქართველოს საეკლესიო შემადგენლობაში - იმერეთის ეპარქიაში შედიოდა. ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ სამწყსო ქუთაისისა და გაენათის ეპარქიას მიეკუთვნებოდა.
1995 წლის 5 აპრილს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით, შეიქმნა ვანისა და ბაღდათის ეპარქია. 1996 წლის ნოემბრიდან ვანისა და ბაღდათის ეპარქიის მმართველად დადგენილ იქნა ეპისკოპოსი ანტონი (ბულუხია).
ადმინისტრაციულად ვანისა და ბაღდათის ეპარქია ორ ოლქად იყოფა: ვანისა (მთავარხუცესი - დეკანოზი პეტრე გიორგაძე) და ბაღდათისა (მთავარხუცესი - არქიმანდრიტი მაკარი აბესაძე).
ვანის ოლქის მოქმედი ეკლესიები:
1. ვანის ყოველთა ქართველთა წმინდათა საკათედრო ტაძარი. წინამძღვრის მოადგილე - დეკანოზი პეტრე გიორგაძე. 2. გორას წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი ანდრია პაიკიძე.
3. ზეინდრის წმინდა ნიკოლოზის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი იასონ შარიქაძე.
4. სოფ. ამაღლების ქრისტეს ამაღლების ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი ლუკა ჭულუხაძე.
5. ბზვანის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი ზურაბ ბიბიჩაძე.
6. ისრითის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი ლონგინოზ მანაგაძე.
7. ქედის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - დეკანოზი ზაქარია დვალიშვილი.
8. ტობანიერის იოანე ნათლისმცემლის სამლოცველო. წინამძღვარი - მღვდელი ნიკოლოზ კაცაძე.
9. ყუმურის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი კონსტანტინე გაბუნია.
ბაღდათის ოლქის მოქმედი ეკლესიები:
1. ბაღდათის წმინდა გიორგის საკათედრო ტაძარი. არქიმანდრიტი მაკარი აბესაძე.2. ზემო დიმის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი იოანე ყურაშვილი.
3. საკრაულას ღვთისმშობლის მიძინების ეკლესია. წინამძღვარი - მიქაელ გიორგობიანი.
4. ხანის 12 მოციქულის ეკლესია. წინამძღვარი - ბესარიონ მშვილდაძე.
5. წითელხევის ტაძრად მიყვანების ეკლესია. წინამძღვარი - ბასილ ბასილაძე.
6. როკითის ფერისცვალების ეკლესია. წინამძღვარი - დეკანოზი იოაკიმე ისაკაძე.
7. ვარციხის ღვთისმშობლის მიძინების ეკლესია. წინამძღვარი - დეკანოზი მარკოზ სვანიძე.
8. ქვემო დიმის მთავარანგელოზთა ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელი გაბრიელ დარჯანია.
9. ქვემო დიმის წმინდა ნინოს სახელობის სამლოცველო. წინამძღვარი - მღვდელი დოსითეოზ შემაზაშვილი.
10. ობჩის წმინდა გიორგის ეკლესია. წინამძღვარი - დეკანოზი დავით ბურჯანაძე.
11. ობჩის ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის ეკლესია. წინამძღვარი - იღუმენი ისააკ ფირცხალავა.
12. ბაღდათის წმინდა თამარ მეფის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელმონაზონი ზაბულონ ნოდია.
13. გოთიეთის ივერიის ღვთისმშობლის ეკლესია. წინამძღვარი - მღვდელმონაზონი ილია გამყრელიძე.