ძველი გადმოცემის თანახმად, რუსეთში ქრისტიანობა პირველად წმინდა ანდრია პირველწოდებულმა იქადაგა.

რუსეთის ეკლესიის ისტორია მჭიდროდ უკავშირდება კიევისა და მოსკოვის სამთავროების ისტორიას. 988 წელს კიევის მთავარმა, მოციქულთა სწორმა ვლადიმერმა, ქრისტიანობა სამთავროს ოფიციალურ რელიგიად გამოაცხადა. თავდაპირველად რუსეთის ეკლესია კონსტანტინოპოლის ეკლესიას ემორჩილებოდა. რუსეთის სახელმწიფოს პოლიტიკურ გავლენასა და ძალასთან ერთად იზრდებოდა მისი ეკლესიის ავტორიტეტიც. 1448 წელს კონსტატინოპოლმა რუსეთის ეკლესიას ავტოკეფალია უბოძა, ხოლო 1589 წელს მისი მეთაური პატრიარქის ტიტულით დააჯილდოვა. რუსეთის პირველი პატრიარქი იობი (1589-1606) იყო. მის კურთხევაში მონაწილეობდნენ კონსტანტინოპოლის პატრიარქი იერემია და ანტიოქიის პატრიარქი იოაკიმე.

რაც უფრო მეტად ფართოვდებოდა რუსეთის სახელმწიფოს საზღვრები, მით მეტად იზრდებოდა მისი ეკლესიის მრევლი. 1654 წელს რუსეთმა შემოიერთა უკრაინა, რომელიც მანამდე ლიტვა-პოლონეთს ეკუთვნოდა. დაახლოებით იმავე პერიოდში მის შემადგენლობაში შევიდა ციმბირიც, რომლის მოსახლეობამაც ქრისტიანობა მიიღო.

1654 და 1656 წლებში რუსეთის პატრიარქმა ნიკონმა (1652-1658 წ.წ.) გაატარა საეკლესიო რეფორმა, რომელიც ძველი ქრისტიანული ზნე-ჩვეულებებისა და საღვთისმეტყველო წიგნების შესწორებას ისახავდა მიზნად. სამღვდელოებისა და მრევლის მცირე ნაწილმა რეფორმა არ მიიღო და ეკლესიას ჩამოშორდა - ე.წ. რასკოლში მოექცა. ასე დაარსდა ძველი წეს-ჩვეულების ეკლესია (სტაროვერები), რომელიც დღესაც არსებობს.

XVIII საუკუნის დასაწყისში პეტრე I-ის ძალისხმევით რუსეთის ეკლესიის მმართველობის სისტემა რამდენადმე შეიცვალა. სახელდობრ, 1721 წელს იმპერატორმა დააარსა სასულიერო კოლეგია, რომელიც მალე წმინდა სინოდმა შეცვალა; პატრიარქის ინსტიტუტი გაუქმდა და რუსეთის ეკლესიას თითქმის ორი საუკუნის მანძილზე წმინდა სინოდი განაგებდა. მონარქიის დაცემის შემდეგ მდგომარეობა შეიცვალა. 1917 წლის 15 აგვისტოს გაიხსნა რუსეთის ეკლესიის ადგილობრივი საეკლესიო კრება, რომელმაც მოსკოვისა და სრულიად რუსეთის პატრიარქად აირჩია მიტროპოლიტი ტიხონი (ბელავინი).

რუსეთის ეკლესიის ისტორიაში დიდი როლი შეასრულეს ასკეტურად მოღვაწე ბერებმა წმინდა ანტონი და თეოდოსი პეჩორელებმა (XI ს), ღირსმა მამებმა სერგი რადონეჟელმა (+1392) და ნილოს სორსკელმა (+1508), ტიხონ ზადონელმა (+1782) და პაისი ველიჩკოველმა (+1794).

XIX საუკუნის მეორე ნახევარი და XX საუკუნის დასაწყისი რუსეთში ღვთისმეტყველებისა და ბერმონაზვნული ცხოვრების საოცარი აღმავლობით გამოირჩეოდა. ამ პერიოდში მოღვაწეობდა ორი უდიდესი მამა - ეპისკოპოსი ეგნატე (ბრიანჩანინოვი) და ვლადიმირის ეპისკოპოსი თეოფანე დაყუდებული (გოვოროვი). ერის სულიერ ცხოვრებაში განსაკუთრებულ როლს ასრულებდა ოპტის უდაბნოს მონასტერი. მიტროპოლიტმა ფილარეტმა (დროზდოვმა), მთავარეპისკოპოსმა ფილარეტმა (გუმილევსკიმ), ეპისკოპოსმა ილარიონმა (ტროიცკიმ), პროფესორებმა ვ.ვ. ბოლოტოვმა, ა.პ. ლებედევმა, ა. სპასკიმ და სხვებმა ღვთისმეტყველება არნახულ სიმაღლეზე აიყვანეს. განვითარების მწვერვალს მიაღწია ხატწერის რუსულმა სკოლამ და რუსულმა საეკლესიო არქიტექტურამ.

დღეისათვის მოსკოვისა და სრულიად რუსეთის პატრიარქის რეზიდენცია მოსკოვშია. საპატრიარქო ტაძარი ღვთის გამოცხადების სახელობისაა. რუსეთის ეკლესია აერთიანებს 76 ეპარქიას, რომელთაგან ექვსი - უკრაინისა, დასავლეთ ევროპისა, შუა ევროპისა, ცენტრალური და სამხრეთ ამერიკისა, ყაზახეთისა და ბელორუსიისა - საეგზარქოსოა; ჰყავს მუდმივი წარმომადგენლები ალექსანდრიაში, დამასკოში, ბეირუთში, სოფიაში, ვარნაში, ნიუ-იორკსა და ტოკიოში, იერუსალიმში კი რუსული სასულიერო მისია მოქმედებს; საპატრიარქოს აქვს 20 მონასტერი, აქედან ორი - საზღვარგარეთ (გორნენის დედათა მონასტერი იერუსალიმში და წმინდა პანტელეიმონის მონასტერი ათონის მთაზე), სასულიერო სასწავლებლები მოსკოვში (სემინარია, აკადემია და ასპირანტურა), პეტერბურგში (სემინარია და აკადემია) და ოდესაში (სემინარია).

საპატრიარქოს აქვს საგამომცემლო, სამეურნეო და საგარეო საქმეთა განყოფილებები, სასწავლო და საპენსიო კომიტეტები. ეკლესიის ოფიციალურ ბეჭდვით ორგანოს წარმოადგენს ყოველთვიური ჟურნალი "Журнал Московской патриархии", რომელიც რუსულ და ინგლისურ ენებზე გამოიცემა.

რუსეთის ეკლესიას მართავენ პატრიარქი და წმინდა სინოდი. წმინდა სინოდში ხუთი მუდმივი წევრია, დანარჩენ მღვდელმთავრებს კი პერიოდულად იწვევენ სხდომებზე.

რუსეთის მართლმადიდებელი ეკლესია აქტიურად მონაწილეობს ეკუმენურ მოძრაობაში. იგი წევრია ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოსი, ქრისტიანული სამშვიდობო კონფერენციისა, ევროპის ეკლესიათა კონფერენციისა და ამ ტიპის სხვა ორგანიზაციებისა, თუმცა ეკუმენური გაერთიანებებიდან გამოსვლის დასაჩქარებლად პროცესი უკვე დაწყებულია. ბოლო დროს ასეთი მოთხოვნა უფრო და უფრო ხშირად გაისმის, მაგალითად კი საქართველოსა და ბულგარეთის ეკლესიები მოჰყავთ.

საქართველოს, ერთ-ერთი უძველესი ქრისტიანული ქვეყნის, ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმება თავის დროზე იმპერიალისტური პოლიტიკის გამოვლინება იყო. საბედნიეროდ, ისტორიულმა სამართლიანობამ გაიმარჯვა - თებერვლის რევოლუციის შემდგომ ქართულმა ეკლესიამ დამოუკიდებლობა დაიბრუნა, რამაც დიდად შეუწყო ხელი ორი ქრისტიანული ეკლესიის თანამშრომლობის აღდგენასა და განმტკიცებას.