მონასტერმა შემდგომში გაიზიარა სხვა სავანეთა ბედი. მეკობრეთა და ავაზაკთაგან დანგრეულ შენობებს ძირითადად ბიზანტიელი იმპერატორები აღადგენდნენ, XVI საუკუნიდან დუნაისპირა სამთავროების მმართველები და სხვა პირები მონასტრებს მრავალგვარ დახმარებას უწევდნენ და საჩუქრებსა და შეწირულობებს უძღვნიდნენ.
ქსენოფონტეს მონასტერი ერთ-ერთი პირველია, რომელიც, იდიორიტმული ცხოვრების წესის დადგენის შემდეგ, გაბრიელ IV (1784) პატრიარქის სიგელის თანახმად, საერთო საცხოვრებლის წესდებას დაუბრუნდა. ამ ცვლილებებში მთავარი როლი ითამაშა კავსოკალიველმა მღვდელმონაზონმა და მონასტრის პირველმა წინამძღვარმა პაისი მიტილენელმა, რომელმაც გააფართოვა და აღადგინა მონასტერი. ამ საქმეში მას დაეხმარა არქიმანდრიტი ზაქარია. ამ უკანასკნელმა სხვადასხვა ქვეყანაში მოგზაურობით საკმაო თანხას მოუყარა თავი. XIX საუკუნის დასაწყისში მონასტრის მნიშვნელოვანი ნაწილი გადაიწვა, განადგურდა ბევრი დოკუმენტი. მონასტერი მალე აღდგა და გაფართოვდა სამაკის ყოფილი მიტროპოლიტის, თეოფილეს, ხარჯით, რომელმაც დატოვა თავისი საეპისკოპო და სიცოცხლის ბოლო წლები ქსენოფონტეს მონასტერში გაატარა. მისი საქმე გააგრძელა მონასტრის წინამძღვარმა ნიკიფორემ.
ახალი ტაძარი 1809-1819 წლებში თეოფილეს სახსრებითვე აშენდა. ის ათონის ტაძრებს შორის ყველაზე დიდია. საყდრის მარმარილოს კანკელი გამოირჩევა დაგეგმარებით და ფერთა სიუხვით.
იგივე ითქმის წმინდა ტრაპეზის კანკელზე.
ტაძარში რამდენიმე გვიანდელი ფრესკაა. მეტად ღირებულია წმინდა გიორგისა და წმინდა დიმიტრის დიდი მოზაიკური ხატები, მარჯვენა კლიროსში, სამლოცველოში, დაბრძანებულია XVI საუკუნის დასასრულს შექმნილი თორმეტი მოციქულის ხატები, რომლებიც, სავარაუდოდ, ადრე რომელიღაც სამლოცველოს კანკელში იყო მოთავსებული. ძველი ტაძარი მდებარეობს მონასტრის შესასვლელიდან რამდენიმე მეტრში, რომლის ნარტექსი შეერთებულია კელიასა და სატრაპეზოსთან. მისი შესანიშნავი ფრესკები კრეტელი მხატვრის, ანტონის მიერ არის შექმნილი. საკურთხევლის მარჯვენა ნაწილში წმინდა დიმიტრის სახელობის სამლოცველოა, რომელიც ითვლება ყველაზე ძველ სამონასტრო ნაგებობად. ტაძრის ხის მოჩუქურთმებული კანკელი XVII საუკუნით თარიღდება და გამოირჩევა დეკორის სიმდიდრითა და სიკოხტავით.
გარდა მონასტრის ორი ტაძრისა, აქ 11 სამლოცველოა: წმინდა ექვთიმესი, წმინდა უვერცხლოთა, ღვთისმშობლის მიძინებისა და წმინდა იოანე ღვთისმეტყველისა, წმინდა ლაზარესი და წმინდა დიმიტრისა - ძველ ტაძარში, წმინდა სტეფანესი, ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის ტაძრად მიყვანებისა, წმინდა მოციქულებისა, წმინდა ნექტარიოსისა და წმინდა სამებისა - მონასტრის სხვადასხვა ნაწილებში. გარდა ამისა, მონასტერს მიეკუთვნება წმინდა ანდრიას კელია კარიესში, რომელიც მის წარმომადგენლობად ითვლება. ძველი ტაძრის გარეთა ნარტეკს ეკვრის მონასტრის სატრაპეზო, რომლის ფრესკები XVI საუკუნისაა.
განსაკუთრებულ ყურადღებას იმსახურებს ზემოთ ნახსენები მოზაიკური ხატები, იშვიათი მცირე სტეატიტის ხატი (ფერისცვალების გამოსახულებით), ცხოველმყოფელი ჯვრის ნაწილი, ძვირფასი კიდობნები წმინდანთა წმინდა ნაწილებით, წმინდა საეკლესიო მორთულობები და სხვა.
სამონასტრო ბიბლიოთეკა განლაგებულია უსაფრთხო შენობაში. მასში დაცულია 600 ხელნაწერი, მათ შორის 8 პერგამენტია. აქ ინახება 2 ლიტურგიკული (პერგამენტული) გრაგნილი, აგრეთვე 7000-ზე მეტი ნაბეჭდი წიგნი. ქსენოფონტეს მონასტერს ეკუთვნის ხარების სკიტი, რომელიც მისგან ერთი საათის სავალზეა, მთის მწვანე ფერდობზე, სინგიტის ყურეში. ეს ბერძნული იდიორიტმული სკიტი 1760 წელს დააარსეს მღვდელმონაზონმა სილვესტრმა და ბერებმა - ეფრემმა და აღაპიმ. სკიტი შედგება ძირითადი ეკლესიისა და 22 კელიისგან. მათი უმრავლესობა ამჟამად, სამწუხაროდ, ცარიელია, რადგან აქ 7-8 ბერი ცხოვრობს. სკიტის ბიბლიოთეკაში მხოლოდ ნაბეჭდი წიგნებია.
დღეს ქსენოფონტეს მონასტერს მე-16 ადგილი უჭირავს ათონის სამონასტრო იერარქიაში და საერთო საცხოვრებლის ტიპისაა. მონასტერში 60 ბერი ცხოვრობს.
ლევან მათეშვილმა