იგი X-XI ს.ს.-ში დაუარსებია ვინმე ნიკიფორე ნიკიტას (სტავრონიკიტას), იმპერატორ ციმისხიოსის ოფიცერს. XII საუკუნეში მეკობრეების თავდასხმებმა მონასტერი ძალიან დაასუსტა, XIII საუკუნეში ის ყუთლუმუშის მონასტერს დაემორჩილა, ხოლო XVI საუკუნეში ფილოთეოსის სავანის გამგებლობაში გადავიდა. 1533 წელს ჰერომერის იღუმენმა გრიგოლმა სტავრონიკიტა გამოისყიდა და შეუდგა მის აღორძინებას. იმავე წელს, საპატრიარქოს ბრძანებით, სავანე სტავროპიგიალურად აღიარეს. 1541 წელს მონასტრის აღსადგენად კონსტანტინოპოლის პატრიარქმა იერემიამ უხვად გაიღო ფინანსები, უზრუნველყო საშემოსავლო სახლებით კასანდრასა და ლემნოსის კუნძულზე. მონასტერი კვლავ საერთო საცხოვრებლის წესდებას დაუბრუნდა. ტაძარი, რომლის მშენებლობა დამთავრდა 1546 წელს, ნაკურთხია წმინდა ნიკოლოზის სახელზე და მოხატულია თეოფანეს მიერ. სავანეში ინახება მის მიერ დაწერილი ათორმეტ დღესასწაულთა ხატები.
1607 წელს მონასტრის დიდი ნაწილი ხანძარმა ფერფლად აქცია.
XVIII საუკუნეში მოლდოვლახელმა დიდებულმა ალექსანდრე გიკმა სავანეს უბოძა წმინდა მოციქულთა მონასტერი ბუქარესტში.
მონასტერი ისევ დაიწვა 1741, 1864, 1874 წლებში, ხოლო 1879 წლის უკანასკნელმა ხანძარმა თითქმის გაანადგურა.
სხვა სავანეთა მსგავსად, სტავრონიკიტა მეტისმეტად სავალალო მდგომარეობაში ჩააგდო თურქების მიერ შეწერილმა გადასახადებმა. მისი ვალი 1968 წელს გადაიხადა ვათოპედის მონასტრის იღუმენმა თეოფილემ.
ახალი საძმოს მოსვლის შემდეგ მონასტერი გადავიდა საერთო საცხოვრებლის წესზე. ამჟამად მას ათონის სავანის იერარქიაში მე-15 ადგილი უჭირავს.
მონასტრის ერთ-ერთი სიწმინდეა XIII-XIV საუკუნეების წმინდა ნიკოლოზის ხატი, ბიბლიოთეკაში დაცულია 171 ხელნაწერი და უამრავი ნაბეჭდი წიგნი. განსაკუთრებით ღირებულია XII საუკუნის პერგამენტზე ოქროთი ნაწერი ფსალმუნი. მონასტერს აქვს ოთხი ტაძარი საკუთარ ტერიტორიაზე და ორიც - მის გარეთ. ამჟამად მონასტერში 30 ბერი ცხოვრობს.
ლევან მათეშვილმა