ეკლესიის ბედი ყველაზე უკეთ, იუსტინიანეს ზეობის ჟამს გამოვლინდა. იმპერატორის მეფობის პირველივე წლებში ნათელი გახდა, რომ იგი ქვეყნის რელიგიურ ერთიანობას სახელმწიფოს მთლიანობის ტოლფასად მიიჩნევდა. სწორედ ამიტომ ყველა სახის რელიგიური სექტისა და სხვადასხვა მოდავე მხარის მიმართ იუსტინიანემ თავიდანვე მკაცრი ზომები განახორციელა. უფრო მეტი დაუნდობლობა მან ნეოპლატონისტი ფილოსოფოსის პროკლეს დიდებით შემკული ათენის უნივერსიტეტის მიმართ გამოიჩინა. უნივერსიტეტი იყო კერპთაყვანისმცემლობის უკანასკნელი დასაყრდენი და 529 წელს წარმართობის ეს ციტადელი იუსტინიანემ დახურა. მას ჩაენაცვლა, კონსტანტინოპოლის პირველი ქრისტიანული უნივერსიტეტი. ამ პროცესებს მცირე აზიის დედაქალაქში მოსახლეობის მასობრივი გაქრისტიანება მოჰყვა. წარმართობის მომხრეები იძულებულნი იყვნენ თავიანთი კერპთაყვანისმცემლობა მაქსიმალურად მიეჩქმალათ.

როგორც ცნობილია 484 წელს, რომის ეკლესიამ იმპერატორ ანასტასისა და უმაღლესი სამღვდელოების პრომონოფიზიტური პოლიტიკის გამო კონსტანტინოპოლთან ურთიერთობა შეწყვიტა. ამ დროს კონსტანტინოპოლის მოსახლეობა მხარს ისევ ქალკედონს და მის ერთგულ პატრიარქებს ეფიმსა და მაკედონს უჭერდა. იუსტინიანეს განხეთქილების შინაარსი კარგად ესმოდა და რომთან შერიგების პოლიტიკა ჯერ კიდევ მაშინ დაიწყო, როდესაც მხოლოდ იუსტინე I-ის "შთამომავლის" რანგში იყო. იუსტინიანეს ეს შერიგება საკმაოდ ძვირად დაუჯდა: მას პაპ გერმიზდის მიერ შედგენილი, თავისი შინაარსით ისეთ აშკარა პაპისტურ დოკუმენტზე მოუწია ხელის მოწერა, რომლის მსგავსიც აღმოსავლეთს არც კი შეეძლო წარმოედგინა. დოკუმენტის მიხედვით, მონოფიზიტობის წინააღმდეგ ბრძოლით სახელგანთქმული პატრიარქები ეფიმი და მაკედონი საკუთარ ეკლესიას მხოლოდ იმის გამო უნდა განეკითხა, რომ ისინი ერთი წლის მანძილზე იმ დროს იყვნენ მწყემსმთავრები, როდესაც რომისა და კონსტანტინოპოლის ურთიერთობა შეწყვეტილი იყო! ამ ნაბიჯის გადადგმას იუსტინიანე იმის გამო დასთანხმდა, რომ მის აზროვნებაში სახელმწიფოს დასავლეთ ნაწილში ძველი იმპერიული ძალაუფლების აღდგენის იდეა მომწიფებული იყო. რომთან მშვიდობა და ურთიერთობის მოწესრიგება იუსტინიანეს ძალიან ესაჭიროებოდა. არ უნდა დავივიწყოთ, რომ ქაოსში, რომელშიც დასავლეთი იყო გახვეული, ბიზანტიასთან კავშირს მხოლოდ რომის პაპის ძალაუფლება ინარჩუნებდა. ამავე დროს, პაპი გერმანელი ბარბაროსებისთვისაც კი - მიუხედავად იმისა, რომ ოფიციალურად ისინი არიანელები იყვნენ - შეურყეველი ავტორიტეტი იყო (გერმანელები არიანობის ზეიმის დღეს ულფილა გოთელის მიერ მოინათლნენ). ამრიგად, იმპერიის დაშლისა და ნგრევის ამ ურთულეს საუკუნეებში რომის პაპი ფაქტობრივად ქვეყნის ერთადერთ გამაერთიანებელ ძალას წარმოადგენდა. ერთიანობის ერთგულებაზე პაპს მხოლოდ მერვე საუკუნის ბიზანტიურმა ხატმებრძოლობამ ათქმევინა უარი. სხვათა შორის, მხოლოდ ამის შემდეგ დაიწყო მან იმ ბარბაროსთა შორის იმპერიის დამცველთა ძებნა. და გასაკვირი არ არის, რომ შუა საუკუნეების დიდი დასავლური ტრადიციების გამგრძელებლის ფუნქციაც ბოლოს სწორედ მათ გადასცა, რადგან მათთვის რომი საუკუნეების მანძილზე არა მხოლოდ რელიგიურ, არამედ სახელმწიფოებრიობის გამაერთიანებელი ტრადიციების მატარებელ ცენტრადაც რჩებოდა.

იუსტინიანე დასავლეთში თავისი ძალაუფლების აღდგენის ძირითად დასაყრდენად პაპის ინსტიტუტს მიიჩნევდა. დასავლეთი ურყევად იდგა, ერთი მხრივ, ქალკედონის დოგმატზე და, მეორე მხრივ, პაპ ლევის ერთგულებაზე. აღმოსავლეთში მდგომარეობა საპირისპირო იყო. ეგვიპტის ეკლესიას მთლიანად მონოფიზიტები ფლობდნენ. სხვა პროვინციებში "ენოტიკონის" მომხრეები, ანუ ნახევრად მონოფიზიტები ისხდნენ. ანტიოქიის ეკლესიას მონოფიზიტების მთავარი მოაზროვნე სევირი ანტიოქიელი განაგებდა. იუსტინე I-მა და იუსტინიანემ დასაწყისში ძალის გამოყენებით სცადეს იმპერიის ეპისკოპატის ქალკედონური დოგმატის ჩარჩოებში დაბრუნება, მაგრამ აღმოჩნდა, რომ ახალდანიშნული ეპისკოპოსების მოქმედება მხოლოდ პოლიციის დაცვის ქვეშ იყო შესაძლებელი. ხალხის ბრბო არ ცხრებოდა. მიმდინარეობდა მთელი მონასტრების გასახლება, ყოველი მხრიდან "სინოდატის" მისამართით წყევლა-კრულვის ხმები ისმოდა. მთლიანობაში მართლმადიდებლურად მხოლოდ პალესტინა რჩებოდა. სირიაში, ედესასა და მცირე აზიის ქალაქებში ქალკედონური იერარქია თავს მხოლოდ ძალის გამოყენებით ინარჩუნებდა. რაც შეეხება ეგვიპტეს, იქ ვერანაირი ღონისძიების გატარება ვერ მოხერხდა. სევირი და სხვა მონოფიზიტი ეპისკოპოსები სწორედ ეგვიპტეში იყვნენ გადახვეწილნი.

ძალიან მალე იუსტინიანემ ძალის პოლიტიკაზე უარი განაცხადა და კომპრომისების ინიციატივით გამოვიდა. არსებობს მოსაზრება, რომ ეს ცვლილება იუსტინიანეს მეუღლის თეოდორას გავლენით უნდა მომხდარიყო, რადგან თეოდორა თავის მონოფიზიტობას მალავდა და დევნილ მონოფიზიტებს ეხმარებოდა. სხვა ისტორიკოსებს მიაჩნიათ, რომ ცოლ-ქმარმა გარკვეული თვალსაზრისით სფეროები გაინაწილეს: თეოდორა მონოფიზიტობას იცავდა, ხოლო იუსტინიანე ხელს მართლმადიდებლობის განვითარებას უწყობდა. ამით მეფემ და დედოფალმა ორივე ფრთის დასაყრდენად სახელმწიფო ძალაუფლება გადააქციეს და იმპერია გააძლიერეს. ასეა თუ ისე, არ შეიძლებოდა იუსტინიანეს არ სცოდნოდა, რა ძალას წარმოადგენდა ის რელიგიური განაყოფი, რომლის ჩრდილშიც სულ უფრო ნათლად უძველესი ნაციონალისტური სეპარატიზმი იკვეთებოდა.

მოულოდნელად 531 წელს იუსტინიანემ კურსი რადიკალურად შეცვალა. დევნილი მონარქები მონასტრებში დააბრუნა. დაბრუნებულთა დიდი ნაწილი იმპერატორის სასახლის სიახლოვეს განსახლდა. ისინი აქ დედოფალ თეოდორას გარშემო შემოიკრიბნენ, ათეული წლების მანძილზე ურიცხვი მონოფიზიტური ინტრიგის ხლართვა მოახერხეს. ორ ბანაკად დაყოფილი ღვთისმეტყველების შეთანხმებას იმპერატორი დიდხანს ელოდა. 533 წელს მან სამდღიანი დისპუტი მოაწყო. ორივე მხრიდან დისპუტზე ექვს-ექვსი ღვთისმეტყველი იყო მოწვეული. მიუხედავად დიალოგის მშვიდობიანი და მაღალი საღვთისმეტყველო დონისა, დისპუტი უშედეგოდ დამთავრდა. მალე თეოდორამ ისიც კი მოახერხა, რომ კონსტანტინოპოლის პატრიარქად თითქმის აშკარა მონოფიზიტი, ვინმე ანთიმე გაიყვანა. იმპერატორის მიერ ორგანიზებულ, მშვიდობის დამყარებისთვის გამიზნულ დისპუტში მონაწილეობისთვის დიდი გარჯის ფასად ეგვიპტიდან სევირი ანტიოქიელი ჩამოიყვანეს. ეს იყო შესარიგებლად გადადგმული ბოლო ნაბიჯი. სწორედ ამ დროს კონსტანტინოპოლში რომის პაპი აღაპიტი ჩამოვიდა. მოხდა მონოფიზიტი პატრიარქის ერეტიკული პოზიციების მხილება. სევირი მიიმალა და მისი ადგილი მართლმადიდებელმა მინამ დაიკავა. იუსტინიანემ კურსი კვლავ შეცვალა. 536 წლის ედიქტით მონოფიზიტობა კიდევ ერთხელ, საზეიმოდ იქნა დაგმობილი, სევირი ანტიოქიელის წიგნი ხმარებიდან ამოიღეს და ერეტიკოსებს საერთოდ აუკრძალეს დედაქალაქში შესვლა. შემდეგ იუსტინიანემ უფრო რადიკალური გადაწყვეტილება მიიღო: მიუხედავად ეგვიპტეში მონოფიზიტობის ამდენი წლის მანძილზე უყოყმანოდ აღიარებისა, იმპერატორმა იქ ახლა უკვე მართლმადიდებელი ეპისკოპოსი გააგზავნა და მას შეუზღუდავი უფლებები მიანიჭა. ამის შემდეგ მთელ ქვეყანას ისევ გადაუარა ტერორისტულმა ტალღამ...

სწორედ ამ მომენტში განვითარდა გამოუსწორებელი მოვლენები, გაჩნდა პარალელური მონოფიზიტური იერარქია, რომელმაც საბოლოო განხეთქილებად გადააქცია ის, რაც მანამდე საღვთისმეტყველო საფუძველზე წამოჭრილ დავად შეიძლებოდა ყოფილიყო მიჩნეული. ეს მოხდა ისევ დედოფალ თეოდორას ჩარევით: ერეტიკოსობის გამო გადასახლებული ვინმე იოანე ეპისკოპოსი, ვითომდა სამკურნალოდ, კვლავ დედაქალაქში დაბრუნდა. აქ მან დედოფლის მფარველობის ქვეშ, პოლიციისგან ფარულად, თავის ბინაში სასულიერო პირების ხელდასხმა დაიწყო. მოგვიანებით ამავე მიზნით მან მთელი მცირე აზია მალვით შემოიარა და მღვდლად მრავალი აკურთხა. ცოტა მოგვიანებით ვინმე ფარულად გაეპისკოპოსებულმა იაკობმა, რომელსაც მეტსახელად მომწყდარს უწოდებდნენ, მათხოვრის სახით მთელი სირია მოიარა. შემდეგ ორი განდევნილი ეპისკოპოსის დახმარებით ეგვიპტეში ეპისკოპოსების ხელდასხმა დაიწყო. ბოლოს ამ უკანასკნელებმა საკუთარი მონოფიზიტი პატრიარქიც აირჩიეს. ასე დაედო დასაბამი (იაკობ მომწყდარის სახელიდან) "იაკობიტობასა" და "იაკობიტურ ეკლესიას": ის ამჟამადაც არსებობს... მასში კი კოპტებმა და სირიელებმა ამ გზით მიიღეს საკუთარი ნაციონალური ეკლესიები და ამგვარად მოხდა პირველი გაყოფა ეკლესიაში.

ამ მოვლენის შემდეგ არც იუსტინიანე და არც მისი მემკვიდრეები აღარასოდეს დაშორებიან ქალკედონს. იმპერია თავისი ბედით საბოლოოდ დაუკავშირდა მართლმადიდებლობას. მაგრამ ტრაგიკულია ის ფაქტი, რომ მართლმადიდებლობაში მომხდარი განხეთქილების ერთ-ერთი მთავარი მიზეზი იმპერიის სიძულვილი აღმოჩნდა. ასი წლის შემდეგ კოპტები და სირიელები მუსულმან დამპყრობლებს, როგორც მხსნელებს, ისე შეეგებნენ და ეს იყო ეკლესიასა და სახელმწიფოს შორის გაფორმებული კონსტანტინესეული ორაზროვანი კავშირის ეკლესიური საზღაური.