წილკნის ღვთისმშობლის უძველესი საეპისკოპოსო ტაძრის მშენებლობა უკავშირდება ქართლში ქრისტიანული სარწმუნოების გავრცელების პირველ ხანებს , წმინდა ნინო განმანათლებლის მოღვაწეობას და მდინარე არაგვსა და ქსანს შორის მცხოვრებთა ქრისტიანობაზე მოქცევას. ამ რეგიონის ქრისტიანული განათვლა და სულიერი დამოძღვრა დაევალა წილკნის უძველეს ეკლესიას, რომელიც პირველი ქრისტიანი მეფის მირიანის მემკვიდრის, ბაქარის ძალისხმევით აშენდა (IVს.).

წილკნის ტაძრის სიწმინდეა ღვთისმშობლის სასწაულმოქმედი ხატი, რომლის შექმნა ლუკა მახარებელს მიეწერება. ხატი საქართველოში ჩამოაბრძანეს მეფე მირიანის ძის - ბაქარის დროს ბიზანტიიდან. ხატი უამრავ სასწაულს ახდენდა. 1926 წლიდან წილკნის ღვთისმშობლის ხატი სახელმწიფო მუზეუმში ინახება. ტაძარში ამჟამად ხატის ასლია დაბრძანებული.

წილკნის ღვთისმშობლის ტაძარი განსაკუთრებით დაწინაურდა მას შემდეგ, რაც აქ მოღვაწეობა დაიწყო VI საუკუნეში საქართველოში სამისიონეროდ ჩამოსულ ასურელ მამათაგან ერთ-ერთმა - წმინდა ისე წილკნელმა. მისი საფლავი დიდი სიწმინდეა საქართველოს ეკლესიისა და იგი ღვთისმშობლის ხატთან ერთად ბევრს იზიდავს საკვირველი მადლისა და კურთხევის მისაღებად. მისი ხსენება ეკლესიაში 15 დეკემბერს აღინიშნება.