წმინდა ილარიონმა უარი თქვა ჩეკას აგენტობაზე, "მირჩევნია ციხეში ჩავლპე, ვიდრე ასე მოვიქცეო". მართლაც, საბჭოთა ხელისუფლებამ ციხეში, სოლოვკის საკონცენტრაციო ბანაკში ჩააგდო წმინდა მღვდელმთავარი. ბოლოს, გათავისუფლების ნაცვლად, შუა აზიაში გადასახლება მიუსაჯეს და როცა ეტაპით მიჰყავდათ, ტიფით დაავადდა, რამაც სიცოცხლე მოუსწრაფა. "ახლა მთლად თავისუფალი ვარ", - ბოდავდა სიკვდილის წინ. წმინდა ილარიონი 1929 წლის 15/28 დეკემბერს გარდაიცვალა. ლენინგრადის მიტროპოლიტმა სერაფიმემ (ჩიჩეგოვი) ხელისუფლებისგან მღვდელ¬მთავრის დაკრძალვის ნებართვა მიიღო. უახლოესმა ნათესავებმა და მეგობრებმა როცა წმინდა ილარიონის სხეული იხილეს, ძლივს იცნეს. ბანაკში და ციხეში გატარებულმა წლებმა ახალგაზრდა კაცი ჭაღარა ბერიკაცად გადააქცია.

1999 წელს წმინდა ილარიონის საფლავი გაიხსნა, მისი წმინდა ნაწილები მოსკოვში, მაცხოვრის წინადაცვეთის სახელობის მონასტერში გადაასვენეს.