ვახუშტი ბაგრატიონი თავის ნაშრომში, "აღწერა სამეფოსა საქართველოსა", თბილისს სამ ნაწილად წარმოადგენს: "ტფილისი არს სამი ქალაქი - ტფილისი, კალა და ისანი". ვახუშტი ტფილისს სეიდაბადადაც მოიხსენიებს. XVII ს-ში შაჰ-აბას I-ის მემკვიდრეს, შაჰ-სეფის, ამ ადგილზე სეიდები დაუსახლებია.

ვახუშტის 1753 წლის თბილისის გეგმით, სეიდაბადი ჩრდილოეთიდან როსტომ მეფის მიერ აგებული ზღუდით და წავკისის წყლითაა შემოსაზღვრული, აღმოსავლეთიდან - მდინარე მტკვრით, სამხრეთიდან - განჯის კარით და დასავლეთიდან - თბილისის მთით.

ისტორიკოს თეიმურაზ ბერიძის დასკვნით: "სეიდაბადის გვიანი სახელი ხარფუხია. XVIII ს-ის დასასრულსა და XIX ს-ის დასაწყისში ხარფუხი სოფელი ყოფილა. 1819 წელს საქართველოს მთავარმართებლის გენერალ ერმოლოვის გადაწყვეტილებით, ხარფუხი ქალაქს შეუერთეს".

XIX ს-ში აქ საბაჟო ყოფილა. წმინდა ნიკოლოზის ეკლესიის ბიბლიოგრაფის ია გორგიშელის მიერ სახელმწიფო არქივში მოძიებული 1845 წლით დათარიღებული დოკუმენტის (საქართველოს ეგზარქოსის კანცელარიის საქმე #10903) მიხედვით ირკვევა, რომ საბაჟოს მიმდებარე ტერიტორია, რომელიც ეკლესიას ეკუთვნოდა, 1833 წელს თურქეთიდან ჩამოსახლებულ ბერძნებს შეუსყიდიათ. თბილისის წმინდა დიდმოწამე ეკატერინეს ბერძნული ეკლესიის დეკანოზს, ვასილ ანდრიანოვს, ამ ტერიტორიის ბერძენთა საკუთრებაში გადაცემაზე დიდი შრომა გაუწევია, სანაცვლოდ კი მას ამ მიწა-წყლის ყოველგვარი საფასურის გარეშე მუდმივად გამოყენების უფლება მოუპოვებია; ამ ტერიტორიაზე მღვდელთა მოსასვენებელი სახლი, 1846-1854 წლებში კი, მოსახლეობის დახმარებით, იქვე, შემაღლებულ ადგილზე, წმინდა ნიკოლოზის სახელობის ეკლესია აუშენებია.

ეკლესიის აღმოსავლეთის კედელზე რუსულ და ქართულ ენებზე გაკეთებული წარწერა დღემდეა შემორჩენილი.

ქართულ წარწერაში ეკლესიის მშენებლობის დასრულების თარიღია მითითებული: "ტაძარი ესე წმინდის საკვირველთმოქმედისა დაწყებული 1846-სა წელსა მეფობასა იმპერატორის ნიკოლოზისა პირველისა ნამესტნიკობასა ვორონცოვისასა და ექსარხოსობასა არხიეპისკოპოსისა... ქმნა 1854 წელსა შენებასა იმპერატორის ალექსანდრე მეორისასა: საზოგადოებისა შეწირული საფასითა შეკრებილითა დეკანოზისა და ბლაღოჩინისა: ვასილ ანდრიანსაგნითა". რუსული წარწერა ტაძრის დასრულების თარიღად 1856 წელს ასახელებს. დასავლეთის კედელზე, კარების თავზე გაკეთებულ რუსულ და ბერძნულ წარწერებში კი ეკლესიის აშენების თარიღად 1853 წელია მითითებული.

ია გორგიშელმა მოიძია არქიტექტორ ივანოვის მიერ 1861 წლის 19 ოქტომბერს თბილისის გუბერნიის სამშენებლო კომისიაში წარდგენილი მოხსენება, რომლის მიხედვითაც ირკვევა, რომ მოხსენების ავტორს, აკადემიკოს ივანოვს, რომელიც თბილისის არქიტექტორი ყოფილა 1852 წლის აპრილიდან 1854 წლის თებერვლამდე, სხვა სამუშაოებთან ერთად, დავალებული ჰქონია წმინდა ნიკოლოზის ეკლესიისთვის დამატებითი პროექტის შედგენა. ია გორგიშელმავე აღმოაჩინა 1906 წლით დათარიღებული თბილისის წმინდა ნიკოლოზის ეკლესიისთვის დიაკონ მიხეილ მშველიძის მიერ შედგენილი ეკლესიის აღწერილობა, რომლის მიხედვითაც ეკლესიასთან არსებულა ერთკლასიანი საეკლესიო სკოლა. ის ფუნქციონირებდა საქართველოს ეპარქიული სასწავლო საბჭოს დაფინანსებით და მოსწავლეთა შემოწირულობით.

XX საუკუნის 70-იან წლებში ეკლესიის შენობაში იყო თეატრალური საზოგადოების საწარმოო კომბინატის მექანიკური საამქრო. 80-იან წლებში ეკლესიის შენობაში საპატრიარქოს ბიბლიოთეკა დაარსდა. 1990 წელს, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, უწმინდესისა და უნეტარესის ილია II-ის ძალისხმევით, წმინდა ნიკოლოზის ეკლესიაში ღვთისმსახურება განახლდა. პატრიარქს ტაძრის კეთილმოსაწყობად 5000 მანეთი შეუწირავს. ტაძარი ქუთათელ-გაენათელმა მიტროპოლიტმა მეუფე კალისტრატემ აკურთხა. ტაძრის წინამძღვრად გაამწესეს დეკანოზი ბესარიონ მენაბდე. მამა ბესარიონის თქმით, ეკლესიის საკურთხეველსა და შუა ტაძარში უზარმაზარი ღიობები იყო, რომლებიც ამოავსეს, ხოლო სარკმლები ტაძრის მხატვრულ-არქიტექტურული სტილის დაურღვევლად დააპატიმრეს: კედლის ნაპრალები ლითონის კვადრატებით მოჭიმეს, გახსნილი მხარეები ერთმანეთს შეუერთეს. მრევლისა და უბნის მცხოვრებლების დახმარებით ტაძრის ინტერიერს დუღაბი ჩამოაცალეს, დაზიანებული კარ-ფანჯრები ახლით შეცვალეს, მთლიანად დაშლილი სარდაფის სართული კი სეგმენტურად აღადგინეს. აქ მოეწყო სატრაპეზო.

დავით ჭეიშვილის შემწეობით, დასავლეთის მხარეს დაიკიდა ბესარიონ გაბათაშვილის მიერ მხატვრულად დამუშავებული ხის კარები. ეკლესიის მგალობლის ნიკოლოზ დადიანის პროექტით, ნიკოლოზ და მალხაზ პაპასკირებმა გელათის მონასტრის ტრაპეზის მსგავსად გააკეთეს ახალი, ხუთფეხიანი ტრაპეზი. 1995 წლიდან ეკლესიას ჰყავს მრევლის წევრებით დაკომპლექტებული მუშათა და ხელოსანთა ჯგუფი. ტაძრის ეზო ქოხმახებით იყო ჩახერგილი. 1999 წელს მრევლმა შეძლო აქაურ მობინადრეთა ბინებით უზრუნველყოფა და ტერიტორია მთლიანად გათავისუფლდა. აღმოაჩინეს შენობა, რომელიც ანდრიანოვის მიერ აგებული მღვდლების მოსასვენებელი სახლის ნაშთი უნდა იყოს. ტაძრის წინამძღვრის სურვილია, აქ მოეწყოს სამრევლო სკოლა, ბიბლიოთეკა და მღვდლის მოსასვენებელი ოთახი. ტერიტორიის გაწმენდას მოჰყვა ტაძრის ირგვლივ თავიდანვე არსებული კიბეების აღდგენა, რის შემდეგაც შესაძლებელი გახდა ტაძრის გარშემოვლა, ხოლო მთელი ტერიტორია გალავნით შემოიზღუდა.

მიმდინარეობს ეკლესიის ხელახლა გადახურვა. განზრახულია ერთ-ერთ თაღებიან კედელში ნაკურთხი წყლის ავზის მოწყობა, ტაძრის მოხატვა. აღდგენის საპროექტო სამუშაოებს ძირითადად მრევლის წევრები ახორციელებდნენ, არქიტექტორები: რევაზ ჯანაშია, დავით სვანიძე, დავით კალანდარიშვილი და ნანა აბრამია. მათ დიდ დახმარებას უწევდა ხელოვნებათმცოდნე ქეთევან აბაშიძე. სამშენებლო სამუშაოებს ხელმძღვანელობდა ინჟინერი გიორგი კობახიძე. ეკლესიის განახლებაში განსაკუთრებული წვლილი შეიტანეს მრევლის წევრებმა: ილია დვალიშვილმა, ბადრი ჯაფარიძემ, დავით ჭეიშვილმა, გივი გორგოშიძემ, გია ფაღავამ და სხვ.

2002 წელს ტაძრის დროებითი კანკელი შეიცვალა ქვის ტრადიციული სტილის კანკელით. პროექტი შედგა ხელოვნების მუზეუმში დაცული ფოთოლეთის ტაძრის კანკელის მიხედვით. მისი ავტორია ნიკოლოზ დადიანი. სამუშაოები შეასრულეს მრევლის წევრებმა: იაკობ ნადირაძემ, გიორგი ლალიაშვილმა, მიხეილ სოზიაშვილმა და თავად პროექტის ავტორმა. კონსულტანტი იყო ხელოვნებათმცოდნე ქეთევან აბაშიძე. ტაძრის ირგვლივ ახლაც მიმდინარეობს სამრევლო სკოლის მშენებლობა. როგორც მამა ბესარიონი ამბობს, სამრევლო სკოლაში ხატწერის, ლითონქანდაკების და მინიატურის სახელოსნო მოეწყობა. პედაგოგები მრევლის წევრები, ამ დარგის სპეციალისტები, იქნებიან.

ტაძარი ისტორიული მნიშვნელობისაა იმითაც, რომ 1895 წელს თერგდალეულთა და, განსაკუთრებით, წმინდა ილია მართლის თაოსნობით, ასევე წმინდა ალექსანდრე ეპისკოპოსის ღვაწლით, აქ აღევლინა 100 წლის წინ, კრწანისის ომში დაღუპულ გმირთა მოსახსენიებელი პარაკლისი. ამ საქმისთვის ეს ტაძარი იმიტომ აირჩიეს, რომ იგი უშუალოდ კრწანისის ომის ბოლო ბრძოლების მესამე და მეოთხე სანგრებს შორის დგას. ამ ადგილებში დაეცა გმირულად 300 არაგველი და სხვა მრავალი მამულიშვილი.

ტაძრის მიმდებარე ტერიტორიაზე, რომელსაც 300 არაგველის ბაღი ჰქვია, უკანონო მშენებლობისას აღმოჩნდა კრწანისის ომში დაღუპულთა ძვლები. ამის გამო იქ მშენებლობა შეჩერდა და უწმინდესის ლოცვა-კურთხევით, მოეწყობა კრწანისის ომის გმირთა ხსოვნის მემორიალი, სადაც სიმბოლურად გაკეთდება სამასი ცალი კანდელი, რომელიც სამას ქვაზე იქნება დადებული. ასევე აღიმართება ქვაჯვარი და სტელა. იქვე არსებულ მოსწავლეთა სახლის ერთ სართულზე განთავსდება კრწანისის ბრძოლის და სხვა გმირულ ბრძოლათა ამსახველი მუზეუმი. ტაძარი მნიშვნელოვანია იმითაც, რომ კათოლიკოს-პატრიარქმა კირიონ II-მ თბილისის მფარველის, წმინდა აბო თბილელის ხსენების დღეს (ახ.სტილით - 21 იანვარს) აქ წირვა აღავლინა. წირვის შემდეგ პატრიარქი სამღვდელოებასთან და მრევლთან ერთად გაემართა წმინდა აბოს ნიშთან, მეტეხის ხიდის ქვეშ. გადაიხადა პარაკლისი, წმინდა აბოს შეავედრა საქართველო და დააფუძნა სასულიერო სასწავლებელი.

მნიშვნელოვანია ისიც, რომ წმინდა ნიკოლოზის ტაძრის მრევლის დახმარებით აღმოჩენილია ბოლშევიკების მიერ აფეთქებული აბო თბილელის ნიშის ნაშთი, რომელზეც აიგო და წელს გასრულდა აბო თბილელის ტაძარი. ამ მშენებლობისას მოიჭრა ფიჭვის ხე, რომლის ორივე მხარეს გამოსახული იყო ჯვარი. ერთი ნაწილი ნიკოლოზის ტაძარშია დაბრძანებული, მეორე კი წმინდა აბოს ტაძარშია.

წმინდა ნიკოლოზის ეკლესია წითელი აგურითაა აგებული. რვასარკმლიანი გუმბათი - ფირუზისფერი ფილებით, ხოლო მკლავები წითელი კრამიტითაა გადახურული. ეკლესიას აქვს ორი - დასავლეთის და ჩრდილოეთის - კარი. დასავლეთისა და აღმოსავლეთის მკლავებს სამრეკლო აქვს დაშენებული. ეკლესია სადაა. ტაძრის ძირითად მორთულობას ყელის სარკმლების თავსა და გვერდებზე გამოყვანილი სადა ჩუქურთმა და ჩაღრმავებული ჯვრები წარმოადგენს.

თბილისის დედაციხეს ჯერ კალა, შემდეგ შურის ციხე, ხოლო უფრო გვიან ნარიყალა ერქვა. კალა თბილისის ერთ-ერთი უბნის უძველესი სახელია. სულხან-საბა ორბელიანის "სიტყვის კონაში" განმარტებულია, რომ კალასი არის "მუხის ხე, წყალში დებით რკინასავით გამაგრებული". თბილისის დაარსების შესახებ შემორჩენილ ლეგენდებში ლაპარაკია უღრან ტყეზე. ადრეფეოდალურ ხანაში ქალაქს ხის გალავანი ჰქონია შემოვლებული, დედაციხე (კალა) კი კარგად იყო გამაგრებული. გამორიცხული არ არის, რომ კალასიდან გამომდინარე უწოდა ხალხმა თბილისის ერთ-ერთ უბანს და დედაციხეს კალა, შურის ციხე კი შურს, მეშურნეობას, მეტოქეობას დაუკავშირდა. ნარიყალა, შესაძლოა, არც მონგოლური და არც სპარსული სიტყვაა, არამედ ქართულია და ნიშნავს იმ ადგილს, სადაც ადრე რიყე იყო. დედაციხე დგას ძველი თბილისის ცენტრში, სოლოლაკის ბოლოს, ლეღვთა ხევის მარცხენა ნაპირას. კალას ციხე, თბილისთან ერთად, პირველად IV ს-ში მოიხსენიება. ადრეული მშენებლობის ნაშთები დღესაცაა შემორჩენილი ციხის ჩრდილო-აღმოსავლეთ კუთხეში მდგარი კოშკის კედლებში თლილი ქვის კვადრატების სახით. ჩვენამდე მან ძირითადად XII-XIII ს.ს.-ის ნაგებობათა სახით მოაღწია. ციხეში ერთ დროს (XVII ს-მდე) სამეფო სასახლე, ეკლესია, სამეურნეო და საყოფაცხოვრებო ხასიათის მრავალი შენობა იდგა. უკანასკნელად დედაციხის სიმაგრე განაახლა XVII ს-ში როსტომ მეფემ. ქართლ-კახეთის სამეფოს რუსეთთან შეერთების შემდეგ (1801წ.) დედაციხემ დაკარგა ადრინდელი მნიშვნელობა, ამიტომ იქ განთავსდა რუსის ჯარის დენთისა და ტყვია-წამლის საწყობი, რომელიც 1847 წელს მეხის დაცემამ ააფეთქა. ციხესიმაგრის ტერიტორიაზე 1966 წელს ჩატარებული არქეოლოგიური გათხრების შედეგად (არქეოლოგები: გ. ლომთათიძე, ო. ტყეშელაშვილი და ი. გრძელიშვილი) მრავალი საინტერესო ძეგლი აღმოჩნდა. მათ შორისაა წმინდა ნიკოლოზის სახელობის ჯვარგუმბათოვანი ეკლესია, რომელიც XIII საუკუნეში დემეტრე თავდადებულის მეფობის დროს აუგიათ და შესანიშნავი ჩუქურთმებითა და თლილი ქვით მოუპერანგებიათ, შემორჩენილია კედლის მხატვრობის ნაშთები და ასომთავრული წარწერაც. ტაძრის გუმბათი გადახურული ყოფილა ცისფერი მოჭიქული კრამიტით, ყელი კი მოჩუქურთმებული. ამასთან ერთად, გათხრების შედეგად აღმოჩნდა ეკლესიის კანკელის ქვის ჩუქურთმიანი ნაწილი, რომელიც V-VI ს.ს.-ებით თარიღდება, რაც იმაზე მეტყველებს, რომ აქ მანამდეც იდგა ეკლესია.

ეკლესიის აღმოსავლეთით არის მეფის სასახლის ნაშთები, წყალსადენის თიხის მილები, წყლის საცავი აუზი, სხვადასხვა სახის თიხის სამეფო ჭურჭელი, მონეტები, აბანო და სხვა სამეურნეო სატევარი.

დედაციხეს ორი მიწისქვეშა გასასვლელი ჰქონია მტკვრისა და წავკისის წყლისაკენ. ეს გასასვლელები დატანილია თბილისის 1800 წლის გეგმაზე. დედაციხე სასმელი წყლით მარაგდებოდა ოქროყანის მიდამოებიდან გამოყვანილი კარგად შენიღბული მილით. დედაციხის დასავლეთით შემორჩენილია ნანგრევები ციხისა, რომელიც "შაჰის ტახტის" სახელით არის ცნობილი, სადაც ადრე ობსერვატორია ყოფილა. აღმოჩენილია ქვის მზის საათი, რომელიც დღესაც შეგიძლიათ ნახოთ აქ. დედაციხის არქეოლოგიურ გათხრებსა და სარესტავრაციო სამუშაოებს, რომელთაც არქეოლოგი ოთარ ტყეშელაშვილი და არქიტექტორი ტარიელ კიპაროიძე ხელმძღვანელობდნენ, 1982 წლის მაისში შეუერთდა ენთუზიასტთა ჯგუფი საქართველოს პოლიტექნიკური ინსტიტუტის სამშენებლო ფაკულტეტის 1971 წლის კურსდამთავრებულების რომან გვენცაძისა და ბაკურ გულუას მეთაურობით, შემდეგ კი სტუდენტები, მოსწავლე-ახალგაზრდები, მამულიშვილები საქართველოს ყველა კუთხიდან. მათი ძალისხმევით გაკეთდა ბეტონის გზა, გაიტანეს ათასობით კუბური მეტრი მიწა და შესაძლებელი გახდა დანგრეული წმინდა ნიკოლოზის სახელობის ეკლესიის აღდგენა. ეკლესიის აღდგენის სწორი ორგანიზებისთვის 1989 წლის 8 თებერვალს შეიქმნა სრულიად საქართველოს დავით აღმაშენებლის სახელობის საქველმოქმედო საზოგადოება, რომლის პირველი პრეზიდენტი იყო ნუგზარ ჩიგოშვილი, ხოლო შემდეგ - მწერალთა კავშირის თავმჯდომარე გურამ ფანჯიკიძე. დიდი წინააღმდეგობის მიუხედავად, სამეცნიერო საბჭოზე დამტკიცდა პროექტი (არქიტექტორი - ტარიელ კიპაროიძე, კონსტრუქტორი - ზურაბ ვახტანგაძე) და ქალაქის არქიტექტორის მიერ გაიცა ნებართვა ეკლესიის აღდგენის შესახებ. სამუშაოები მალევე შეჩერდა ქვეყანაში პოლიტიკური დაძაბულობისა და შინა აშლილობის გამო. 1996 წლის მარტში კი რომან გვენცაძისა და თეიმურაზ კვარაცხელიას ძალისხმევით და ფინანსური დახმარებით განახლდა ტაძრის აღდგენა. მშენებლობა 1997 წლის 19 აპრილს დასრულდა. ტაძარი ლაზარეს შაბათს აკურთხა ამბა ალავერდელმა მიტროპოლიტმა დავითმა (მახარაძემ), ხოლო 20 აპრილს, ბზობის ბრწყინვალე დღესასწაულზე, პირველი წირვა ჩაატარა სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა, უწმინდესმა და უნეტარესმა ილია II-მ. წინამძღვრად დაინიშნა დეკანოზი ირაკლი (კალანდაძე).

ჩუღურეთში მდებარე ქართული მართლმადიდებლური ეკლესია, როგორც ისტორიული წყაროებიდან ირკვევა, აშენებულია XIX ს-ის 40-იან წლებში ძველი ეკლესიის ნანგრევებზე. 1812 წელს დეკანოზ პეტრე იმნაძეს ძველ საძირკველზე ახალი უგუმბათო ეკლესია აუშენებია. თავდაპირველად ეკლესიას "ჯუარის გამოჩენისა" ერქვა. 1856 წელს პეტრე იმნაძის შვილმა, იოანე მღვდელმა ეკლესია გადააკეთა და რუსეთის იმპერატორ ნიკოლოზ I-ის პატივსაცემად წმინდა ნიკოლოზის სახელზე აკურთხებინა. XIX ს-ის ბოლოს ეკლესიასთან დაარსდა სამრევლო სასწავლებელი. XX ს-ის დასაწყისში ეკლესიის მოძღვარმა სოლომონ შოშიაშვილმა მრევლისგან აკრებილი სახსრებით ტაძარი განაახლა და გააფართოვა. მხატვარმა გიგო ზაზიაშვილმა აღადგინა ძველი მხატვრობა და დაამატა დავით აღმაშენებლისა და თამარ მეფის ფრესკები.

კომუნისტური წყობის დროს ეკლესია დაიკეტა და მასში "ფოლკლორის თეატრი" გაიხსნა. მართლმადიდებლურ ტაძარში სიმღერისა და ცეკვის ანსამბლები გამოდიოდნენ. ამ წლების განმავლობაში ანსამბლის წევრებს გამუდმებით თან სდევდათ მარცხი და ტრავმები. 1991 წელს ეკლესია დეკანოზმა, ცხონებულმა გრიგოლ გოცირიძემ საკუთარი სახსრებით აღადგინა. ხატები თბილისის სხვადასხვა ეკლესიიდან შეაგროვეს და საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით ტაძარში ღვთისმსახურება განახლდა.

ტაძრის აშენების თაოსანი იყო სამგორის რაიონის გამგეობა (მაშინდელი გამგებელი თეიმურაზ ქურხული). ტაძრის პროექტის - ბაზილიკა მიდგმული კარიბჭითა და სანათლავით - ავტორია არქიტექტორი ნოდარ გალუტაშვილი.

საძირკველი, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის ლოცვა-კურთხევით, 2000 წლის 13 სექტემბერს მამა დანიელ ლობჟანიძემ აკურთხა.

2001 წლის 27 ოქტომბერს ტაძარი მაშინდელმა ცაგერისა და სვანეთის მთავარეპისკოპოსმა მეუფე ნიკოლოზმა (ფაჩუაშვილმა) აკურთხა. წინამძღვარია მამა პავლე ჯანგავაძე.