ჩვენს დედაქალაქში მრავალი ძველი ტაძარი მდებარეობს, თუმცა მისი ისტორიული წარსული  ცოტამ თუ იცის. კუკიის წმინდა ნინოს სახელობის ტაძრის წარსულს ამავე ტაძრის წინამძღვარი, დეკანოზი კონსტანტინე ლეკიშვილი გვაიმბობს:

- თბილისის კუკიის სასაფლაოს წმინდა ნინო განმანათლებლის სახელზე აგებული ეკლესიის შექმნის იდეა ეკუთვნის საქართველოს ეგზარქოსს, შემდგომში სანქტ-პეტერბურგის მიტროპოლიტ პალადის (რაევი). მეუფე პალადიმ ტაძრის აგება უბრძანა ალექსანდრე ნეველის ეკლესიის დიაკვან იოსებ ბერიძეს. მამა იოსები შეუდგა ამ დიდი საქმის განხორციელებას. სულ მალე, რამდენიმე თვეში, სასაფლაოზე აღიმართა დროებითი, პატარა და დაბალი ქვის საყდარი, რომელსაც ხის გაახურვა ჰქონდა, სწორედ ამ ტაძარი აკურთხეს მღვდლად მამა იოსები.

დროებითი ეკლესიის აგებამ სასაფლაოს ყველა პრობლემის აღმოფხვრა ცხადია ვერ შეძლო. საფლავების რიცხვი უსწრაფესად იზრდებოდა. აუცილებელი იყო სასაფლაოსთვის ქვის დიდი ღობის შემოვლება, სადარაჯო სახლის აგება ეკლესიისა და სასაფალოს დარაჯისთვის, უწესრიგო საფლავებს შორის ბილიკის გაყვანა და, რაც მთავარაია, დაუკეთესო მუდმივი დიდი ქვის ეკლესიის აშენება. მთელი თავისი აღჭურვილობით. მისმა უსამღვდელოესობამ პალადიმ ეს რთული და კეთილშობილური საქმე მამა იოსებ ბერიძესთან ერტად დაავალა დაინტერესებულ და გულისხმიერ ადამიანებს, რომელთაგანაც შეიქმნა კუკიის სასაფლაოსთან არსებული საეკლესიო მზარეულთა საკრებულო. მისი თავმჯდომარეობა იკისრა გრაფმა ივანე დიმიტრის ძე ტატიშჩევმა.

მზრუნველთა წევრები დიდი მოკრძალებითა და გულმოდგინებით კრეფდნენ ნებაყოფლობით შემოწირულობებს კეთილმორწმუნე თბილისელი მოქალაქეობისაგან. კუკიის სასაფლაოს წმინდა ნინოს სახელობის ეკლესიის მშენებლობა სრულ ორ წელიწადს გრძელდებოდა.

ტაძარი 1895 წლის 12 იანვარს აკურთხა მისმა უსამღვდელოესობამ საქართველოს ეგზარქოსმა ვლადიმირმა (ბოგოიავლენსკი), რომლისგანაც ყურადღება და ფულადი დახმარება უდიდეს სტიმულს აძლევდა საეკლესიო მზრუნველთა საკრებულოს წევრებს. ეს დღე ყველაზე გამორჩეული და სადღესასწაულო იყო თბილისელი მართლმადიდებელებისთვის. დაახლოებით 1907 წელს წმიდნა ნინოს ტაძარს ჩრდილოეთის და სამხრეთის მხრიდან მკლავები მიუშენდა, რის შედეგადაც მისი პირვალდელი გარეგნული იერსახე შეიცვალა და ჯვრის ფორმა მიიღო.
ჩრდილეოთის მხარე მაშნდელი ამერკის ელჩის, ბახმეტოვის, შემოწირულობებით აიგო, ხოლო სამხრეთი ნაწილი-გენერალ ტარანოვსკის შემწეობით. სწორედ ტაძრის ამ ნაწილში მდებარეობს ტარანოვსკების საოჯახო საძვალე.

ტაძარში დიდი სიწმინდეები და ძირფასი ხატები ინახება: "მრავალნაირი ჩუქურთმით მორთული კაკლის ხის კანკელი, რომელიც წმინდა ნინოს ტაძრისთვის დამზადდა თბილისის არსენალის სახელოსნოში, შემკულია ხატებით, როლებიც მოხატა შესანიშნავმა მხატვარმა პ. კოლჩინმა, მასვე ეკუთვნის პროექტიც".

საკურთხეველში ინახება სანაწილე, რომელშიც ჩაბრძანებულია წმინდა ანასტასია სნეულთმკურნალის, წმინდა მთავარმოწამე ევსტათის, წმინდა ხარლამპის და უკარმის ჯვრის ნაწილები. საკურთხევლეში დაბრძანებულია წმინდა სერაფიმ საროველის ხატი ამავე წმინდანის წმინდა ნაწილით. ტაძრის ჩრდილოეთ ნაწილში, დიდ კიოტში, ჩაბრძანებულია წმინდა ნიკლოზისა და წმინდა  მიქაელ მალეინის ძველი ხატები, რომელბიც დაწერილია მხატვარ ბონდარის მიერ (1913 წ). კანკელის ჩრდილოეთით და სამხრეთით მოზრდილ კიოტში ჩაბრძანებულია წმინდა ნინოსა და წმინდა დიდმოწამე გიორგის ხატები. ძველი ხატებიდან ტაძარში ასევე არის წმინდა იოანე ნათლისმცემლის, ივერიისა და ვლადიმირის ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლისა და ასევე წმინდა სოფიოს ხატები.