ახალციხის ეპარქია სამხრეთ საქართველოში, ისტორიული სამცხის (შემდეგში - სამცხე-საათაბაგოს) ტერიტორიაზე მდებარეობს. იგი მოიცავს ქალაქებს: ახალციხეს, ადიგენს, ასპინძას, აწყურსა და მათ მიმდებარე ტერიტორიას. ახალციხის ეპარქიას აღმოსავლეთით ბორჯომისა და ახალქალაქის ეპარქია ესაზღვრება, დასავლეთით - ბათუმისა და სხალთის, ჩრდილოეთით - ვანისა და ბაღდათის, ჩრდილო-დასავლეთით - შემოქმედის, ჩრდილო-აღმოსავლეთით - მარგვეთისა, სამხრეთით კი საქართველო-თურქეთის სახელმწიფო საზღვარი აკრავს.

საისტორიო ტრადიციის თანახმად, საქართველოს ტერიტორიაზე პირველი საეპისკოპოსო კათედრა სწორედ ამ მხარეში დაუარსებია წმინდა მოციქულს ანდრია პირველწოდებულს. მოციქულმა ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის ხელთუქმნელი ხატის სასწაულით ქრისტიანობაზე მოქცეულ აწყურის მკვიდრთ პირველი მაწყვერელი ეპისკოპოსიც დაუდგინა.

არქანჯელო ლამბერტი იმ აზრს იცავს, რომ საქართველოში ქრისტიანობა წმინდა ანდრიასთან ერთად წმინდა ბართლომემაც გაავრცელა. იგი წერს: "ქართლში, სამცხის პროვინციაში, არის ერთი ეკლესია, რომელიც მიძღვნილია წმინდა ბართლომესადმი. ამ უკანასკნელმა, ხალხური გადმოცემის თანახმად, ამ მხარეში ქრისტიანობა გაავრცელა. ამ საეპისკოპოსო ეკლესიის ეპისკოპოსს იშხნელს უწოდებდნენ. მაგრამ შემდგომში მღვდლების უყოლობისა თუ სხვა მიზეზის გამო ამ მხარეებს დიდი ხნის განმავლობაში მოაკლდათ სარწმუნოება".

მრავალგანსაცდელგამოვლილ მხარეში ადრიდანვე ათობით ეპარქია იხსენიებოდა, რომელთა დიდი ნაწილი დღეს საქართველოს საზღვრებს მიღმა აღმოჩნდა.

XV საუკუნის შემდეგ საქართველოს ერთიანი სახელმწიფო დაიშალა. მესხეთის მთავრები თავიანთი კუთხის დამოუკიდებლობისათვის იბრძოდნენ და მიაღწიეს კიდევაც საწადელს, ამის შემდეგ კი განიზრახეს, მესხეთი საეკლესიო-ადმინისტრაციული სახითაც გაემიჯნათ დედაეკლესიისგან. ყვარყვარე ათაბაგს გადაწყვეტილი ჰქონდა, ამ მიზნით მაწყვერელი ეპისკოპოსის პატივი აემაღლებინა და ის ექცია მესხეთის საყოველთაო მთავარეპისკოპოსად, რომელსაც ამ მხარის ყველა ეპისკოპოსი დაემორჩილებოდა. ათაბაგების ჩანაფიქრით, მესხეთის ეპისკოპოსი მცხეთის პატრიარქს უნდა ჩამოშორებოდა, ხოლო მისი მაგივრობა ამიერიდან მაწყვერელ ეპისკოპოსს უნდა გაეწია. თუმცა არც ყვარყვარეს, არც მესხეთის ეპისკოპოსებს მართლმადიდებლობის ღალატი აზრადაც არ მოსვლიათ, რაც იმას ნიშნავს, რომ ეს მოვლენა სარწმუნოებრივი განხეთქილება კი არა, არამედ საეკლესიო სეპარატიზმი იყო. თავისთავად, ამ კუთხის ეკლესიაც სულიერად ერთიანი ქართული ეკლესიის ნაწილად, სულით ქართულ ეკლესიადვე რჩებოდა და ისიც, რომ მას დამოუკიდებელ ადმინისტრაციულ ერთეულად სურდა ჩამოყალიბება, იყო არა ეკლესიის შიგნით მიმდინარე პროცესის გამოხატულება, არამედ პოლიტიკოსთაგან თავს მოხვეული ნება. ეს სურვილი რომ განხორციელებულიყო, ერთიანი ქართული ეკლესიის წიაღში რამდენიმე საეკლესიო ადმინისტრაციული ერთეული წარმოიშობოდა.

საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქები მთელი საუკუნის მანძილზე იღვწოდნენ ეკლესიის გამთლიანებისთვის. როგორც ისტორიული დოკუმენტებიდან ირკვევა, XV საუკუნეში თვითონ კათოლიკოს-პატრიარქი დავით III (გობელაძე, 1435-1439, 1443-1459) ჩასულა საფარაში, შეუკრებია სეპარატისტების მხარდამჭერი სასულიერო პირები და "უჯვრობით" (ჯვრის ახსნით) და "შეუნდობლობით" დაუსჯია. სამცხეში ჩასული კათოლიკოსი გასწყრომია საფარელ და ვარძიელ ბერებსაც, რომელთაც გაბედეს და ანტიოქიელ-იერუსალიმელი მღვდელმთავრები თავიანთ მონასტრებში მიიღეს. ეს უცხოელები, როგორც ცნობილია, ქართული ეკლესიის დაშლისა და თავიანთ საპატრიარქოთა საზღვრების გაფართოებისთვის იღვწოდნენ. ბერძენი სასულიერო პირები, იმ დროს, როცა კონსტანტინოპოლს ოსმალები იპყრობდნენ, ცდილობდნენ, ქართველი ერის ხარჯზე გაეზარდათ თავიანთი ეკლესიის სამწყსო. ისინი საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში დადიოდნენ და აქეზებდნენ ქართველ სამღვდელოებას, ჩამოშორებოდნენ დედაეკლესიას და ბერძნულს შეერთებოდნენ. ბუნებით უცხოთა მიმნდობი და მშობლიურის მიმართ ურჩი ქართველი სამღვდელოება ყურს უგდებდა მათ და ცდილობდა, დედაეკლესიას გამოყოფოდა. ასე მისულან ბერძენი მიტროპოლიტები საფარასა და ვარძიის მონასტერშიც.

საქართველოს პატრიარქი ამ ამბის შეტყობისთანავე ჩასულა საფარაში, კანონქვეშ შეუყრია ურჩები, უღირსი ეპისკოპოსები უჯვრობითა და შეუნდობლობით დაუსჯია და ქართული ეკლესიის მდგომარეობა გამოუსწორებია. ეს მომხდარა 1453 წელს. უნდა ვიფიქროთ, რომ ამ წელს საფარაში ჩატარდა საეკლესიო შეკრება, რომელმაც მიიღო ეს გადაწყვეტილება.

საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის მიუხედავად, უძველეს საქრისტიანო კერაზე ქრისტიანული საეკლესიო ცხოვრება მთელი 70 წლის მანძილზე მძიმე წნეხის ქვეშ იყო. მხოლოდ 70-იანი წლების მიწურულს, უწმინდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის ძალისხმევით გახდა შესაძლებელი სამცხე-ჯავახეთის ეპარქიის აღდგენა. 1995 წლის 5 აპრილს წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით სამცხე-ჯავახეთის საეპარქიოს საკმაოდ ვრცელი ტერიტორია გაიყო და ჩამოყალიბდა ორი ეპარქია: ახალციხისა და ბორჯომ-ახალქალაქისა.

ახალციხის ეპარქიას 1999 წლიდან მართავს ეპისკოპოსი თეოდორე ჭუაძე. 2002 წლის 1 ოქტომბრის წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით, ახალციხის ეპისკოპოსის ტიტულია ეპისკოპოსი ახალციხისა, ტაო-კლარჯეთისა და ლაზეთისა.