მანგლისისა და წალკის ეპარქია ქრისტიანული საქართველოს უძველესი სამღვდელმთავრო სამწყსოა. ეპარქიის შემადგენლობაში შედის მანგლისის, თეთრი წყაროს (ძვ. გორისი), წალკის (ძვ. ეძინი) რაიონები. ეპარქიას აღმოსავლეთიდან ესაზღვრება მცხეთა-თბილისის, დასავლეთიდან - ბორჯომისა და ბაკურიანის, ჩრდილოეთიდან - სამთავისისა და გორის, სამხრეთიდან - ბოლნისისა და დმანისის, რუსთავისა და მარნეულის ეპარქიები.

მანგლისი საქართველოში ქრისტიანობის გავრცელების ერთ-ერთი კერა იყო. პირველი ეკლესია აქ IV საუკუნეში ააგეს. მირიან მეფის დროს აქვე დაასვენეს მოციქულთასწორ იმპერატორ კონსტანტინეს მიერ გამოგზავნილი ფერხის ფიცარი უფლისა, სამსჭვალი კი ერუშეთში წააბრძანეს (შემდგომში ეს სიწმინდეები ჰერაკლე კეისარს წაუღია საქართველოდან, მაგრამ, როგორც ჩანს, ქართველებს კვლავ დაუბრუნებიათ, უფრო მეტიც, მანგლელი ეპისკოპოსების მიტრაში, რომელიც, წარწერის მიხედვით, გაკეთებული ყოფილა რუსუდან დედოფლის (1223-1245) დროს, ინახებოდა ერთი ლურსმანი ანუ სამსჭვალი უფლისა და ფერხის ფიცარი უფლისა. სამწუხაროდ, ეს მიტრა არჩილ II-ს რუსეთში წაუღია და იმპერატორისთვის მიუძღვნია, მეორე სამსჭვალი კი, საბედნიეროდ, საქართველოში დარჩა და საპატრიარქოში ინახება).

V საუკუნიდან მანგლისი საეპისკოპოსო ცენტრი გახდა. ვახტანგ გორგასლის მიერ დაარსებულ ეპარქიათაგან მანგლისი მეოთხე სამღვდელმთავროდ იხსენიება. როგორც აღვნიშნეთ, მანგლისის ეკლესიაში დაცული სიწმინდეებიდან განსაკუთრებით მნიშვნელოვანი იყო მეფე მირიანის დროს საქართველოს პირველი ეპისკოპოსის იოანეს მიერ შემობრძანებული ფიცარი ფერხისა უფლისა. ამის გამო ეპარქიის საკათედრო ტაძარი ადრიდანვე იმდენად სახელგანთქმული იყო, რომ იგი მცხეთის ჯვართან ერთად სახელდებოდა და მის მოსალოცად უცხოეთიდანაც ხშირად დადიოდნენ.

ქვეყნისთვის ამ რეგიონის განსაკუთრებულობას მისი შიდა ქართლის სასპასპეტო საერისთავ-საერისთავოდ აღიარება მიანიშნებს. სამეფო კარის დიდი მოხელის მამული მთელი ისტორიის მანძილზე ეკლესიურადაც მუდამ დაწინაურებული იყო, ქვეყნის საერთო მდგომარეობის შესაბამისად, მისი დამცრობა-დაქვეითებაც მომხვდურის ძალმომრეობით იყო გამოწვეული.

XI საუკუნეში მანგლისი ლიპარიტ ორბელიანს ეკუთვნოდა, რომელსაც რეზიდენცია კლდეკარში ჰქონდა. შემდეგ იგი კვლავ სამეფო ხელისუფლებას ემორჩილებოდა. მანგლისის ეპისკოპოსს დარბაზობის დროს საპატიო ადგილი ეკავა, 40 ეპარქიის მღვდელმთავართაგან ის მეთორმეტე ადგილზე დგებოდა. XV საუკუნიდან მანგლისი საბარათიანოს შემადგენლობაშია. ამ პერიოდში მანგლელი ეპისკოპოსის წოდებას შეუერთდა თბილელის წოდებაც. თემურ-ლენგის შემოსევებისას დროებით გაუქმდა მანგლისის კათედრა, ალექსანდრე I-ის (1412-1442) დროს კი კვლავ აღადგინეს. თურქთა მძლავრობის გამო ვერ მოხერხდა ორი ეპარქიის - მანგლისისა და თბილისის შეერთება. გამუდმებული ომების შედეგად, გვიანფეოდალურ ხანაში, მანგლისმა დაკარგა ადრინდელი მნიშვნელობა.

XVIII საუკუნის დასაწყისში მანგლისის სამღვდელმთავროს სათნოებებით და ღვაწლით აღსავსე წმინდა იოანე მანგლელი (სააკაძე) განაგებდა. 1717-1719 წლებში, როცა ქართლში ბაქარი მეფობდა, მეფემ დაარწმუნა წმინდა მამა, მიეღო ეპისკოპოსობა თურქებისგან განადგურებული მანგლისის ეპარქიისა. დარბეული ქართული ეკლესიის სასარგებლოდ წმინდა იოანე მართლაც აკურთხეს ეპისკოპოსად მანგლისის კათედრაზე.

ვახტანგ VI-ის ისპაანიდან დაბრუნების შემდეგ წმინდა იოანეს ახლა უკვე მეორედ დაუმტკიცეს სამმართველოდ მანგლისის ეპარქია, მაგრამ აქ იგი ეპისკოპოსად დიდხანს არ გაჩერებულა, რადგან ოსმალთაგან მანგლისის კათედრის დანგრევისა და ეპარქიაში ატეხილი დავის გამო იძულებული გამხდარა, განმარტოებულიყო კახეთში, ხირსის მონასტრის წინამძღვრად. ამდენად, ჭეშმარიტად დიდი და ნეტარი მამაც ვერ ასცდა განსაცდელს, რაც ცილისწამებასა და მის მიმართ უსამართლობაში გამოვლინდა. წმინდა პეტრე მოციქული თავის ეპისტოლეში ამბობს: "მაგალითი იყავით სამწყსოსთვისო" (I პეტრ. 5,3) და წმინდა იოანეც სასოებით, ერთგულებითა და გულმოდგინებით ასრულებდა თავის მოვალეობას, ზრუნავდა მტრისაგან შევიწროებული სამწყსოსა და მთელი საქართველოს კეთილდღეობაზე; მაგრამ მაცდურნი და ბოროტნი ხომ მათ უფრო მტრობენ, რომელთაც სათნოების ღვაწლთა შორის წარმატებულს ხედავენ. ერთ-ერთ საბუთში, რომელიც წმინდა იოანე მანგლელს 1721 წელს შეუდგენია, თავმდაბლურად აღნიშნავს, რომ რამდენადაც შეეძლო, ზრუნავდა ეკლესიაზე, მაგრამ აბაშიშვილებთან კამათი მოსვლია. ისინი ამტკიცებდნენ, რომ მანგლისის ეკლესიის მიწები მცხოვრებლებთან ერთად მათ ეკუთვნოდათ და ამაში მეფეც კი დაურწმუნებიათ. ვახტანგ VI-ის ბრძანებით, ბეჟან შანშიაშვილს სადავო მიწებიდან ღალა აუკრეფია და სიმართლის გარკვევამდე თავისთან შეუნახავს. წმინდა იოანე მანგლელს წარუდგენია დოკუმენტები, რომ ეს მიწები ეკლესიას ეკუთვნოდა. დაუნიშნავთ ფიცის დადების დღე, რომელსაც დასწრებიან მეფე ვახტანგი, მისი ძე ბაქარი, ძმები მეფისა - კათოლიკოსი დომენტი და სიმონი. 120 კაცს ფიცით დაუმტკიცებია, რომ ეს ძველი მამულები ეკუთვნოდა მანგლისის ეკლესიას და ამის შემდეგ ისინი მის საკუთრებად უცნიათ.

საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ მანგლისისა და წალკის ეპარქიები რუსეთის ეგზარქოსს დაუქვემდებარეს და მცხეთა-ქართლის ეპარქიაში გააერთიანეს. 1862 წლის ივლისში საქართველოს ეგზარქოსმა მანგლისის ძველი საკათედრო ეკლესია, რომელიც წმინდა და პატიოსანი ცხოველმყოფელი ჯვრის სახელზე იყო აგებული, ყოვლადწმინდა ღვთისმშობლის სახელზე აკურთხა. 1917 წელს ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ აღდგა უძველესი და მრავალგანსაცდელგამოვლილი სამღვდელმთავრო კათედრა. ამჟამად იგი მანგლისისა და წალკის ძველ საეპისკოპოსოთა ტერიტორიებს აერთიანებს.

1992 წლიდან მანგლისისა და წალკის ეპარქიის მღვდელმთავარია მიტროპოლიტი ანანია (ჯაფარიძე).