რუსთავისა და მარნეულის ეპარქია აღმოსავლეთ საქართველოს სამხრეთით მდებარე ერთ-ერთი საზღვრისპირა ეპარქიაა. ის რუსთავს, მარნეულს, გარდაბანსა და მათ მიმდებარე ტერიტორიას მოიცავს. ეპარქიის იურისდიქცია ისტორიული ქვემო ქართლის ვაკეზე, მდინარეების მტკვრის, ალგეთისა და ხრამის აუზებზე ვრცელდება. რუსთავის სამღვდელმთავრო ტერიტორიას აღმოსავლეთიდან და ჩრდილო-აღმოსავლეთიდან მცხეთა-თბილისის ეპარქია ესაზღვრება, ჩრდილო-დასავლეთიდან - მანგლისისა და წალკისა, ხოლო დასავლეთიდან - ბოლნისისა და დმანისისა. ეპარქიის სამხრეთი საზღვარი ემთხვევა სომხეთისა და აზერბაიჯანის სახელმწიფო საზღვარს.

ეპარქიის ტერიტორიაზე საქართველოს გაქრისტიანებისთანავე დაწყებულა ეკლესიათა მშენებლობა. IV საუკუნის მიწურულს თრდატ მეფეს (393-405) რუსთავში დაუდვია "ეკლესიისა საფუძველი".

ვახტანგ გორგასლის საეკლესიო რეფორმის შემდეგ რუსთავი საეპისკოპოსო ერთეულად აღირაცხა. იმხანად ის რუსთავის საერისთაოს ტერიტორიას მოიცავდა. თათარ-მონღოლთა შემოსევების შედეგად ქალაქი რუსთავი მოოხრდა და რუსთველი ეპისკოპოსის სადგომად მიჩნეულ იქნა მარტყოფი. მარტყოფში მყოფი მღვდელმთავარი კვლავ რუსთველად იხსენიებოდა. XIII საუკუნიდან აქ რუსთავ-მარტყოფის საეპისკოპოსოს კათედრა იყო, XV საუკუნიდან - სადროშოს ცენტრი. აქვე გახლდათ კახეთის მეფეთა ერთ-ერთი რეზიდენცია. ძველად მარტყოფი მწიგნობრობის კერაც ყოფილა. აქ მოღვაწეობდნენ ნიკოლოზ ჩერქეზიშვილი (XVII-XVIII ს.ს.), იოანე ქობულაშვილი (XVIII ს.ს.), სტეფანე ჯორჯაძე (XVIII ს.).

დავით იმამ-ყული-ხანი "ღმრთაების გუჯარში" აღნიშნავს, რომ ჯერ კიდევ "მეფესა ვახტანგს ეწყო შემკობად ტაძრისა ღმრთაებისა (მარტყოფის მონასტერს ღვთაების მონასტერი ჰქვია - ავტ.) და აეშენა და განეშვენებინა ყოველთავე საქებელისა და ქცეულებითა ზედან თავსა მარტყოფისასა და განეჩინა საეპისკოპოზოდ და მის ხარისხსა ზედან მჯდომარ ექმნა ეპისკოპოზად ბერი ერთი... და ამას მეფეს ვახტანგ გორგასლანს ეპისკოპოსი იგი განედიდა და რუსთველადაც ამად სახელ-ედვა, რომელ ქალაქიცა, რომელი იგი აღშენებულ და ბოსტან-ქალაქად სახელდებულ და რუსთავად ნაწოდები ყოფილ არს, და თუით ქალაქი იგი და მარტყოფიცა სამწყსოდ, და მრავალნი დაბანი და აგარაკნი და სხვათ მრავალთა, ველთა და მინდორთაგან, იმა საყდრისათვის შენაწირნი, მისისა ეპისკოპოზისა რუსთველისთვის მიებოძნეს".

წვრილ სამეფოებად დაყოფილ საქართველოში რუსთველი მღვდელმთავარი კახეთის სამეფოს მეორე სადროშოს სარდლობდა (კახეთის ლაშქრის ნაწილებს, სადროშოებს, ეპისკოპოსები მეთაურობდნენ).

როგორც ჩანს, დავით იმამ-ყული-ხანი ზრუნავდა რუსთველის სამღვდელმთავრო კათედრაზე და შეძლებისდაგვარად აძლიერებდა კიდევაც მას. ამას ადასტურებს უკვე ნახსენები "ღმრთაების გუჯარიც", სადაც დავითი წერს: "მიუბოძეთ და დავსვით რუსთვლად და დაუდგინეთ საყდარსა მას ღმრთაებისასა, გარნა პირველთაგან არა ყოფილიყო და არცა საქართველოთა მეფეთა და მეპატრონეთაგან წესქმნილიყო წინა რუსთველთა მიერ შემოსა ბისონთა, არამედ ვინათგან იყო რუსთველი უფალი სპათა ჩვენთა ბავრაყისა, და პატრონი მხედართა უამრავთა ლაშქართა ჩვენთა მთავრობისა, ამად შევამკეთ და მიუბოძეთ საუფლო კაბა ჩვენი პორფირ-ბისონი და შთავაცვით კვართი სამთავრო და შევმოსეთ მეფეთა სამოსელითა და მიტროპოლიტად განვაწესეთ".

ამგვარად, რუსთველის მიტროპოლიტად განწესებისა და პორფირ-ბისონით შემოსვის ერთ-ერთი მიზეზი ის ყოფილა, რომ ეპისკოპოსს მოზრდილი ლაშქარი ჰყოლია: "უფალი სპათა ჩვენთა", "პატრონი მხედართა უამრავთა", - რაც ამ მღვდელმთავარს დიდ გავლენას სძენდა. 1722 წელს შედგენილი "სარუსთველო დროშის განწესების" თანახმად, რუსთველის ჯარი მტერს რომ დაამარცხებდა, ნადავლი სამეფო კარისთვის შუაზე უნდა გაეყო: "ნახევარს ღმრთაების დროშასა და რუსთველს მიართმიდენ, ნახევარს ჩვენი მოხელენი წამოიღებდნენ". ამავე განწესების თანახმად, რუსთველის დროშას ემორჩილებოდნენ მიწერილი თავადები, აზნაურები, ეპისკოპოსები, წინამძღვრები და გლეხები. თუკი მოხდებოდა ისე, რომ რუსთველის დროშას მიწერილი თავადი, მოურავი ან ერისთავი თავისი ლაშქრით სხვა სადროშოს მიეკედლებოდა, რუსთველ ეპისკოპოსს უფლება ჰქონდა, ურჩისთვის მეფესთან ეჩივლა. მეფე ურჩს მამულს წაართმევდა, ხოლო რუსთველს მისთვის რაიმე სხვა ზიანის მიყენება შეეძლო.

რუსთველი ეპისკოპოსი ვალდებული იყო, ჯარი კვირაში ერთხელ რიცხობრივად შეემოწმებინა. ვინც დააკლდებოდა, იმით სჯიდნენ, რომ რუსთველი ეპისკოპოსის სასარგებლოდ ხარს წაართმევდნენ მოხელენი, რომელთაც "რუსთველის მეჯოხენი" ეწოდებოდათ. გარდა ამისა, ჯარიმად მარჩილი (ფულის მაშინდელი ერთეულია - ავტ.) უნდა გადაეხადა, მათ კი, ვისაც შეძლება არ ჰქონდა, - ე.წ. "ნაკლებ თავადებს", - მეფის ბრძანებით ან მამულის ნაწილს წაართმევდნენ, ანდა კვერთხით გვემდნენ.

რუსთველის დროშა შესანახად და საპატრონოდ ჩაბარებული ჰქონდათ "დროშის მტვირთველებს" - ნორიოელ ჭიჭინაძეებს, რომელთაც ევალებოდათ, დროშის "წასვენების" დროს (ე.ი. სალაშქროდ გასვლის, საზოგადოდ, ადგილიდან დაძვრის ბრძანების შემთხვევაში) დროშა გადაეცათ ძლიერი და უმჯობესი კეთილცხენოსანი კაცისთვის, რომელსაც ის ხელში უნდა დაეჭირა, სხვა ჭიჭინაძეები კი გარს უნდა შემოხვეოდნენ და დაეცვათ. მიიჩნეოდა, რომ "ეპისკოპოსის სამსახური" საეკლესიო გლეხებისა და "კაცების" მოვალეობას შეადგენდა. ახალდადგენილ ეპისკოპოსს ევალებოდა, საეკლესიო კაცებისთვის ეპისკოპოსის სამსახური ესწავლებინა - "ეკლესიისა და ეპისკოპოსის სამსახური ასწავეთ, თორემ ღმერთი ეპისკოპოსის ხელიდან გამოიძიებს თავისი სამწყსოს საქმეს".

ამრიგად, შუა საუკუნეებიდან მოყოლებული, განსაკუთრებით კი XVIII საუკუნის პირველ მეოთხედში, რუსთავის საეპისკოპოსო და მისი ჯარი კარგად ორგანიზებული, ძლიერი საეკლესიო და ამავე დროს სამხედრო შენაერთი იყო, რომელსაც თავისი მტკიცე და მკაცრად განსაზღვრული ეკონომიკური საფუძველი ჰქონდა. რუსთველი ეპისკოპოსი კი დამოუკიდებელი და გავლენიანი ხელისუფალი გახლდათ, ამიტომაც საეპისკოპოსოში მცხოვრები მებატონენი ვალდებულნი იყვნენ, დამორჩილებოდნენ და საკადრისი ღირსებით და პატივით მოპყრობოდნენ, რაც გარკვეულ "გამოსაღებადაც" ითვლებოდა XVIII საუკუნის I მეოთხედის საქართველოში.

ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ თითქმის ორი საუკუნის განმავლობაში საგანმანათლებლო და მწიგნობრული ტრადიციით გამორჩეული რუსთავის ეპარქიის აღდგენა სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, უწმინდესისა და უნეტარესის ილია II-ის ძალისხმევით გახდა შესაძლებელი. 2002 წლის 17 ოქტომბერს ეპარქიას ეწოდა რუსთავისა და მარნეულის ეპარქია. 1997 წლიდან ეპარქიის მმართველი მღვდელმთავარია მიტროპოლიტი ათანასე ჩახვაშვილი.